本文和大家重点讨论一下如何读写Perl文件,主要包括打开.关闭Perl文件,读写Perl文件,Perl文件的状态,命令行参数和打开管道六部分内容,希望通过本文的学习你对读写Perl文件有深刻的认识. 读写Perl文件 一.打开.关闭Perl文件 语法为open(filevar,filename),其中filevar为Perl文件句柄,或者说是程序中用来代表某Perl文件的代号,filename为Perl文件名,其路径可为相对路径,亦可为绝对路径.open(FILE1,"file1");

常用的perl 读写文件的操作,我们都很熟悉了,需要先声明1个文件句柄.但是看下面这段代码: my %organisms = (); while(<DATA>){ chomp; if(/^(\S+)\s+(\S+)$/){ ); ); $u =~ s/ //g; $v =~ s/ //g; $organisms{$u}=$v; } } __DATA__ hsa Human ptr Chimp na Orangutan na Rhesus na Marmoset mmu Mouse rno Ra

perl 返回文件句柄的2种方式 1.使用 \* #!/usr/bin/perl use strict; sub openfile() { my $path=shift; open(FILE,"$path") or die "Can't open $path $!\n "; return \*FILE; } my $temp=&openfile("config"); my @file=<$temp>; print @file;

文件句柄 文件句柄用来对应要操作的文件系统中的文件,这么说不太严谨,但比较容易理解.首先为要打开的文件绑定文件句柄(称为打开文件句柄),然后在后续的操作中都通过文件句柄来操作对应的文件,最后关闭文件句柄. 如不理解文件句柄的概念,可将文件句柄看作Linux中文件描述符的概念(当然,它们是不同的,Perl的文件句柄在层次上对应于Linux中的标准IO流).例如特殊的STDIN.STDOUT.STDERR就是perl中预定义好的文件句柄,分别表示标准输入.标准输出.标准错误,要将它们对应到Linux

sysopen() open()和sysopen()都打开文件句柄,open()是比较高层次的打开文件句柄,sysopen()相对要底层一点.但它们打开的文件句柄并没有区别,只不过sysopen()有一些自己的特性:可以使用几个open()没有的flag,可以指定文件被创建时的权限等. 一定要注意的是,io buffer和open().sysopen()无关,而是和读.写的方式有关,例如read().getc()以及行读取都使用io buffer,而sysread.syswrite则直接绕过io

不同进程之间的通信或进程间通信(InterProcess Communication, IPC),是一个涉及多个方面的主题.Perl提供了多种进程间通信的方式,本文将逐一介绍.本文的内容主体来自于<Pro Perl>的第21章. 单向管道(unidirectional pipe) 管道是两个文件描述符(文件句柄)通过一根管道连接起来,一端的文件句柄读,另一端的文件句柄写,从而实现进程间的通信. Perl使用pipe函数可以创建单向管道,也就是一端只可读.一端只可写的管道,所以它需要两个文件句柄

perl的文件句柄不仅支持普通文件, 还支持管道,今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数,而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的,所以 需要读取压缩文件中的内容,代码如下: my ($fastq) = @ARGV: my ($reads, $bases) = cal_sequence_info($fastq); print qq{$reads\t$bases\n}; sub cal_sequence_info { my $fastq = shift; my $file_hand

啰嗦几句 Perl的时代已经过去,现在年轻的同事们基本上都在用Python了.但个人认为单就生物信息文本处理而言,Perl语言是绝对够用的.最主要的是,前辈们搭建的流程大多数是Perl写的,因此,如果从事流程维护和升级的工作,掌握Perl是必不可少的.即使领导也提出过全面改用Python,这么多流程,这么多脚本,谈何容易!当然,Python也是必学的,因为流程中也嵌套了不少python脚本,现在大部分流程的主程基本是Python来控制了. 总之,若要在流程搭建和维护升级的工作中游刃有余,Shel

1.问题描述: 总共90位长度的位流数据,其中只有5位的数据为1,其余位全部为0.统计好多组5位的简化数据(每一位之间空格隔开,每一组一行),将其扩展到90位. #!D:/EDA/Perl/bin $path_in = "weiliu.txt"; $path_out = ">weiliu.dat"; open(FILE_IN,$path_in)||die"can not open the file: $!"; open(FILE_OUT,$

有太多次写完一个perl程序,需要另外新建一个文件来测试,每次觉得很繁琐,但又不得不这么做.没想到原来perl已经提供了解决方案,这就是DATA. 使用很简单,见下面这个例子: #!/usr/bin/perl while (<DATA>) { print; } __DATA__ hello perl 输出结果: hello perl 这个用法太方便太perl了,以后再也不需要使用新建文件的笨方法了. 下面是解释: <IN>可以从打开的句柄IN中获得数据,<STDIN>可

open函数除了> >> <这三种最基本的文件句柄模式,还支持更丰富的操作模式,例如管道.其实bash shell支持的重定向模式,perl都支持,即使是2>&1这种高级重定向模式,perl也有对应的模式. 打开管道文件句柄 perl程序内部也支持管道,以便和操作系统进行交互.例如,将perl的输出在程序内部就输出给操作系统的命令,或者将操作系统的命令执行结果输出给perl程序内部.所以,perl有2种管道模式:句柄到管道.管道到句柄. 例如,将perl print语

