前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

Python读写文件1.open使用open打开文件后一定要记得调用文件对象的close()方法.比如可以用try/finally语句来确保最后能关闭文件. file_object = open('thefile.txt') try: all_the_text = file_object.read( ) finally: file_object.close( ) 注:不能把open语句放在try块里,因为当打开文件出现异常时,文件对象file_object无法执行close()方法. 2.读文件

前言 最近要开发一个基于python的合并文件夹/目录的程序,本来的想法是基于修改时间的比较,即判断文件有没有改变,比较两个文件的修改时间即可.这个想法在windows的pc端下测试没有问题. 但是当把一个文件从pc端复制到优盘时出现了一个问题,复制到优盘的文件比pc端的文件慢了两秒钟! 这里我用的复制函数是 shutil.copy2(),理论上它会把修改时间和最后访问时间也复制过来1,但是实际情况并不是完全相同. 详细情况我在segmentfault里提出了问题:为什么将一个文件从pc中复制到

前言 python 对于文件及文件夹的操作. 涉及到 遍历文件夹下所有文件 ,文件的读写和操作 等等. 代码一 作用:查找文件夹下(包括子文件夹)下所有文件的名字,找出 名字中含有中文或者空格的文件 ,并打印到TXT中. 背景:在Android环境下,有些图片或者文件资源 ,如果命名不规范,会引起崩溃,如果有中文的话,直接编译不过去, 所以我们需要找出它们,(可以直接在下面脚本中修改他们的名字) 代码如下: #coding=utf-8 # win 和 mac #查找所有空格名字 或者 空格 #

python:open/文件操作 open/文件操作f=open('/tmp/hello','w') #open(路径+文件名,读写模式) 如何打开文件 handle=open(file_name,access_mode="r") file_name 变量包含我们希望打开的文件的字符串名称,access_mode 中的'r'表示读取,‘w’表示写入,'a'表示添加,其它可能用到的标实还有‘+’表示读写,‘b’表示2进制访问,如果未提供access_mode,默认为“r”. 如果open

一.python打开文件 #=====================python 文件打开方式 open()===================== # open(fileName,type) type="r" 以只读方式打开文件 ,该文件必须存在 file_r=open("E:\\python\\hello.txt","r"); # open(fileName,type) type="w" #1.以只写方式打开文件 ,该

本节内容: I/O操作概述 文件读写实现原理与操作步骤 文件打开模式 Python文件操作步骤示例 Python文件读取相关方法 文件读写与字符编码 一.I/O操作概述 I/O在计算机中是指Input/Output,也就是Stream(流)的输入和输出.这里的输入和输出是相对于内存来说的,Input Stream(输入流)是指数据从外(磁盘.网络)流进内存,Output Stream是数据从内存流出到外面(磁盘.网络).程序运行时,数据都是在内存中驻留,由CPU这个超快的计算核心来执行,涉及到数

python 遍历文件夹 文件   import os import os.path rootdir = "d:\data" # 指明被遍历的文件夹 for parent,dirnames,filenames in os.walk(rootdir): #三个参数:分别返回1.父目录 2.所有文件夹名字(不含路径) 3.所有文件名字 for dirname in dirnames: #输出文件夹信息 print "parent is:" + parent print

python检测文件的MD5值MD5(单向散列算法)的全称是Message-Digest Algorithm 5(信息-摘要算法),经MD2.MD3和MD4发展而来.MD5算法的使用不需要支付任何版权费用. #python 检测文件MD5值 #python version 2.6 import hashlib import os,sys #简单的测试一个字符串的MD5值 def GetStrMd5(src): m0=hashlib.md5() m0.update(src) print m0.he

Python编码/文件读取/多线程 个人笔记~~记录才有成长   编码/文件读取/多线程 编码 常用的一般是gbk.utf-8,而在python中字符串一般是用Unicode来操作,这样才能按照单个字来处理,所以需要对不同的编码格式进行转化. 这里需要的函数decode和encode,形式都很简单,只要牢记对应的格式对应的编码就好 如果是utf-8,想转换成unicode content.decode('utf-8') 如果是Utf-8,想转换成gbk content.decode('utf-8

