庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

题意:求在数列中能找到几个个长度为k 的区间,里面的 k 个数字排完序后是连续的. 思路:枚举范围,判断区间内是否有重复的数字(主席树),没有的话求区间最大-区间最小(RMQ),判断是否等于K,是的话sum++,否则continue: 主席树:原理不太懂,暂时还没能到能研究的水平,不过知道时间复杂度之类的,以后希望能用到的时候不是敲完上交了才知道超时了.... 时间复杂度 建树      O(n): 更新     O(log(n)): 查询     O(log(n)): #include <io

问题描述:一个有序序列经过反转,得到一个新的序列,查找新序列的某个元素.12345->45123. 算法思想:利用二分查找的思想,都是把要找的目标元素限制在一个小范围的有序序列中.这个题和二分查找的区别是,序列经过mid拆分后,是一个非连续的序列.特别要注意target的上下限问题.因为是非连续,所以要考虑上下限,而二分查找,序列式连续的,只用考虑单限.有递归算法和迭代算法. 递归算法: public int search(int[] nums, int target) { return bin

RefSeq: NCBI Reference Sequences GeneBank序列注释说明 利用NCBI查找基因信息 NCBI中RefSeq各种accession说明(一) NCBI中RefSeq各种accession说明(二)

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES

package search; import java.util.*; /*折半查找要求线性表是有序的,假设递增 * 基本思路:R[low...high]是当前的查找区间,首先确定中间位置mid=(low+high)/2,将待查关键字k与R[mid]比较, * 若相等查找成功,若R[mid]>k,则新的查找区间为R[low...mid-1],若R[mid]<k,则新的查找区间为R[mid+1...high], * 相同的方式处理新的区间,直到区间的长度小于1,查找结束*/ public cla

package search; import java.util.Scanner; /*通常把查找过程中对关键字的平均比较次数,也叫平均查找长度(ASL)作为衡量一个查找算法效率优劣的标准: * ASL=求和(p[i]*c[i]),(i=1~n).P[i]找到第i个记录的概率,c[i]找到第i个记录进行比较的次数*/ /*顺序查找的思想:从表的一端开始,顺序扫描线性表,依次将扫描到的关键字和给定值k比较,若当前扫描的关键字与k相等,则查找成功, * 若扫描结束后,任未发现关键字等于k的记录,则查

/*   * 折半查找法:   * 思路:   * 定义三个变量记录查找范围中最大.最小和中间的索引值,每次都是使用中间索引值与要查找的目标进行对比,如果不符合,那么就不停缩小查找范围   * */  //前提:查找的序列必须是有序的  int[] arr1 = {3,5,7,10,22,45,191};  //定义三个变量记录查找的边界和中间位置,并且初始化  int min = 0;  int max = arr1.length;  int mid = (min + max)/2;  //定

一. 匿名函数 为了解决一些简单的需求而设计的一句话函数.  lambda表示的是匿名函数. 不需要用def来声明, 一句话就可以声明出一个函数 语法:    函数名 = lambda 参数: 返回值 a = lambda x, y: x + y # lambda 匿名函数 一行搞定一个函数. 但是, 不能完成复杂的函数操作 print(a.__name__) # b = lambda x, y: x * y 与sorted()在一起用 lst = [{'id': 1, 'name': 'ale

1,lambda:  匿名函数 2.sorgted()  排序函数 3,filter()   过滤函数 筛选 4,map()  映射函数 5.递归 6.二分法 一. 匿名函数: lambda lambda 表示的是匿名函数,不用def 来声明,一句话就可以声明一个函数. 例如:我们为力了解决一些简单的需求而设计了一句话函数: 但是我们用匿名函数就会相对来说方便一些 匿名函数语法: 函数名= lambda  参数 : 返回值 例: 同上 匿名函数的操作方法 a = 笔试题 def func(x,y

一.递归函数 1)定义 在函数中调用函数本身,就是递归 在python中递归的深度最大为1000,但实际达不到1000 def func(): print("-----func-----") func() func() 2)应用 可以使用递归来遍历各种树形结构,比如文件夹系统:可以使用递归来遍历该文件夹中的所有文件 import os def func(filepath, n): files_list = os.listdir(filepath) # 获取当前文件夹中的所有文件 for

day10 python       1.冒泡算法         冒泡排序,把列表竖起来看,就像一个个气泡往上去(时间复杂度大) lst = [12,3,3,2424,14,3567,534,324,324,23,4,23,42,4324]   for num in range(len(lst)):     for i in range(len(lst)-1):         if lst[i] > lst[i+1]:             lst[i], lst[i+1] = lst[i

