手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

pathway 的ID 是5个数字的组合,在pathway 数据库中,有几类通路图非常特殊: 1) 第一类, 以 011 开头的通路 共有 01100, 01120, 01130  三张通路图,从外观上看,就和我们常见的通路不一样 这三张其实是总的通路图,里面的每一条线代表的是1个KO

语法: R:红色值.正整数 | 百分数 G:绿色值.正整数 | 百分数 B:蓝色值.正整数| 百分数 A:透明度.取值0~1之间 取值: <length>:Hue(色调).0(或360)表示红色,120表示绿色,当然可以取其他数值来确定其他颜色. <percentage>:Saturation(饱和度),取值为0%到100%之间的值. <percentage>:Lightness(亮度).取值为0%到100% 之间值: <opacity>:alpha(透明度

有时候我们写完文章会发现,有的地方有红色波浪线,有的地方有绿色/蓝色二重线,那么这两种线各代表什么意思呢?其实红色波浪线代表此处存在拼写错误,绿色/蓝色波浪线代表此处可能有语法错误.如果你不希望Word自动检查语法和拼写,你可以在Options–>Proofing–>When Correcting spelling and grammar in Word –>取消第一个和第二个的勾选.

思路:注意一下,找猜中的时候什么都不用做,直接统计,找伪猜中也是先不管,然后再把结果减去猜中即可. public static int[] calcResult(String a, String b){ int[] res = new int[2]; StringBuffer s1 = new StringBuffer(a); StringBuffer s2 = new StringBuffer(b); for(int i = 0; i < s1.length(); i++){ if(s1.ch

在当前目录中新建文件保存为(删除git信息.bat)在其写入:for /r . %%a in (.) do @if exist "%%a\.git" rd /s /q "%%a\.git"  点击运行即可 运行之前 点击运行之后:

划着划着水一不小心NOIP还考的凑合了… 所以退役的打算要稍微搁置一下了… 要准备准备省选了…. 但是自己已经啥也不会了… 所以只能重新拾起来… 从splay开始吧… splay我以前扔了个板子来着, 之前理解的还是不够深入于是就一直没有填坑… 现在又重新拾了一下就来填坑… 不过讲平衡树要画好多图的说OvO BST(二叉查找树)大家应该都知道吧, 所以就不讲了… 大家也都知道BST会被卡成一条链, 复杂度动不动就退化成O(n) 所以就出现了各种各样的二叉平衡树… splay是个很年轻的数据结构…

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

--绘图与滤镜全面解析 概述 在iOS中可以很容易的开发出绚丽的界面效果,一方面得益于成功系统的设计,另一方面得益于它强大的开发框架.今天我们将围绕iOS中两大图形.图像绘图框架进行介绍:Quartz 2D绘制2D图形和Core Image中强大的滤镜功能. Quartz 2D 基本图形绘制 视图刷新 其他图形上下文 Core Image Quartz 2D 在iOS中常用的绘图框架就是Quartz 2D,Quartz 2D是Core Graphics框架的一部分,是一个强大的二维图像绘制引擎.

什么是位图?什么是矢量图? 位图是由像素组成的图像,在缩放和旋转的时候容易失真,同时文件容量较大 矢量图是根据几何特性来绘制的图形,通过数学公式计算获得的,不易制作色彩变化太多的图象 颜色模式 RGB模式.CMYK模式.HSB模式.Lab颜色模式.位图模式.灰度模式 1:RGB模式 是Photoshop中最常用的模式,也被称之为真彩色模式,主要是由R(红).G(绿).B(蓝)3种基本色相加进行配色,并组成了红.绿.蓝3种颜色通道,每个颜色通道包含了8位颜色信息,每一个信息是用0~255的亮度值来

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

UML图有很多类型,这里只讨论最重要也最常用的两种 - 类图和时序图. 1. 类图 通过类图,我们可以很容易的了解代码架构,理清模块之间的关系, 包括继承(Inheritance),实现(realization),依赖(dependency),组合(Composition), 聚合(Aggregation), 关联 (Association) 等等. 下面就图中给出的7种关系一一解读.      1.1 Composition Compostion 是一种 Association 关系,但它更强

如何看UML图? UML能给我们带来什么? 这是本文要寻找的答案.UML图有很多类型,我们这里只讨论最重要也最常用的两种 - 类图和时序图. 1. 类图 通过类图,我们可以很容易的了解代码架构,理清模块之间的关系, 包括继承(Inheritance),实现(realization),依赖(dependency),组合(Composition), 聚合(Aggregation), 关联 (Association) 等等. 下面就图中给出的7种关系一一解读. 1.1 Composition Comp

本系列文章由七十一雾央编写,转载请注明出处. 313239 作者:七十一雾央 新浪微博:http://weibo.com/1689160943/profile?rightmod=1&wvr=5&mod=personinfo 对于一个游戏来说,画面的华丽程度在很大程度上决定了它的火热程度,记得以前初中时候我在网上找游戏玩时,首先看的就是画面是不是好看,技能是不是酷炫,呵呵.而精美游戏的实现就是通过贴图来实现啦,因此要想做出一个好游戏,光有Coder是不够的,必须要有给力的美工,当然还要有好的

背景 .9图来源于Android.为了设计出一套图,兼容Android和iOS,使用.9图的方式来对图片进行拉伸以适应不同的屏幕.在iOS中没有.9图的概念,只能先了解Android的.9图再进行模拟Android的方法. 什么是.9图片 即图片后缀名前有.9的图片,如pic.9.png.pic1.9.jgp,诸如此类的图片就称为.9图片.且在原始图片四周添加了一个像素,在这一个像素上用黑线标识出相关的区域. .9图片的作用 .9图片的作用是在图片拉伸的时候特定的区域不会发生图片失真,特定的区域

(一)图层的树状结构 Core Animation其实是一个令人误解的命名.你可能认为它只是用来做动画的,但实际上它是从一个叫做Layer Kit这么一个不怎么和动画有关的名字演变而来,所以做动画这只是Core Animation特性的冰山一角. Core Animation是一个复合引擎,它的职责就是尽可能快地组合屏幕上不同的可视内容,这个内容是被分解成独立的图层,存储在一个叫做图层树的体系之中.于是这个树形成了UIKit以及在iOS应用程序当中你所能在屏幕上看见的一切的基础. 在我们讨论动画