本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法.还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不需要连续出现,但一定是出现的顺序一致),最长公共子序列长度为4. 和LD算法类似,Needleman/Wunsch算法用的都是动态规划的思想,两者十分相似. 举例说明:A=GGATCGA,B=GAATTCAGTTA,计算LCS(A,B). 第一步:初始化动态转移矩阵 Needleman/Wunsch

在"文本比较算法Ⅰ--LD算法"中介绍了基于编辑距离的文本比较算法--LD算法. 本文介绍基于最长公共子串的文本比较算法--Needleman/Wunsch算法. 还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting 那他们的最长公共子串为ittn(注:最长公共子串不需要连续出现,但一定是出现的顺序一致),最长公共子串长度为4. 定义: LCS(A,B)表示字符串A和字符串B的最长公共子串的长度.很显然,LSC(A,B)=0表示两个字符串没有公共部分. Rev(A)表示反转

一.Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法.这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一.该算法是由 Saul B. Needlman和 Christian D. Wunsch 两位科学家于1970年发明的.本算法高效地解决了如何将一个庞大的数学问题分解为一系列小问题,并且从一系列小问题的解决方法重建大问题的解决方法的过程.该算法也被称为优化匹配算法

生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对. 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm. 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对 转载请保留出处! 贴上python代码: # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Sat Nov 25 18:20:01 2017 @autho

算法见:http://www.cnblogs.com/grenet/archive/2010/06/03/1750454.html 求最长公共子串(不需要连续) #include <stdio.h> #include <string> #define N 100 int max(int a, int b, int c){ return (a>b?a:b)>c?(a>b?a:b):c; } int needleman(char s1[], char s2[]){ i

腾讯2017暑期实习生招聘笔试题……做了一个世纪才做出来 //腾讯2017暑期实习生招聘第一道题.做了一个世纪才做出来………………太菜了 /** 题目: 给定一个字符串s,你可以从中删除一些字符,使得剩下的串是一个回文串.如何删除才能使得回文串最长呢? 输出需要删除的字符个数. 输入描述: 输入数据有多组,每组包含一个字符串s,且保证:1<=s.length<=1000. 输出描述: 对于每组数据,输出一个整数,代表最少需要删除的字符个数. 输入例子: abcda google 输出例子: 2

Python多线程问题的资料查找与汇总 声明: 1)本报告由博客园bitpeach撰写,版权所有,免费转载,请注明出处,并请勿作商业用途. 2)若本文档内有侵权文字或图片等内容,请联系作者bitpeach删除相应部分. 3)本文档内容涉及Python的多线程问题,没有介绍多线程的概念,没有介绍多线程的程序模块,只是讨论多线程产生的交织问题,并查找一些材料进行佐证和学习. 4)仅仅作为参考用途,抛砖引玉,不作为证据证明用途,请自行取舍,核实引用. 5)本文的超链接,请不要直接点击,为方便阅读,请选

首先理解题意,回文串的特点:倒序后跟原串相同.故而可以将原串看成向一个回文串在任意位置添加任意字符后形成的字符串,也就是说原串中存在一段未必连续的回文序列. 通过分析可以知道AC本题的核心思路:求出回文序列的长度,用原串的长度减去其长度即可. 要求出回文序列的长度,肯定要利用回文串的特点,故而想到求原串和其反串的最长公共子序列(不一定连续). 所以可以采用文本比较算法中的Needleman/Wunsch算法(动态规划思想): 定义: LCS(A,B)表示字符串A和字符串B的最长公共子串的长度.很

package duogemap; import java.io.IOException; import java.util.ArrayList; import java.util.List; import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.io.LongWritable; import org.apache.hadoop.io.Text

因为经常买双色球,嫌每次对彩票号麻烦,于是休息的时候做了个双色球兑奖的小程序,做完了发现业务还挺复杂的,于是改DDD重做设计,拆分服务,各种折腾...,不过这和本随笔没多大关系,等差不多了再总结一下,有空就写出来. 上面说了拆服务,拆成了录入,开奖,兑奖三个服务,三个服务开始是用消息队列的,不过后来发现其实就是服务的领域对象之间的交互,就联想到了Actor,面向对象于是一切都是对象,actor也是一切都是actor,看着就门当户对,于是就干掉消息队列...细节以后有机会再说. 上面其实也和这随笔

1. web.xml中<url-pattern>路径,(叫它Servlet路径!) > 要么以“*”开关,要么为“/”开头 2. 转发和包含路径 > *****以“/”开头:相对当前项目路径,例如:http://localhost:8080/项目名/request.getRequestdispacher("/BServlet").for...(); > 不以“/”开头:相对当前Servlet路径. request.getRequestdispacher(&