文件句柄相关变量 对应的官方手册:http://perldoc.perl.org/perlvar.html#Variables-related-to-filehandles 默认情况下: $/:输入行的分隔符以换行符为单位,可以使用$/指定 $\:print输出行的分隔符为undef,可以使用$\指定,例如指定换行符"\n" $,:print输出列表(也就是每个逗号分隔的部分)的字段分隔符为undef,可以使用$,指定,例如指定空格 $":默认在双引号上下文中,数组被输出的时

目前还没介绍Perl的面向对象,所以这节内容除了几个注意点,没什么可讲的. 以前经常使用大写字母的句柄方式(即所谓的裸字文件句柄,bareword filehandle),现在可以考虑转向使用变量文件句柄的形式,因为只有使用变量句柄的方式,才能创建文件句柄引用. open DATA,">>","/tmp/a.log" or die "can't open file: $!"; open my $data_fh ,">&

句柄handle 分为文件句柄和目录句柄,文件句柄实际上包含文件,进程和套接字的读写.   文件句柄的操作步骤 open(FD,"filename"); @lines=<FD>; close(FD);   open()由以下几个用法 open(FD,"> filename") 写数据进文件 open(FD,">> filename") 追加数据进文件 open(FD,"filename") 读文件

可以通过文件句柄和<<运算符将文件内容写入到文件中去 #!usr/bin/perl -W use strict; use Spreadsheet::ParseExcel; use utf8; #引入utf8模块 脚本内的字符串使用utf8作为编码格式 binmode(STDOUT,":encoding(gbk)"); #标准输出使用gbk作为编码格式,也可以把gbk改为gb2312 binmode(STDIN,":encoding(gbk)"); #如果

精通Perl(第2版)(通往Perl大师之路必读经典书籍,体现了一种编程思维,能够帮你解决很多实际的问题) [美]brian d foy(布瑞恩·D·福瓦)著   王兴宇 刘宸宇 译 ISBN 978-7-121-25419-2 2015年3月出版 定价:89.00元 424页 16开 编辑推荐 - 探索高级的正则表达式功能 - 如何避免程序的常见安全问题 - 对 Perl 程序的性能分析和基准测试可以让你发现改进之处 - 清理 Perl 代码,使之更加直观和易读 - 了解 Perl 如何持续跟

项目里面一直用的是Perl,Perl里有各种小技巧就分享在这吧. push(@a, $b) 把b元素压入a数组中, 还可以有 push(@a, [@b]); 那a就成了二维数组了 scalar(@a); my $b = @a; a的长度 =~的正则匹配时 =~s///g全局替换 =//i匹配,$1,$2对应第一个,第二个捕获组 opendir readdir 遍历目录 my($sec,$min,$hour,$day,$mon,$year,$wday,$yday,$isdst)=localtime

今天写脚本遇到Can't use string ("bond2     Link encap:InfiniBand ") as a symbol ref while "strict refs" in use at test.pl line 的错误 google了一下,发现stackoverflow有这样的错误,其中有一个是缺少一个分号导致的 例如: open (FILE, "ifconfig | "); while (<FILE>)

1.  单引号字符串中的\n不会被当做换行符处理. 如:'\'\\'  -->  '\  . 2.  双引号 字符串联    "Hello"."World"."\n"  -->  HelloWrold 换行; 字符串重复操作   "fred"×3  --> "fredfredfred"; 大小写       "\l","\L"  -->  小写

程序脚本在运行过程中,总会碰到这样那样的问题,我们会预知一些问题并为其准备好处理代码,而有一些不能预知.好的程序要能尽可能多的处理可能出现的异常问题,本文就总结了一些方法来解决这些异常,当然perl在这个处理了不及其它同类语言,但也不会差到那里.在开始前,我们先盘点一些关于perl的优缺点. 0. 历史太悠久了.你可以在1997年的计算机上找到perl5.0.(只是吐槽一下,历史悠久没什么不好,与时俱进才是关键) 1. 不回收循环垃圾(这是个硬伤,也许和Perl设计的初衷有关,小脚本影响不大:但

1. Pod 语法 pod中用段分可以分为三种,普通段落,字面段落(Verbatim Paragraph)和命令段落.三者的区分非常简单,以=pod|head1|cut|over等指示字开始的段落为命令段落,以空格或制表符(\t)等缩进开始的段落为字面段落,其余的就是普通段落. =head1 =head2 =head3 =head4 此四个指示字生产指定级别的标题.pod2html时用其对应的<h1> .. </h4>包围此段落,并且自动生成a的命名/name和索引/index.