目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.

有时候我需要查看数据库表中文注释,来确定每个表存的是哪个模块的数据,确保测试时对数据库查询操作无误. 这个操作我忘记了,此处做一个记录 方式一:通过sql语句来,前提是你知道是哪个表,这种方式不容易改表,相对安全 SQL查询法: SELECT COLUMN_NAME, COLUMN_COMMENT AS `备注` FROM information_schema.COLUMNS WHERE TABLE_NAME = 't_user' 方式二:通过Navicat premium内表的操作来 此方法适

mysql使用sql语句查询数据库所有表注释已经表字段注释(转载)   场景: 1. 要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2. 要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t

m_Orchestrate learning system---二十九.什么情况下用数据库做配置字段,什么情况下用配置文件做配置 一.总结 一句话总结: 配置文件 开发人员 重置 数据库 非开发人员 重启 配置文件做配置的特点:方便开发人员修改配置,服务器重启的话配置重置. 数据库做配置的特点:方便非开发人员修改配置,服务器重启的话配置不会受到影响. 1.填写表单(比如增加修改)后的history.go(-1)会跳到跳转页面,使后台的代码再执行一遍,这样会给用户及其不好的用户体验,如何解决? 分

一.controller层 /** * 使用@Validated来进行校验 * @author HuangJingNa * @date 2019年12月23日 下午6:02:20 * * @param validatedTestParam * @return */ @GetMapping("validated_test") @NotCheckOnline public Object validatedTest(@Validated ValidatedTestParam validate

昨天PD里建了几张表,建表的时候我在NAME栏位写了中文说明,但是脚本在数据库里生成表以后,发现中文说明没有了,需要自己在“注释”栏位添加才行,如下图: 我想要达到的效果如下图: 解决方法: 1.  PD中,选定一个编辑的表,右键- >Properties- >Columns- >Customize Columns and Filter(或直接用快捷键Ctrl+U)- >Comment(前面打勾)- >OK,如下图: 弹出的窗口中,选中COMMENT 确定后注释列就出来了,这

从这节开始到后面说的大概内容如下: 这里说的是Django做一个web项目的大概框架,从下篇具体说Django中的模型(查询..),视图(请求,响应,cookie,session..),模板(验证码,反向解析...),还有一些常用的,静态文件处理,中间件,上传图片,全文检索等等,最后是部署环境(wsgi,nginx) 前景:django自带的数据库是sqlite3,这是一种轻量级数据库,一般用于手机中,web项目用的大多数还是mysql,这次做一个项目‘图书-英雄’信息管理 1.在家目录下的De

上一篇我们介绍用如何用yaml结合testng做数据驱动,就又想来个数据库的参数化 备注:@DataProvider的返回值类型只能是Object[][]与Iterator<Object>[] 思路: 解析sql查询返回结果,然后把解析出来的list转换成Object[][]类型的数据,且结合在@DataProvider中. 然后把解析出来的list转换成Object[][]类型的数据,且结合在@DataProvider中. DbDataHeleper.java import org.test

场景: 1. 要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2. 要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t_adminuser’ 所有字段注释 */ SELECT COLUMN_

需求描述: 使用xtrabackup工具对mysql实例中的所有的数据库进行备份,并且将备份的过程输出到指定的日志文件中. 操作过程: 1.使用xtrabacup工具备份mysql实例 xtrabackup --backup -uroot -pmysql \ --target-- \ >/home/mysql/workspace/mysql_backup/FullBackup/Full_Backup_2018--.log 备注:xtrabackup执行过程的内容会输出到STDERR,所以,直接使

我们都知道mybatis generator自动生成的注释没什么实际作用,而且还增加了代码量.如果能将注释从数据库中捞取到,不仅能很大程度上增加代码的可读性,而且减少了后期手动加注释的工作量. 1.首先定义注释生成插件 MyCommentGenerator.java package com.ilovey.mybatis.comment; import org.mybatis.generator.api.IntrospectedColumn; import org.mybatis.generato

作为一名开发人员,大多情况下都会认真的做好功能测试,但是却常常忽略了软件开发之后的压力测试,尤其是在面向大量用户同时使用的Web应用系统的开发过程,压力测试往往是不够充分的.近期我在一个求职招聘型的网站项目中就对压力测试的重要性体会颇深. 在项目中,我负责开发职位信息的搜索部分,但是由于缺乏压力测试,仓促将搜素部分的功能提交到生产环境,结果当并发量稍稍到达一定程度时,数据库系统便已经不堪重负.无奈之下向网上资源查询解决方法,其中一个就是对现有的应用做足够到位的压力测试. 压力测试有着很丰富的内容

需求: 1.将数据库中两条数据中的唯一约束列  做值的替换 原始思想: 将两条数据查出来,在程序中设置第三方变量,进行两条数据的替换,然后将原始两条数据删除,将新的两条替换后的数据插入. 新思想: 1>JPA查询出两条数据,此时还是持久化状态. 2>(放置字段数据库唯一)将其中一条数据字段+“自定义字符串”, 3>save(本条更改数据) 4>flush(),此时已经将更改 同步到了数据库中 5>然后将另一条数据更新,此时唯一约束就不存在了,因为上面已经将相同的值替换掉了 6

grafana 配置文件 vim /etc/grafana/grafana.ini 下面有些参数在新版中6.x版本中已经过时,请参考下面官网最新帮助文档为准 https://grafana.com/docs/installation/configuration/#remote-cache [paths] data = /var/lib/grafana  # 用来存储sqlite3.临时文件.会话等路径 logs = /var/log/grafana  # 日志路径 plugins = /var/

阿里云RDS与ECS服务器数据库做主从 [精] 里云RDS(数据库)基于飞天大规模分布式计算和存储能力,提供超高性价比的单机版实例,同时利用读写分离横向扩展读能力,满足网站类的业务需求.提供稳定.高性能.安全可靠的数据库服务,针对电商秒杀场景进行专项优化,解决热点数据的高并发更新性能瓶颈,100倍性能提升.通过高安全模式,内置SQL注入检测模块,实时拦截风险SQL,保护数据安全.数据强一致性保证,满足金融级可靠性要求,搭建事前.事中.事后三层数据安全防护网,提供双机热备.同城.异地三中心部署架构

H2数据库用来做单测数据库,可以自定义初始化数据,不用担心数据库内容更改造成单测跑不过问题,不过H2数据库跟实际使用的Mysql还是有一定区别. 1. H2数据库不支持Mysql的批量更新功能,支持批量插入 --批量更新(H2不支持) <update id="increaseBatch" parameterType="java.util.List"> <foreach collection="list" item="i

1.要查询数据库 "mammothcode" 下所有表名以及表注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 所有表注释 */ SELECT TABLE_NAME,TABLE_COMMENT FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='mammothcode'; 2.要查询表字段的注释 /* 查询数据库 ‘mammothcode’ 下表 ‘t_adminuser’ 所有字段注释 */ SELECT COLUMN_NAME,c

package jdbc; import java.sql.Connection; import java.sql.DriverManager; import java.sql.PreparedStatement; import java.sql.SQLException; import java.util.UUID; public class ConnectionUtil { private static String driver="com.mysql.cj.jdbc.Driver"