转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

这篇文章主要介绍了sqlserver.Mysql.Oracle三种数据库的优缺点总结,需要的朋友可以参考下   一.sqlserver优点:易用性.适合分布式组织的可伸缩性.用于决策支持的数据仓库功能.与许多其他服务器软件紧密关联的集成性.良好的性价比等:为数据管理与分析带来了灵活性,允许单位在快速变化的环境中从容响应,从而获得竞争优势.从数据管理和分析角度看,将原始数据转化为商业智能和充分利用Web带来的机会非常重要.作为一个完备的数据库和数据分析包,SQLServer为快速开发新一代企业级商

一直都搞不清楚这两者的具体区别. 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库. 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别. (抱歉之前没讲清楚,甚至有可能误导大家了) 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 http://www.webgestalt.org/option.php GCLC TFPI HSPB6 TSPOAP1 ITGA2B OSBPL7 BAIAP2L1 NOS

Java Redis系列1 关系型数据库与非关系型数据库的优缺点及概念 在学习redis之前我们先来学习两个概念,即什么是关系型数据库什么是非关系型数据库,二者的区别是什么,二者的关系又是什么? ** 关系型数据库 ** 关系型数据库,是指采用了关系模型来组织数据的数据库,其以行和列的形式存储数据,以便于用户理解,关系型数据库这一系列的行和列被称为表,一组表组成了数据库.用户通过查询来检索数据库中的数据,而查询是一个用于限定数据库中某些区域的执行代码.关系模型可以简单理解为二维表格模型,而一个关

MySQL.SqlServer.Oracle 三种数据库的优缺点 一.MySQL 优点: 缺点: 二.SqlServer 优点: 缺点: 三.Oracle 优点: 缺点: 一.MySQL 优点: 体积小.速度快.总体拥有成本低,开源: 支持多种操作系统: 是开源数据库,提供的接口支持多种语言连接操作 : MySQL的核心程序采用完全的多线程编程.线程是轻量级的进程,它可以灵活地为用户提供服务,而不过多的系统资源.用多线程和C语言实现的mysql能很容易充分利用CPU: MySql有一个非常灵活而

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

已知KEGG数据库中ko_map.tab文件,K-->ko: 目标文件:map-->K 代码示例: #! /usr/bin/perl -w use strict; my %seq; open IN, "ko_map.tab" or die $!; while(<IN>){ chomp; my ($ko,$map) = split(/\t/,$_,2); my @maps = split(/ /,$map); foreach my $elis (@maps){ i

盘点MySQL.SqlServer.Oracle 三种数据库优缺点 MySQL SqlServer Oracle 一.MySQL 优 点 体积小.速度快.总体拥有成本低,开源:支持多种操作系统:是开源数据库,提供的接口支持多种语言连接操作 :MySQL的核心程序采用完全的多线程编程. 线程是轻量级的进程,它可以灵活地为用户提供服务,而不过多的系统资源.用多线程和C语言实现的mysql能很容易充分利用CPU:MySql有一个非常灵活而且安全的权限和口令系统.当客户与MySql服务器连接时,他们之间

与关系型数据库相比,MongoDB的优点:①弱一致性(最终一致),更能保证用户的访问速度:举例来说,在传统的关系型数据库中,一个COUNT类型的操作会锁定数据集,这样可以保证得到“当前”情况下的精确值.这在某些情况下,例如通过ATM查看账户信息的时候很重要,但对于Wordnik来说,数据是不断更新和增长的,这种“精确”的保证几乎没有任何意义,反而会产生很大的延迟.他们需要的是一个“大约”的数字以及更快的处理速度. 但某些情况下MongoDB会锁住数据库.如果此时正有数百个请求,则它们会堆积起来,

