转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性,继而设置特定的分类阈值,获得同一阈值下的距离矩阵,进行聚类操作,形成不同的分类单元.专业解释太书面不好理解?没事儿,给你举个“栗子”就明白了! 2.OTU在16S测序中有何用? 高通量测序得到的16S序列有成千上万条,如果对每条序列都进行物种注释的话,工作量

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示.   韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图”   韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有

宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, 其定义为"the genomes of the total microbiota found in nature" , 即生境中全部微小生物遗传物质的总和.它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因, 目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和.而所谓宏基因组学 (或元基因组学, meta

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

目录 来源 一.简介 二.结果 基因组组装 重复序列和转座子 基因组特征和基因注释 绿豆的驯化 豆科基因组复制历史 基于转录组分析的豇豆属形成 绿豆育种基因组资源 三.讨论 四.方法 材料 组装 SNP/INDEL 分析和全基因组比对 遗传图谱构建 转座子(TE)检测和重复序列屏蔽 基因预测和注释 转录因子(TF)鉴定 非编码RNA鉴定 转录组组装和豇豆物种形成分析 抗病基因鉴定 全基因组复制分析 来源 Kang, Y., Kim, S., Kim, M. et al. Genome seque

如果你想快速入门计算机,可以参考我的上一篇帖子,先了解一些必备的软知识,然后再来进行语言的快速入门 计算机入门基础知识 目录 1.1.1    计算机与程序 现代计算机可以自动完成计算任务 程序就是按照一定的顺序进行工作的 计算机的发明最初就是为了计算,最早期的计算器是算盘 1.1.2    计算机程序设计语言 机器语言 汇编语言 高级语言 1.1.3    高级语言的发展历程 Algol->CPL->BCPL->B->C C语言的发展总是离不开Unix. ECLR语言 1.1.4

无论是现今的大数据还是企业内部的小数据,都存在一些普遍的问题,如数据格式不对需要转换,一个单元格内包含多个含义的内容,包含重复项等等,虽然我们也可以使用excel解决,但是excel天生有诸多限制,比如其为直接对数据进行操作,容易导致误操作:数据量大会处理缓慢:透视表功能太过简单:无法进行高级的数据分类分析.而OpenRefine很好的解决了以上问题,最重要的一点是它还是免费的!! 确认错误是保证数据质量的第一步,主要包括数据画像和数据清洗. 数据画像 Olson定义为:使用统计方法发现数据的结

1.摘要 摘要:我们提出了CAFE(计算分析基因家族进化),这是一个统计分析基因家族进化规模的工具.它使用随机的出生和死亡过程来模拟一个系统发育过程中基因家族大小的进化.对于一个特定的系统发育树,并给定现存物种的基因家族大小,CAFE可以估计全局基因家族的出生率和死亡率,推断所有内部节点上最可能的基因家族大小,确定基因加速损益率的家庭(用并确定哪些分支导致p值较小重要的家庭.) 2. INTRODUCTION 对全基因组和单基因家族的分析揭示了家族规模的巨大变化,即使是对全基因组和单基因家族的分

1.taxonomy之简介 生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则.遗传.共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构,这些都是生物学的中心思想,直接关系到任何一组生物体的进化史.因此,分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色.NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所有生物体的名称和分类进行整理的集合.当向GenBank提交新的序列时,将检查提交的序列中是否有新的生物名称,然后对这些名称进行分类并添加到分类法数据库中.截至2003年4月1日,共有4653科2642

转载于 Original 2017-06-20 liuhui 生信百科 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号.通过KEGG数据库的注释极大的方便我们进行生物学通路的研究,可以直接查看物种某条生物学通路上基因的存在情况. 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如,植物Phytozome:动植物Ensemble),然后对应到自己的差异基因集里面. 当然如果自己的物种没有KE

1.下载 https://github.com/stamatak/standard-RAxML 2.How many Threads shall I use? 重要的是要知道,RAxML PThreads版本的并行效率取决于比对长度.通常,随着使用的内核/处理器数量的增加,您会希望并行程序变得更快.然而,通常情况下并非如此,因为使用的处理器越多,它们等待输入解析和彼此通信的时间就越多.在计算机科学中,这种现象被称为Amdahl法则(http://en.wikipedia.org/wiki/Amd

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG

一.介绍 内容 使机器能够"举一反三"的能力 知识点 使用 PyTorch 的数据集套件从本地加载数据的方法 迁移训练好的大型神经网络模型到自己模型中的方法 迁移学习与普通深度学习方法的效果区别 两种迁移学习方法的区别 二.从图片文件中加载训练数据 引入相关包 下载网盘链接:https://pan.baidu.com/s/1OgknV6OUB-27DED6KSZ0iA 提取码:ekc9 import torch import torch.nn as nn import torch.op

一.介绍 实验内容 内容包括用 PyTorch 来实现一个卷积神经网络,从而实现手写数字识别任务. 除此之外,还对卷积神经网络的卷积核.特征图等进行了分析,引出了过滤器的概念,并简单示了卷积神经网络的工作原理. 知识点 使用 PyTorch 数据集三件套的方法 卷积神经网络的搭建与训练 可视化卷积核.特征图的方法 二.数据准备 引入相关包 import torch import torch.nn as nn from torch.autograd import Variable import t

实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD

<zw版·Halcon-delphi系列原创教程> Halcon分类函数005·graphics-obj,基本绘图单元,包括线段.矩形.椭圆.圆形 graphics-obj,基本绘图单元,包括线段.矩形.椭圆.圆形 为方便阅读,在不影响说明的前提下,笔者对函数进行了简化: :: 用符号“**”,替换:“procedure” :: 用大写字母“X”,替换:“IHUntypedObjectX” :: 省略了字符:“const”.“OleVariant” [示例] 说明 函数: procedure

Public Sub Basic_CodeFrame() AppSettings On Error GoTo ErrHandler Dim StartTime, UsedTime As Variant StartTime = VBA.Timer 'Input code here Call SubTotalData UsedTime = VBA.Timer - StartTime 'Debug.Print "UsedTime:" & Format(UsedTime, "

Excel 批量快速合并相同的单元格   在制作Excel表格的时候,为了使得自己制作的报表更加简洁明了,方便查阅,经常需要合并很多相同的单元格,如果有几千几万条记录需要合并的话,真的会让人发疯.怎样可以最快地实现合并功能呢?   数据透视表实现的快速合并单元格   1 打开需要合并单元格的excel表格.(这里是以excel 2007版本为例) 2 选择菜单栏“插入”选项卡,点击“数据透视表”下拉列表“数据透视表”,此时,弹出创建数据透视表的窗口. “请选择要分析的数据”:如果是本工作表直接选

直接上代码,原理之前的随笔已经讲过了.http://www.cnblogs.com/hdwang/p/7115835.html 1.先看看效果 2.html代码,含js代码 2.1 common.js /** * Created by hdwang on 2017/6/23. */ var language = { "search": "", "sSearch" : "搜索", "sUrl" : "