前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题,尤其是对非root用户而言更是艰难重重. 准备依赖库 依次安装:zlib/bzip/liblzma/pcre/curl,注意顺序和版本.目前3.4以上3.6以下R版本相对较为稳定和不过时,我自己安装的是3.5.2. cd zlib-1.2.11 ./configure -

linux下查看文件及目录个数1.查看当前文件和目录总数(不包括子目录):ls -l | wc -l 2.查看当前目录下文件个数(不包括子目录):ls -l |grep "^-"|wc -l ===查看当前目录下文件个数(包括子目录)ls -lR |grep "^d" | wc -l 4.查看当前目录目录个数(包括子目录)ls -lR |grep "^d" | wc -l =====================================

一.查看jdk安装目录 [root@node001 ~]# whereis java java: /usr/bin/java /usr/local/java #java执行路径 [root@node001 ~]# which java /usr/bin/java #查看JDK安装路径 [root@node001 ~]# echo $JAVA_HOME /usr/local/java/jdk1.7.0_80 [root@node001 ~]# echo $PATH /usr/local/sbin:

转载linux下使用 du查看某个文件或目录占用磁盘空间的大小   du -ah --max-depth=1     这个是我想要的结果  a显示目录占用的磁盘空间大小,还要显示其下目录和文件占用磁盘空间的大小但是由于用了--max-depth选项,表示显示目录下所有的文件和文件夹(不含子目录),h表示以人类能看懂的方式,max-depth表示目录的深度. du命令用来查看目录或文件所占用磁盘空间的大小.常用选项组合为:du -sh 一.du的功能:`du` reports the amount

Linux环境下,怎么确定Nginx是以那个config文件启动的? 输入命令行: ps  -ef | grep nginx 摁回车,将出现如下图片: master process 后面的就是 nginx的目录. 怎么查看服务器上安装的nginx版本号,主要是通过ngix的-v或-V选项,查看方法如下图所示: -v 显示 nginx 的版本. -V 显示 nginx 的版本,编译器版本和配置参数. 查看服务器上安装的Nginx版本号 http://www.linuxidc.com/Linux/2

df:列出文件系统的整体磁盘使用量: du:评估文件系统的磁盘使用量(常用于评估目录所占容量) df参数: -a:列出所有的文件系统,包括系统特有的/proc等文件系统 -k:以KB的容量显示各文件系统 -m:以MB的容量显示各文件系统 -h:以人们较易阅读的GB,MB,KB等格式自行显示 -H:以M=1000K替代M=1024K的进位方式 -T:连同该分区的文件系统名称(例如ext3)也列出 -i:不用硬盘容量,而以inode的数量来显示 范例: ① 在linux下,如果df没有加任何参数,默

Linux环境下,怎么确定Nginx的安装路径 输入命令行: ps -ef | grep nginx 摁回车,将出现如下图片: master process 后面的就是的 /data/software/cloud-web/nginx 怎么查看服务器上安装的nginx版本号,如下图所示

输入命令行: ps  -ef | grep nginx master process后边的目录即是.

https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/10984983.html Linux 的R环境,可以通过anaconda jupyter notbook很容易的配置,见我之前的博客  https://www.cnblogs.com/shanyr/p/11276755.html 安装R包 Linux下安装R包一般有2种方式: 1. R CMD INSTALL 下载源码 R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz 也可指定安装库路径: R CMD

目的 走一遍R包开发过程,并发布到Github上使用. 步骤 1. 创建R包框架 Rsutdio --> File--> New Project--> New Directory --> R Package 创建完成后,在R包文件夹下有如下文件(夹): man: 存放*.Rd文件 R: 存放R脚本 DESCRIPTION: R包描述信息 NAMESPACE: 命令空间 rmytools.Rproj: R工程文件 2. 自定义R包 上面是Rstudio为开发者创建的一个框架,接下来是

一.   遍历目录 在 linux系统上,可以使用cd切换目录命令. 分二种路径,一是绝对文件路径,另一种是相对文件路径. 1.  绝对文件路径 在虚拟目录中采用文件路径,以虚拟目录根目录开始,相当于目录的全名.例如指定usr目录下的bin目录(查看文件路径,使用pwd命令,是一个很好的习惯.该命令可以返回当前工作目录的位置,确保自己处在正确的目录之中). 2. 相对文件路径 经常使用绝对路径的话文件路径太长,可以使用相对文件路径.例如:用绝对文件路径定位到usr下的local目录, 再使用相对

