一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果 根据SMRTbell的

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名为 m120729_040044_42134_c100384402550000001523033010171256_s1_p0.bas.h5 运行下面命令: h5dump -n m120729_040044_421

1.NCBI文件格式如下: 2.格式转换 (1) bas.h5 -> ccs source /share/nas2/genome/biosoft/smrtanalysis/2.3.0/smrtanalysis/current/etc/setup.sh bash5tools.py --readType subreads --outType fasta /path/to/bas.h5 (2) bax.h5 -> ccs 需要各个文件进行转换并进行合并 source  /opt/smrtanalys

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样    B barcode(客户自己设计)    I insert 插入片段,即我们测序的目的片段    由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴

解析Illumina+PacBio组装策略 (2016-12-08 13:21:58) 转载▼     基于Illumina和PacBio平台的“二加三”组装策略,巧妙的融合了PacBio平台超长读长.无PCR扩增和Illumina平台成本低等优势,成为目前基因组研究最经济有效的方式.那么问题来了,这个“二加三”策略究竟是如何利用两种平台测序数据的?是以二代数据为主还是以三代数据为主?今天,小编将为您揭晓答案. 方案一:以三代数据为主,通过三代数据进行组装,使用二代数据对三代数据进行纠错. 这是

今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透. 基本的目录结构: |-- HG002new_O1l_BP_P6_021315b_MB_100pM | |-- D01_1.c60e446d-f276-41fc--ffa937e22683.tar.gz | |-- D01_2.19ee4f13-c420---cb1da56beccd.tar.gz | |-- D01_3.94e34f0a-eef3-4b71-8f1b-c9790dec647e.tar.gz | |

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

PacBio® RS Software Overview PacBio运行的整个流程是什么?每一步都用到了什么软件? PacBio软件套件 RS Remote:Design runs remotely,Can assign multiple SMRT® Cells per well with different movie times RS Touch:Loading a Run,Monitor at the instrument or remotely,View real-time base

手头有一套完整的PacBio技术资料,会慢慢的总结到博客上. 写在前面:PacBio公司主要有两个测序平台一个是RS,一个是最新的Sequel,下面如果没有指明则是在讲RS平台. SMRT测序技术总览(SMRT® Sequencing Technology Overview) 首先必须对下面几个东西形成概念: 1.SMRT Cell:纳米制造的,不可回收的消耗品,每个 cell 里有 1M 的well(即ZMW),ZMW是单分子实时测序的最小场所. Sequel SMRT Cell 1M are

1.软件简介    Sequel Pro 是一款管理 Mysql 的工具,界面简洁易用. 2.功能特色 FULL MYSQL SUPPORT Sequel Pro is a fast, easy-to-use Mac database management application for working with MySQL databases. FLEXIBLE CONNECTIVITY Sequel Pro gives you direct access to your MySQL Data

二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

Mapreduce的文件和hbase共同输入 package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.hbase.HBaseConfiguration; import org.apache.hadoop.hbase.client.Result; i

mapreduce多文件输出的两方法   package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.io.LongWritable; import org.apache.hadoop.io.NullWritable; import org.apach

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方式可以让我一个表存到两个数据库文件中,或者说怎么把一个表的数据平摊到其他数据库文件中?” (⊙o⊙)…,逆天数据库优化不是很强悍,不过类似的情景倒是见过,可以给你一个思路.比如说我们在创建数据库的时候就可以好好利用文件组. 举个例子: 我们一般创建数据库都是这么来的: create database

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 解决方案(Solution) 搬迁步骤(Procedure) 搬迁脚本(SQL Codes) 注意事项(Attention) 疑问(Questions) 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 有一个数据库大概在700G左右,需要从服务器A搬迁到服务器B,两台服务器网络传输速度可以达到8MB/s,怎么做才能更快的搬迁并且宕机时间最短呢? 数据库业务逻辑概述:这个数据库

SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组 有经验的大侠可以直接忽视这篇文章~ 这个问题有经验的人都知道怎麽做,因为我们公司的数据量不大没有这个需求,也不知道怎麽做实验 今天求助了QQ群里的菠萝大侠,终于知道怎麽做了 我自己会把不明白的问题一定会问到底的,之前在论坛问过这个弱弱的问题,但是由于太弱了,人家随便答复了一下 然后斑竹就标记为答案了~ 移动数据: 1.有表分区 2.没有表分区 我这里只讨论没有表分区的情况,表分区的情况还不是很明白 例子 比如:你有三个文件组,其中一个是主文

    在谈到SQL Server的高可用性之前,我们首先要谈一谈单实例的高可用性.在单实例的高可用性中,不可忽略的就是文件和文件组的高可用性.SQL Server允许在某些文件损坏或离线的情况下,允许数据库依然保持部分在线,从而保证了高可用性.   文件和文件组     有关文件和文件组的基本概念,有很多文章已经阐述过了.这里我只是提一下,文件组作为SQL Server访问文件的一个抽象层而存在.因此SQL Server上所做的操作不是直接针对文件,而是针对文件组.     使用多个文件组和文

介绍C#如何对ini文件进行读写操作,C#可以通过调用[kernel32.dll]文件中的 WritePrivateProfileString()和GetPrivateProfileString()函数分别对ini文件进行读和写操作.包括:读取key的值.保存key的值.读取所有section.读取所有key.移除section.移除key等操作. 目录 1. ini文件介绍 2. 读取操作:包括读取key的值.读取所有section.读取所有key等操作. 3. 写入操作: 包括保存key的值

有一种场景, 手机内存卡空间被用光了,但又不知道哪个文件占用了太大,一个个文件夹去找又太麻烦,所以我开发了个小程序把手机所有文件(包括路径下所有层次子文件夹下的文件)进行一个排序,这样你就可以找出哪个文件占用了内存太大了. 使用例子如下,用JAVA 运行Sort 1, 输入你要排序的文件路径 , 如 例子是对H:\下的文件和它所有子文件夹下的文件进行排序 2, 输入需要进行排序显示的最新大小,如 例子是对10M 大小 以上的文件进行排序 3,从大到小排序后按 文件路径\文件名-------大小

上一篇文章介绍了Dex文件的热更新流程,本文将会分析Tinker中对资源文件的热更新流程. 同Dex,资源文件的热更新同样包括三个部分:资源补丁生成,资源补丁合成及资源补丁加载. 本系列将从以下三个方面对Tinker进行源码解析: Android热更新开源项目Tinker源码解析系列之一:Dex热更新 Android热更新开源项目Tinker源码解析系列之二:资源热更新 Android热更新开源项目Tinker源码解析系类之三:so热更新 转载请标明本文来源:http://www.cnblogs