一.sqlserver优点:易用性.适合分布式组织的可伸缩性.用于决策支持的数据仓库功能.与许多其他服务器软件紧密关联的集成性.良好的性价比等:为数据管理与分析带来了灵活性,允许单位在快速变化的环境中从容响应,从而获得竞争优势.从数据管理和分析角度看,将原始数据转化为商业智能和充分利用Web带来的机会非常重要.作为一个完备的数据库和数据分析包,SQLServer为快速开发新一代企业级商业应用程序.为企业赢得核心竞争优势打开了胜利之门.作为重要的基准测试可伸缩性和速度奖的记录保持者,SQLServ

与关系型数据库相比,MongoDB的优点: ①弱一致性(最终一致),更能保证用户的访问速度: 举例来说,在传统的关系型数据库中,一个COUNT类型的操作会锁定数据集,这样可以保证得到“当前”情况下的精确值.这在某些情况下,例如通过ATM查看账户信息的时候很重要,但对于Wordnik来说,数据是不断更新和增长的,这种“精确”的保证几乎没有任何意义,反而会产生很大的延迟.他们需要的是一个“大约”的数字以及更快的处理速度. 但某些情况下MongoDB会锁住数据库.如果此时正有数百个请求,则它们会堆积起

MongoDB MongoDB是当今最火爆的NoSQL数据库.MongoDB最早在09年发布,算得上是早期大数据时代的数据库代表作了.随着MongoDB的火爆,研发MongoDB的团队还专门成立了MongoDB公司来对MongoDB进行维护和推广,现在这个公司已经在纳斯达克上市,市值达到十几亿美元,算得上是技术变现的典范了. MongoDB最大的特点是表结构灵活可变,字段类型可以随时修改.MongoDB中的每一行数据只是简单的被转化成Json格式后存储,因此MongoDB中压根没有MySQL中表

一,sql注入问题 二,代码和sql写死在了一起,导致解耦差 三,sql开发人员水平不一,导致sql性能问题 四,开发效率差 使用orm的优点: 一,实现了代码与sql数据的解耦合 二,不需要写原生sql 三,防止sql注入 缺点: 1,牺牲性能 2,复杂语句力不从心

关系型数据库的优缺点 优点: 可以做事务处理,从而保证了数据的一致性: 可以进行JOIN等多表查询: 由于以SQL标准化为前提,数据更新的开销很小(相同的字段基本上都只有一处). 缺点: 大量数据的写入处理不容易: 若表数据量太大,不容易对其进行做索引或表结构更新: 字段不固定时的应用会比较困难: 对简单查询处理不够快速: 扩展成本昂贵. NoSQL数据库的优缺点 优点: 成本:NoSQL数据库简单易部署,基本都是开源软件,不需要像使用Oracle那样花费大量成本购买使用,相比关系型数据库价格便

关系型数据库 所谓关系型数据库,,就是指采用了关系模型来组织数据的数据库. 什么是关系模型,简单说,关系模型就是二维表格模型,而一个关系型数据库就是由二维表及其之间的联系所组成的一个数据组织. 关系模型中常用的概念: 1.关系 可以理解为一张二维表,每个关系都有一个关系名,在数据库中被称为表名 2.元组 可以理解为二维表中的一行,在数据库中被称为记录 3.属性 可以理解为二维表中的一列,在数据库中被称为字段 4.域 属性的取值范围,在数据库中为某一列的取值限制 5.关键字 一族可以唯一标识元组的

数据库(oracle) SQL --结构化查询语言,所有数据库基本通用 数据库是数据的仓库,用于存储数据. 内存.文件和数据库区别 内存中的数据是非持久的,关机之后就会消失. 文件和数据库中的数据都是持久的,关机也存在 文件和数据库的优缺点: 文件的优点就是方便快捷,缺点就是对很多的操作(比如查询)没有很好的支持 数据库的优点就是针对性强,支持非常庞大的对数据的操作. 主流的开发基本都使用数据库存储数据. 数据库的简介: 主流数据库(DB): Oracle公司(甲骨文)--Oracle(市场占有

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组