一. python打开文件代码如下: f = open("d:\test.txt", "w") 说明:第一个参数是文件名称,包括路径:第二个参数是打开的模式mode ‘r’:只读(缺省.如果文件不存在,则抛出错误)‘w’:只写(如果文件不存在,则自动创建文件)‘a’:附加到文件末尾‘r+’:读写 如果需要以二进制方式打开文件,需要在mode后面加上字符”b”,比如”rb””wb”等 二.python读取文件内容f.read(size) 参数size表示读取的数量,可

python的文件读写操作符有:r w a r+ w+ rb wb 除了以file的方式打开文件,还有一种方式就是open了,两个的用法是一模一样的,可以看成open就是file的别名 下面这个表格是转自:http://blog.csdn.net/cnmilan/article/details/9142561 w 以写方式打开文件,可向文件写入信息.如文件存在,则清空该文件,再写入新内容 a 以追加模式打开文件(即一打开文件,文件指针自动移到文件末尾),如果文件不存在则创建,可以追加文件内容,但

Python 字符串操作 去空格及特殊符号 s.strip().lstrip().rstrip(',') 复制字符串 #strcpy(sStr1,sStr2) sStr1 = 'strcpy' sStr2 = sStr1 sStr1 = 'strcpy2' print sStr2 连接字符串 #strcat(sStr1,sStr2) sStr1 = 'strcat' sStr2 = 'append' sStr1 += sStr2 print sStr1 查找字符 #strchr(sStr1,sS

Python的文件类型主要分为3种:源代码(source file).字节码(byte-code file).优化的字节码(optimized file).这些代码都可以直接运行,不需要编译或者连接.这正是Python语言的特性,Python的文件通过python.exe和pythonw.exe解释运行. 1.源代码 Python的源文件以"py"为扩展名,有python.exe解释运行,可在控制台下运行."pyw"是图形开发用户接口(GUI)文件的扩展名,作为桌面

Python下的文件读写操作过程和其他高级语言如C语言的操作过程基本一致,都要经历以下几个基本过程. 1. 打开文件 首先是要打开文件,打开文件的主要目的是为了建立程序和文件之间的联系.按程序访问文件时的目的来 看,有的时候打开文件是为了从文件中读取需要的数据,那么此时我们在打开文件时应以读的的方式去打开文 件:有的时候需要将程序的数据写入某个文件,那么在写入数据之前需要把文件以写的方式打开,不能向以读 方式打开的文件里写数据,也不能从以写的方式打开的文件里读取数据. 那么怎样编写程序去以读或者

上节简单的说明了一下Pyhon下的文件读写基本流程,从本节开始,我们做几个小例子来具体展示一下Python下的文件操作,本节主要是详细讲述Python的文件读操作. 下面举一个例子,例子的功能是读取当前目录下的a.txt文本文件里的内容并输出打印到屏幕上.下图是运行结果.        程序代码如下: rfile = open("a.txt", 'r') words = rfile.read() print words rfile.close() 代码第一行的作用是以只读的方式打开当前

http://www.cnblogs.com/lovebread/archive/2009/12/24/1631108.html [Python]读写文件方法 http://www.cnblogs.com/xuxn/archive/2011/07/27/read-a-file-with-python.html Python按行读文件 1. 最基本的读文件方法: # File: readline-example-1.py file = open("sample.txt") while 1

python中文件的复制 python的os模块有很多文件目录相关的函数,但没有提供直接复制文件的函数,当然可以通过边都边写的方式复制文件.想要直接复制文件可以通过shutil模块 shutil模块是另一个文件,目录的管理接口,提供了一些用于复制文件,目录的函数.copyfile()函数可以实现文件的拷贝,声明如下: import shutilcopyfile(src, des)文件的剪切可以使用move()函数模拟,声明如下:move(src,des)功能:移动一个文件或者目录到指定的位置,并