庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/   网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal   ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左

#278. [UTR #2]题目排列顺序 丢个传送门:http://uoj.ac/problem/278 描述 “又要出题了.” 宇宙出题中心主任 —— 吉米多出题斯基,坐在办公桌前策划即将到来的 UOI. 这场比赛有 n 道题,吉米多出题斯基需要决定这些题目的难度,然后再在汪洋大海中寻找符合该难度的题目. 题目的难度可以用一个 1 到 n 的排列 a1,…,an表示,其中 ai 表示第 i道题目在这 n 道题目中是第 ai 简单的题目,即恰有 ai−1 道题目比第 i 道题目简单. 经验丰富的

SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式,2.通过ftp方式,3.通过Aspera Aspera可以在NCBI网站上下载. 参阅:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK47540/ 二.SRA格式转换成FASTQ格式 ./fastq-dump -A SRR058977 ~/project/yanzi/d

1.prefetch SRRxxxxxx         -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad

[UOJ#278][UTR #2]题目排列顺序 试题描述 “又要出题了.” 宇宙出题中心主任 —— 吉米多出题斯基,坐在办公桌前策划即将到来的 UOI. 这场比赛有 n 道题,吉米多出题斯基需要决定这些题目的难度,然后再在汪洋大海中寻找符合该难度的题目. 题目的难度可以用一个 1 到 n 的排列 a1,…,an 表示,其中 ai 表示第 i 道题目在这 n 道题目中是第 ai 简单的题目,即恰有 ai−1 道题目比第 i 道题目简单. 经验丰富的吉米多出题斯基早就悟出了一种科学地决定难度顺序的方

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co

在学习springAOP时,出现如下异常: 无法访问org.springframework.core.NestedRuntimeException 找不到org.springframework.core.NestedRuntimeException的类文件 原因是:缺少spring-core.jar包

自从vs装了Resharper,看见提示总是手贱的想去改掉它.于是乎手一抖,把一个 可视web部件的命名空间给改了. 喏,从LibrarySharePoint.WebPart.LibraryAddEditFolder改为:LibrarySharePoint.WebPartOne.LibraryAddEditFolder 作为老司机,我知道我干了什么,直接用SPD打开目标页面,修正如下: <%@ Register tagprefix="LibraryAddEditFolder" n

在编译C语言的开源项目的时候,经常会出现头文件找不到的问题. 解决这类问题有一个特别好用的工具apt-file 1.在ubuntu下安装 sudo apt install apt-file 2.更新索引 apt-file update 3.更新以后就可以在源中查找未安装程序中的文件 apt-file search -x 'readline.h$'

背景: 前几天,有个认识了好几年的网友,现在是大学生,在厦门读大一,说和她同学要一起到广州找兼职,看我有没有介绍. 像我这么积极热心善良的人,就说帮她找找看,结果问了几次,没消息,只好诚实的回复人家,没找着. 木有想到,妹子突然就杀到了广州,说已经在在她广州的朋友那里了,既然到广州了,就只能继续帮人家找了. 以前,我又为找兼职是一件很容易的事,找过一圈,才发现:理论和实践的距离,在哪里都如天地间般遥远. 然后以下就是我整个找帮找兼职的过程: 寻找过的六道无回: 1:作为园子里的资深人员,我在园子

早前一段时间,一位朋友在Q群里面找到我,说它按照<Linux.NET学习手记>的操作,把一个ASP.NET MVC 4.0的项目部署到Mono之后出现Razor无法找到视图的现象.当时费了一番周章才把问题解决.而最近一段时间,群里也有其他的朋友出现相同的问题,随着时间的推移,想必会有越来越多朋友会使用高版本的VS,于是我把当时的情况重现出来,并把解决办法记录下来. 像往常一样,我们创建了一个MVC4的项目. 然后添加了一个视图,默认的那个(/Home/Index),然后,再发布到Linux.N

9-3. 找出Web API中发生了什么变化 问题 想通过基于REST的Web API服务对数据库进行插入,删除和修改对象图,而不必为每个实体类编写单独的更新方法. 此外, 用EF6的Code Frist实现数据访问管理. 本例,我们模拟一个N层场景,用单独的客户端(控制台应用)来调用单独的基于REST服务的Web网站(WEB API应用) . 注意:每层使用单独的Visual Studio 解决方案, 这样更方便配置.调试和模拟一个N层应用. 假设有一个如Figure 9-3所示的旅行社和预订

    有些时候,有些作业遇到问题执行时间过长,因此我写了一个脚本可以根据历史记录,找出执行时间过长的作业,在监控中就可以及时发现这些作业并尽早解决,代码如下:   SELECT sj.name , sja.start_execution_date,DATEDIFF (SECOND ,sja.start_execution_date,GETDATE() ) AS ExecutedMin,ja.AvgRuntimeOnSucceed FROM msdb.dbo.sysjobactivity AS

在创建ASP.NET MVC项目过程中发生了这个异常 未能加载文件或程序集"Owin, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=f0ebd12fd5e55cc5"或它的某一个依赖项.系统找不到指定的文件. 说明: 执行当前 Web 请求期间,出现未经处理的异常.请检查堆栈跟踪信息,以了解有关该错误以及代码中导致错误的出处的详细信息. 异常详细信息: System.IO.FileNotFoundException: 未能加载文件或

从网上找的 visual studio 的各个版本下载地址,很全,从 6.0 一直 到 vs2013,要的拿去吧... Microsoft Visual Studio 6.0 下载:英文版360云盘下载:http://l11.yunpan.cn/lk/sVeBLC3bhumrI英文版115网盘下载:http://115.com/file/bew2qrau英文版迅雷下载:http://61.138.140.18/download/jlste_nw/vs6en.iso FTP下载:ftp://211

这一切都源自楼主洁癖一般的强迫症. 楼主在重置win10后的安装过程中用microsoft账户登录的电脑,发现用户文件夹名称怪怪的,于是想重命名一下.楼主发现重命名用户文件夹并不能简单地用F2搞定,于是上网查了一下,发现需要登录Administrator账户才能修改. 于是找win10登录Administrator的方法,楼主的系统是家庭中文版,计算机管理里面没有用户账户管理,只能通过cmd命令启用,以管理员身份启动CMD,输入以下命令以启用Administrator账户: net user a

ASP.NET 运行时错误:针对类型System.Web.Mvc.PreApplicationStartCode的应用程序邓启动初始化方法Start 引发了异常,显示下列错误消息: 未能加载文件或程序集"System.Web.WebPages.Razor, Version=3.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35"或它的某一个依赖项.系统找不到指定的文件 aspx项目,加cshtml 后删 除cshtml 少这三