Linux中权限(r.w.x)对于目录与文件的意义 一.权限对于目录的意义 1.首先要明白的是目录主要的内容是记录文件名列表和子目录列表,而不是实际存放数据的地方. 2.r权限:拥有此权限表示可以读取目录结构列表,也就是说可以查看目录下的文件名和子目录名,注意:仅仅指的是名字. 3.w权限:拥有此权限表示具有更改该目录结构列表的权限,总之,目录的w权限与该目录下的文件名或子目录名的变动有关,注意:指的是名字.具体如下: 1)在该目录下新建新的文件或子目录. 2)删除该目录下已经存在的文件或子目录

linux查看服务安装目录server dir 假如我们想查看 Redis 的安装目录 如果用命令 which redis 或者 whereis redis 都找不到安装目录, 可使用以下办法: ps -aux | grep redis 假如得到了进程号 5393 然后用命令 ll /proc/5393/cwd

转载自:http://blog.csdn.net/deutschester/article/details/6309521 rpm 执行安装包 二进制包(Binary)以及源代码包(Source)两种.二进制包可以直接安装在计算机中,而源代码包将会由 RPM自动编译.安装.源代码包经常以src.rpm作为后缀名. 常用命令组合: -ivh:安装显示安装进度--install--verbose--hash -Uvh:升级软件包--Update: -qpl: 列出RPM软件包内的文件信息[Query

一.查看当前目录下文件个数 在linux下查看目录下有多少文件可以用:ls -l  命令查看,ls -lR 递归查看所有目录, 如果文件很多,则用wc命令 和 grep 命令进行过滤. wc命令显示输出的行 列 字符数,-l表示仅列出行.-w表示仅列出多少字.-m表示仅列出多少字符:    grep用于过滤输出信息,不做详细介绍: 如下: 1.ls -l获取当前目录下信息 2.ls -l | wc -l 列出有多少个文件 3.ls -lR | wc -l 递归获取当前目录有多少文件 4.ls -

目前GWAS方向发了很多文献,但是并没有一个很完善的R包对这些文献的数据进行汇总. 接下来推荐的这个是最新发表的GWAS数据汇总R包​.看了一下功能齐全,但是数据不是收录的很齐全​. 下面具体讲一下.​ 在R上安装 install.packages("remotes") remotes::install_github("ramiromagno/gwasrapidd") 查询是否有发表关于自身免疫性疾病的文章 library(gwasrapidd) my_studie

前言 这是代谢组学数据分析的一个R包,包括用于代谢组学数据分析.可视化和功能注释等众多功能.最近有同事在集群中搭建蛋白和代谢流程,安装这个包出现了问题,于是我折腾了一上午. 这个包的介绍在:https://github.com/xia-lab/MetaboAnalystR,安装确实还比较复杂,依赖的东西太多太多.废话不多说,记录下安装历程. 安装过程 首先最好是已经安装了自己的R版本(非root),比如我的是R-3.5.2.然后进入R中,依照文档给的顺序依次安装: 第一步:安装依赖包 insta

当磁盘大小超过标准时会有报警提示,这时如果掌握df和du命令是非常明智的选择. df可以查看一级文件夹大小.使用比例.档案系统及其挂入点,但对文件却无能为力.    du可以查看文件及文件夹的大小.disk usage. 两者配合使用,非常有效.比如用df查看哪个一级目录过大,然后用du查看文件夹或文件的大小,如此便可迅速确定症结. 参考:http://www.bootf.com/355.html man du DU() User Commands DU() NAME du - estimate

linux 通过pid 寻找程序路径的最简单命令(pwdx)  #pwdx  pid号1  [pid2] .... 在linux实际操作命令中,查看pid的方式有很多种,通过pid找程序路径的方式也有好几个,但是可能大家都忽略的一个很简单也是很实用的命令:pwdx. 比如要查找某个java编写的程序运行情况可通过jps命令查看,然后可以通过显示的pid进行程序定位 如下图,红色框框为jps命令和pwdx命令,一目了然: --------------------------------------

包(package)是多个函数的集合,常作为分享代码的基本单元,代码封装成包可以方便其他用户使用.越来越多的R包正在由世界上不同的人所创建并分发,这些分发的R包,可以从CRAN 或 github 上获取,由于向 CRAN 提交包审核非常严格,有些开发者并没有将自己开发的R包提至CRAN的意向,通过 devtools 可以轻松从 github上下载安装.包的生命周期一般会经历 source.bundled.binary.installed和in-memory五个阶段.参考资料 (http://r-