分治算法:二分查找!昨天刚说不写算法了,但是突然想起来没写过分治算法的博客,所以强迫症的我…… STL函数库第五弹——二分函数lower_bound().upper_bound().binary_search() 由于笔者比较懒,所以把分治算法(二分查找篇)和STL第五弹放在一起... Part 1:引入和导语 我们在做题的时候,经常会遇到一些需要分治的问题.(这是真的 今天的主角是——二分查找(开头提到过). 二分查找,是针对于有序排列的数据调用而生的一种数据调用方法. 听上去很高端?我来讲个

LC T668笔记 [涉及知识:二分查找.第K小数.BFPRT算法] [以下内容仅为本人在做题学习中的所感所想,本人水平有限目前尚处学习阶段,如有错误及不妥之处还请各位大佬指正,请谅解,谢谢!] !!!观前提醒!!! [本文篇幅较大,如有兴趣建议分段阅读] 有关二分查找 作用:在有序集合中快速查找目标值 适用性: 1. 只能查找有序的数据集 顺序存储的数据结果就是数组了,也就是二分查找只能从数组中查找,而不能查找链式存储的数据集,比如查找链表中的数,就不能用二分查找. 2. 针对的是静态有序数据

链接汇总 http://www.csie.ntnu.edu.tw/~u91029/HiddenMarkovModel.html 演算法笔记 http://read.pudn.com/downloads133/doc/fileformat/568756/HMM-DL.pdf本文讲述了 HMM原理,方法,典型应用 http://www.cnblogs.com/tsingke/p/3923169.html  HMM(隐马尔科夫模型)基本原理及其实现 http://wenku.baidu.com/lin

隐马尔可夫模型 (Hidden Markov Model,HMM) 最初由 L. E. Baum 和其它一些学者发表在一系列的统计学论文中,随后在语言识别,自然语言处理以及生物信息等领域体现了很大的价值.平时,经常能接触到涉及 HMM 的相关文章,一直没有仔细研究过,都是蜻蜓点水,因此,想花一点时间梳理下,加深理解,在此特别感谢 52nlp 对 HMM 的详细介绍. 考虑下面交通灯的例子,一个序列可能是红-红/橙-绿-橙-红.这个序列可以画成一个状态机,不同的状态按照这个状态机互相交替,每一个状

又快到双十一,又是不少同仁们出血的日子,首先希望大家玩的开心.我曾经想要仔细的剖析场景的的每个组件,就像这里的聊天管道与寻路器,但是仔细阅读别人代码的时候才发现元件虽小但是实现并不简单,因为有些东西还没有完全想明白我就暂时不说其具体的实现过程,但是我会保证这些文章在后面会不断更新,同时也希望对这方面有兴趣和经验的朋友们能够指正.聊天这个我们都知道,因为它几乎成了游戏或是生活中不可或缺的一部分,那么什么是寻路器?我想未必大家都知道什么是寻路器,不过我可以告诉大家的是你在游戏中自动寻路这个功能就是由

0. 数据结构图文解析系列 数据结构系列文章 数据结构图文解析之:数组.单链表.双链表介绍及C++模板实现 数据结构图文解析之:栈的简介及C++模板实现 数据结构图文解析之:队列详解与C++模板实现 数据结构图文解析之:树的简介及二叉排序树C++模板实现. 数据结构图文解析之:AVL树详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:二叉堆详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:哈夫曼树与哈夫曼编码详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:直接插入排序及其优化(二分插入排序)解析及C++实现 数据结构

非修改性序列操作(12个) 循环         对序列中的每个元素执行某操作         for_each() 查找         在序列中找出某个值的第一次出现的位置         find() 在序列中找出符合某谓词的第一个元素     find_if() 在序列中找出一子序列的最后一次出现的位置         find_end() 在序列中找出第一次出现指定值集中之值的位置     find_first_of() 在序列中找出相邻的一对值         adjacent_fi

非修改性序列操作(12个) 循环         对序列中的每个元素执行某操作         for_each() 查找         在序列中找出某个值的第一次出现的位置         find() 在序列中找出符合某谓词的第一个元素     find_if() 在序列中找出一子序列的最后一次出现的位置         find_end() 在序列中找出第一次出现指定值集中之值的位置     find_first_of() 在序列中找出相邻的一对值         adjacent_fi

隐马尔可夫(HMM)好讲,简单易懂不好讲. 用最经典的例子,掷骰子.假设我手里有三个不同的骰子.第一个骰子是我们平常见的骰子(称这个骰子为D6),6个面,每个面(1,2,3,4,5,6)出现的概率是1/6.第二个骰子是个四面体(称这个骰子为D4),每个面(1,2,3,4)出现的概率是1/4.第三个骰子有八个面(称这个骰子为D8),每个面(1,2,3,4,5,6,7,8)出现的概率是1/8. &lt;img src="https://pic4.zhimg.com/435fb8d2d675d