若干年前读研的时候,学院有一个教授,专门做群蚁算法的,很厉害,偶尔了解了一点点.感觉也是生物智能的一个体现,和遗传算法.神经网络有异曲同工之妙.只不过当时没有实际需求学习,所以没去研究.最近有一个这样的任务,所以就好好把基础研究了一下,驱动式学习,目标明确,所以还是比较快去接受和理解,然后写代码实现就好了.今天就带领大家走近TSP问题以及群蚁算法. 机器学习目录:[目录]数据挖掘与机器学习相关算法文章总目录 本文原文地址:群蚁算法理论与实践全攻略——旅行商等路径优化问题的新方法 1.关于旅行商(

在做网页开发的时候,有时候希望给图片设置一个备选路径,即,当src属性对应的主路径加载失败的时候,图片可以马上切换到备选路径.这样,即使主路径失效了,显示备用路径也不会影响网页的正常体验. 注意到网页中一张图片加载失败会触发error事件,因此可以使用DOM模型中的load和error事件实现这一效果. src1='main/image.jpg' //主路径 src2='another/image.jpg' //备用路径 jQuery 1.8以前 使用load和error方法捕捉事件 $('#i

模拟器的位置: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/iPhoneSimulator.platform/Developer/SDKs   文档安装位置: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Documentation/DocSets   插件保存路径: ~/Library/ApplicationSupport/Developer/Shared/Xcode/Plug-ins   自

以前的Android(4.1之前的版本)中,SDcard路径通过"/sdcard"或者"/mnt/sdcard"来表示,而在JellyBean(安卓4.1)系统中修改为了" /storage/sdcard0",还会有多个SDcard的情况.目前为了保持和之前代码的兼容,SDcard路径做了Link映射.为了使代码更加健壮并能兼容以后的Android版本和新设备,安卓4,1后sdcard中会有系统自动生成的保存特定内容的的文件目录,从而可以使用一些

一.路径: 执行命令前必须要考虑的一步是命令的路径,若是路径错误或是没有正确的指定,可能导致错误 的执行或是找不到该命令.要知道设置的路径,可执行以下命令: echo $PATH 显示结果: 这时我们进入/usr/bin,执行命令: ls /usr/bin 会发现该目录下会有我们比较熟悉的命令,一般而言,本书的命令位于/bin.usr/bin./sbin./usr/sbin 之中.若读者执行了命令却出现"command not find"或是"命令不存在"的字样,就

hibernate-mapping-3.0.dtd 所在路径:hibernate-release-5.2.5.Final\project\hibernate-core\src\main\resources\org\hibernate hibernate-configuration-3.0.dtd 所在路径:hibernate-release-5.2.5.Final\project\hibernate-core\src\main\resources\org\hibernate hibernate.

PS:最近一直反复地看博客园以前发布的一条.NET全栈开发工程师的招聘启事,觉得这是我看过最有创意也最朴实的一个招聘启事,更为重要的是它更像是一个技术提纲,能够指引我们的学习和提升,现在转载过来与各位园友分享. .NET全栈开发工程师 1.职位描述 独立负责至少一个产品的前后端开发工作//注0:今年是博客园开发团队发展的关键一年,我们有两个重要目标——实践领域驱动设计与实现.NET应用的跨平台,我们期待有志开发者的加盟!//注1:不要求立即全栈,但要在一定时间内成长为全栈.//注2:投递简历时需

1.安装及配置默认路径 Windows中从GitHub上面:https://git-for-windows.github.io/ 下载安装好git后(双击,改一下需要的安装路径,一路确定就好了),安装过程可以参考廖雪峰的Git教程http://www.liaoxuefeng.com/.默认的HOME和~路径一般都是C:\Users\用户名,每次得用命令切换到常用的Repository下,此操作重复而没有意义.更重要的是,若使用SSH连接GitHub,其配置文件比如.ssh也保存在C盘中,不利于备

环境:RHEL 6.4 + Oracle 11.2.0.3 情景一:只是部分普通数据文件迁移,可以在线操作. 1.将对应表空间offline,移动数据文件到新路径 2.数据文件alter database rename file '' to ''; 3.再将表空间online 情景二:所有数据文件迁移. 本文是针对情景二的实验,需求:主机/oradata挂节点变更为/usr2.在/usr2建立oradata文件夹来存放之前/oradata的所有文件. 操作步骤: 1.查看当前数据库的数据文件,临