目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast

http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动态网页开发技术,要用它完成实践项目工程的开发,需要掌握的知识点比较多.为了让读者对JSP这一开发技术的知识体系有个全面.清晰的了解,为后续的学习打下基础,本章将首先讲述作为一名JSP程序员应该掌握的技术知识体系和本书的内容安排.接着,对JSP技术进行了简要的介绍,使读者了解JSP技术的功能和优势.读

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上.我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别. 文章:Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Dynamic Changes in lncRNA Expression during Reprogramming 方法:For differential expression analysis, we aligne

数据库project好好的不用主流的MySQL和Microsoft server而要求用听都没听过的postgresql (当然,可能你三个都没听过) 这里的坑主要是把生成的那八张.tbl的表导入pgAdmin中,而网上搜到的有关的资料大部分都是针对Linux的,而没有顾及我们用Windows的宝宝的苦啊/(ㄒoㄒ)/~ 下面是超级详细的过程 首先是postgresql数据库的下载 官网: http://www.postgresql.org/ 点击Download

1.首先下载GeoIP的IP库.参考<利用GeoIP数据库及API进行地理定位查询>.下载后解压,得到一个GeoIP.dat文件 2.新建一个文件geoip.inc.内容为 <?php /* -*- Mode: C; indent-tabs-mode: t; c-basic-offset: 2; tab-width: 2 -*- */ /* geoip.inc * * Copyright (C) 2007 MaxMind LLC * * This library is free soft

下面这个例子是最简单的JDBC连接MySQL数据库的例子. 一般步骤: 1.注册驱动: 2.建立连接: 3.创建语句: 4.处理结果: 5.释放资源. 注意: 1.软件开发环境:MyEclipse 8.5+ MySQL5.1 2.代码运行前需要加载Mysql驱动包: 数据库信息截图:

创建表,触发器,和存储过程等数据库对象,这里一定要用create 在hibernate.cfg.xml文件中

1. mydb.php //DB类 2. backup.php //备份脚本 3. restore.php //还原脚本 mydb.php <? class db{ var $linkid; var $sqlid; var $record; function db($host="",$username="",$password="",$database="") { if(!$this->linkid) @$this

1. 数据库管理系统 1> SQL语言概述 SQL: SQL是Structured Query Language(结构化查询语言)的缩写.SQL是专为数据库而建立的操作命令集, 是一种功能齐全的数据库语言. 2> 常见的数据库 MySQL: MySQL是一个精巧的SQL数据库管理系统, 而且是开源的数据管理系统.MySQL 主要目标是快速.健壮和易用. 由于它的强大功能.灵活性.丰富的应用编程接口(API)以及精巧的系统结果,受到了广大自由软件爱好者甚至是商业软件用户的青睐. Oracle:O

MySQL数据库忘记root密码解决办法 1.在运行输入services.msc打开服务窗体,找到MYSQL服务.右键停止将其关闭.如图:

使用mysql做数据库还原的时候,由于有些数据很大,会出现这样的错误:The MySQL Server returned this Error:MySQL Error Nr. MySQL server has gone away.我的一个30mb的备份还原的时候就出现了这错误. 解决的方法: 1.找到mysql安装目录: 2.找到my.ini文件: 3.在文件的最后添加: max_allowed_packet = 32M (也可以设置自己需要的大小). max_allowed_packet 参数

项目中使用了Oracle数据库,命名基本规范为表名和字段名全部大写,用下划线分割各个单词: 如“BASE_USER_LOGON_EXTEND”这个表表示用户登录的扩展表. 基于这个规范,通用权限管理系统配套升级了代码生成器工具. 下面以Oracle数据库中的BASE_USER_LOGON_EXTEND表来使用这个工具进行实体类和业务类代码的生成.

最近社区多了,考虑到数据的安全性,要每天备份一次数据库,以防万一: linux目前还不是很了解,先用windows的计划任务吧: 大体思路就是 借用windows的计划任务来执行备份远程数据库到本地: 主要是搬来的哈:http://www.php-note.com/article/detail/388 首先,php程序:借用mysqldump来导出数据库,然后php操作存储以及删除旧的数据: 配置文件:db.config.php(我是备份的五个数据库,增加减少就修改$dbs的数组即可) <?ph

我们知道在为sqlserver建立功能数据库时,通过会为库再建立一个登陆名,而这个登陆名时,只用来管理这个数据库,这是安全的,正确的.

1. 数据库管理系统 1> SQL语言概述 SQL: SQL是Structured Query Language(结构化查询语言)的缩写.SQL是专为数据库而建立的操作命令集, 是一种功能齐全的数据库语言. 2> 常见的数据库 MySQL: MySQL是一个精巧的SQL数据库管理系统, 而且是开源的数据管理系统.MySQL 主要目标是快速.健壮和易用. 由于它的强大功能.灵活性.丰富的应用编程接口(API)以及精巧的系统结果,受到了广大自由软件爱好者甚至是商业软件用户的青睐. Oracle:O

项目告一段落,快到一年时间开发了两个系统,一个客户已经在试用,一个进入客户测试阶段,中间突然被项目经理(更喜欢叫他W工)分派一个每隔两小时用windows服务去抓取客户提供的外网xml,解析该xml,然后将截取的节点字段值插入到已经建好相应结构的表中.并记录日志. xml结构概要如下: <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <list> <info> <id>93ef7c7ccc

#!/bin/bash #此脚本的主要用途是检测mysql服务器上所有的db或者单独db中的坏表 #变量说明 pass mysql账户口令 name mysql账号名称 data_path mysql目录路径 directory_list 目录列表 file_list文件列表 db_name 数据库名称 repair_count单库中待修复的表总数 #变量说明 repair_count_all所有库中待修复的表总数 mysql_version mysql版本 _file_name 数据表名称 e

本文采用SQL2005 + VS2008环境,以ODBC API方式成功连接数据库. 1.SQL安装和环境配置 这部分网上随便搜一下都有很多资料,而且很容易就可以配置成功. 注意的关键点: SA账号配置: 远端连接配置. 配置成功后,能成功连接远端数据库,如下图所示: