在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

前面的话 一个URL常常需要代表若干不同的资源.例如那种需要以多种语言提供其内容的网站站点.如果某个站点有说法语的和说英语的两种用户,它可能想用这两种语言提供网站站点信息.理想情况下,服务器应当向英语用户发送英文版,向法语用户发送法文版——用户只要访问网站主页就可以得到相应语言的内容 HTTP提供了内容协商方法,允许客户端和服务器作这样的决定.通过这些方法,单一的URL就可以代表不同的资源(比如,同一个网站页面的法语版和英语版),这些不同的版本称为变体.本文将详细介绍内容协商 总括 对于特定的U

摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,多媒体信息系统服务,面向应用层的协议.它是一种通用的,不分状态(stateless)的协议,除了诸如名称服务和分布对象管理系统之类的超文本用途外,还可以通过扩展它的请求方式,错误代码和报头来完成许多任务.HTTP的一个特点是数据表示方式的典型性和可协商性允许独立于传输数据而建立系统.在1990年WWW全球信息刚刚起步的时候HTTP就得到了应用.HTTP的第一个版本叫做HTTP/0.9,是一种为互联网原始数据传输服务的简单协议.由RFC 19

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3

高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5'端,去除N较多的reads等,而针对高通量测序数据的质控软件也有很多,在这里给大家介绍一款"老牌子"的质控工具fastx_toolkit,它是一个软件包,包含了多个质控命令,下面我们就逐个讲解其参数及使用: 1. fastq_quality_converter [-h] [-a] [-n

本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999). All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,协作式的,超媒体信息系统.它是一种通用的,无状态(stateless)的协议,除了应用于超文本传输外,它也可以应用于诸如名称服务器和分布对象管理系统之类的系

转自:http://www.cnblogs.com/tmywu/archive/2010/09/14/1825650.html 在WPF中我们可以将Canvas当成一种画布,将Canvas中的控件当成元素,讲其转成位图文件: 如下效果 图1.1 你可以设置Canvas的宽度.高度和颜色类型,生成任何你想要的图片.实时呈现你设置的样式等效果. 包括创建一些特效如阴影等. WPF提供RenderTargetBitmap类将任何容器控件渲染成一个位图. 新建一个WPF项目,在页面中创建一个CANVAS

名称   mplayer − 电影播放器 mencoder − 电影编解码器 概要   mplayer [选项] [文件|URL|播放列表|−] mplayer [选项] 文件1 [指定选项] [文件2] [指定选项] mplayer [选项] {文件和选项组} [组指定选项] mplayer [dvd|dvdnav]://[标题|[开头标题]−末尾标题] [选项] mplayer vcd://轨迹[/设备] mplayer tv://[频道][/input_id] [选项] mplayer r

本文梗概:众所周知,浏览器可以通过 HTTP 请求的 Accpet 属性 来指定接收的内容类型.依靠这个技术,可以在不修改任何 HTML/CSS 或者图片的情况下,向浏览器提供优化的图片,从而降低带宽消耗,提高页面加载速度. 主要实现方式: 图片压缩率更好,文件大小更小的 WebP 格式. 服务器根据 HTTP 的 Accept 属性 来决定向浏览器发送哪种格式的图片 利用一些图片转化技术,对支持的浏览器自动发送 WebP 图片,不支持的发送传统格式图片 介绍一些当下流行工具来检测网站的真实用户

谈到优化网站性能时,主要目标之一就是减少要发送到浏览器的数据量(即 payload).而当前,图片通常是页面构成中最耗费流量的部分,因此降低图片的大小是一个最为有效的优化网页前端性能的办法. 有很多工具可以压缩图像,以便减少文件大小,但仍然在一定程度上受文件类型的限制,图像编码的方式对最终生成文件的大小有很大的影响. 在这篇文章里将介绍一种被称为 WebP 的新型图片格式,旨在在不影响用户体验的情况下减少图片的大小. 一.WebP是什么? WebP 是由谷歌开发的一种图像格式,与 JPEG 图像

一.WebP 的由来 现代图像压缩技术对我们的生活方式影响很大.数码相机能将上千张高质量图片存储到一张内存卡里.智能手机可以与邻近设备快速分享高分辨率的图片.网站与手机等移动设备能快速展示各种富媒体. 然而,如果图片只能以最原始的格式进行存储的话,以上所有都只是纸上空谈. 在 APP.浏览器或 PC 端.还是移动端等各种设备里,通常使用 JPEG 这种损耗较大的格式对图片进行高效率的管理,而使用 PNG 这种失真较小的格式传送图表.图标以及图画等. 然而,在过去几年间,尽管视频的格式发展迅速,图

超文本传输协议-HTTP/1.1(修订版) ---译者:孙超进本协议不限流传发布.版权声明Copyright (C) The Internet Society (1999). All Rights Reserved.摘要超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,协作式的,超媒体信息系统.它是一种通用的,无状态(stateless)的协议,除了应用于超文本传输外,它也可以应用于诸如名称服务器和分布对象管理系统之类的系统,这可以通过扩展它的请求方法,错误代码和消息头[47]来实现.HTTP的一个特性

转自:http://www.cnpaf.net/Class/HTTP/200811/23277.html 说明 本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999).   All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,超媒体信息系统.它是一种通用的,

一.介绍(introduction) 1. 目的——HTTP/0.9-〉HTTP/1.0-〉HTTP/1.1 2. 要求——MUST.REQUIRED.SHOULD 3. 术语——连接(Connection).消息(Message).请求(Request).应答(Response).资源(Resource).实体(Entity).表示方法(Representation).内容协商(Content Negotiation).变量(Variant).客户机(Client).用户代理(User age

一.图像处理概述 1.开启GD2图像扩展库 ①PHP不仅限于只产生HTML的输出,还可以创建与操作多种不同格式的图像文件.PHP提供了一些内置的图像处理函数,也可以使用GD函数库创建新图像或处理已有的图像.目前GD2库支持JPEG.PNG和WBMP格式. ②GD扩展用于动态创建图片,使用C语言编写,开放源代码,现在的版本是2.0,所以称为GD2. ③开启GD2扩展库:将php.ini中extension=php_gd2.dll选项前的分号去掉,重启. 图片.png 2.查看图像拓展库GD2是否开

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

1.http rfc大致讲了什么? 2.解决了什么问题? HTTP协议描述的是发送方与接收方的通信协议 协议功能: HTTP协议(HyperText Transfer Protocol,超文本传输协议)是用于从WWW服务器传输超文本到本地浏览器的传输协议.它可以使浏览器更加高效,使网络传输减少.它不仅保证计算机正确快速地传输超文本文档,还确定传输文档中的哪一部分,以及哪部分内容首先显示(如文本先于图形)等.HTTP是客户端浏览器或其他程序与web服务器之间的应用层通信协议.在Internet上的

一.Jellyfish简介 JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件.该软件运用 Hash 表来存储数据,同时能多线程运行,速度快,内存消耗小.该软件只能运行在64位的Linux系统下.其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上. 二.Jellyfish安装 123

转自:http://www.cnblogs.com/k1988/archive/2010/01/12/2165683.html 说明 本文档规定了互联网社区的标准组协议,并需要讨论和建议以便更加完善.请参考 “互联网官方协议标准”(STD 1)来了解本协议的标准化状态.本协议不限流传发布. 版权声明 Copyright (C) The Internet Society (1999).   All Rights Reserved. 摘要 超文本传输协议(HTTP)是一种为分布式,合作式,超媒体信息