手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

pathway 的ID 是5个数字的组合,在pathway 数据库中,有几类通路图非常特殊: 1) 第一类, 以 011 开头的通路 共有 01100, 01120, 01130  三张通路图,从外观上看,就和我们常见的通路不一样 这三张其实是总的通路图,里面的每一条线代表的是1个KO

KEGG数据库的使用方法与介绍 KEGG的数据 KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系:基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的,除了有完整的基因序列外,还有没完成的草图:另外 KEGG中有一个“专有名词”KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K)标签.下面就首先来讲一下KEGG orthology. 任找一个

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥  &[学习笔记]KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis / Gluconeogenesis? 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate? 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应? 如何查询某一基因的信息,例如gltA ? 如何知道Bacillus subtilis是否有gltA? 如何查询 gl

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/pqbMXMkuqEXbLf31PTxGZQ KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库.在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能的基因聚在一起,称为 Ortholog Groups (KO entries),每个 KO 包含多个基因信息,并

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分

前言 pathview是一个通路可视化友好的R包,最主要的是它支持多组学数据映射(基因/蛋白-代谢).自己用过它的R包,后来发现有网页版的,果断介绍给学员.因为不常用,记录要点,以后温习备用. 目前web版本和R包访问和应用次数如下,显然R群体用户占主导.Web界面是在PHP上使用Laravel Framework和R构建的.地址:https://pathview.uncc.edu/ 使用时可以游客快速访问,不过注册的话会保留一段时间分析的结果. 工具使用的帮助文档详见:https://path

前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于KEGG热图绘制,大部分是做到KO层级,因为基因/蛋白和KO的绝大部分都是一对一的对应关系.如果一定要做Pathway的丰度热图呢?一般的方法是将该通路中的基因/蛋白的丰度进行累加来表示该pathway的丰度. 好了,现在我们来计算并绘制热图吧. 数据处理 得到pathway富集分析结果文件一般是这样

IPA FAQ: http://ingenuity.force.com/ipa/IPATutorials# ####有各种相关教程和帮助文件. IPA 分析结果展示: http://www.lucidusbio.com/pro/showproduct.php?lang=cn&id=32 IPA从头手动绘制通路图  http://www.lucidusbio.com/online/showimg.php?lang=cn&id=69 IPA主页: http://www.lucidusbio.c

题意: 分析: 欧拉通路:图连通:图中只有0个或2个度为奇数的结点 这题我们只需要判断选择的边构成多少个联通块, 再记录全部联通块一共有多少个奇度顶点. 然后我们在联通块中连线, 每次连接两个联通块就减少2个奇度顶点, 然后再数一下剩下的奇度顶点odd(肯定是剩下偶数个), 因为存在两个奇度顶点的图也是欧拉通路, 我们只需要在(odd - 2)个顶点中连线使其变为偶度顶点即可. 如果本身就没有奇度顶点就不需要除了. 所以答案就是 T * (E  +(联通块 - 1) + (odd - 2)/ 2

前言 上一篇文章写了一篇建造者模式,其中有几个UML类图,有的读者反馈看不懂了,我们今天就来解决一哈. 什么是UML? UML是Unified Model Language的缩写,中文是统一建模语言,是由一整套图表组成的标准化建模语言. 为什么要用UML? 通过使用UML使得在软件开发之前, 对整个软件设计有更好的可读性,可理解性,从而降低开发风险.同时,也能方便各个开发人员之间的交流. UML提供了极富表达能力的建模语言,可以让软件开发过程中的不同人员分别得到自己感兴趣的信息. Page-Jo

xilinx的7系列FPGA根据不同的器件类型,集成了GTP.GTX.GTH以及GTZ四种串行高速收发器,四种收发器主要区别是支持的线速率不同,图一可以说明在7系列里面器件类型和支持的收发器类型以及最大的收发器数量. 图一 Xilinx的7系列FPGA随着集成度的提高,其高速串行收发器不再独占一个单独的参考时钟,而是以Quad来对串行高速收发器进行分组,四个串行高速收发器和一个COMMOM(QPLL)组成一个Quad,每一个串行高速收发器称为一个Channel,以XC7K325T为例,GTX在F

文章版权由作者李晓晖和博客园共有,若转载请于明显处标明出处:http://www.cnblogs.com/naaoveGIS/ 1.背景 所谓压力测试是指,通过确定一个系统的瓶颈或者不能接收的性能点,来获得系统能提供的最大的服务级别的测试.通俗地讲,压力测试是为了发现在什么条件下您的应用程序的性能会变得不可接受.通常进行压力测试均是测试人员的工作,但是研发人员或多或少也需要对压力测试有个基本的了解.这里我跟大家一起学习如何使用两个常用工具进行压力测试,即badboy和Jmeter. 2.badb

CSS背景在网页设计中使用频率非常高,然而对于这个开发人员很熟悉的CSS属性,却隐藏着许多不为初级开发人员熟知的细节,这篇文章尝试扒开这层不为人知的面纱. 首先列举一下CSS中关于元素背景的所有属性并简要描述了其作用,其中后面几个属性是在CSS3中新加入的. 属性 描述 备注 background 简写属性,作用是将背景属性设置在一个声明中.   background-color 设置元素背景颜色   background-image 把图像设置为背景   background-repeat 设

如图是一段简单的文件操作代码,以为打开文件"test1221_1.py",若不存在此文件,则创建此文件.接下来并输出相关信息. 当少写了黄色方框圈起来的一行看似不经意的带有编码格式的注释码时,就会报如图所示的错误: 究其原因是:Python在默认状态下不支持源文件中的编码所致. 解决方案有如下三种: 一.在文件头部添加如下两行注释码: #!/usr/bin/python # -*- coding: <encoding name> -*- 例如,可添加# -*- coding

Struts 1是全世界第一个发布的MVC框架,它由Craig McClanahan在2001年发布,该框架一经推出,就得到了世界上Java Web开发者的拥护,经过长达6年时间的锤炼,Struts 1框架更加成熟.稳定,性能也有了很好的保证. 到目前为止,Struts 1依然是世界上使用最广泛的MVC框架.目前,基于Web的MVC框架非常多,发展也很快,每隔一段时间就有一个新的MVC框架发布. 虽然Struts 2号称是一个全新的框架,但这仅仅是相对Struts 1而言.Struts 2与 S

(转自http://www.blogjava.net/moxie/archive/2006/10/20/76375.html) WebWork深入浅出 本文发表于<开源大本营> 作者:钱安川 前言 本篇文章并没有太多WebWork 的实战代码细节.本人非常希望能充当一名导游的角色,带领读者逐步游览WebWork的功能特性和原理.在第一章,我们将提出基于三层架构的Web层需要解决的10个问题,这是本文的纵轴.围绕着纵轴,我们按照横轴的顺序逐步描述讲解:WebWork简介.WebWork入门.We