clusterProfiler没有显性的接口,但是可以直接扣取clusterProfiler里的函数. 核心函数就是get_GO_data GO_DATA <- get_GO_data("org.Hs.eg.db", "BP", "SYMBOL") 可以看到输入的是GO数据库,选定类别,基因名字类型,输出的就是整个数据库. 但是想调用这个函数没那么简单,得导入一系列的基础函数. 一个常见的任务就是获取GO数据库里所有的cell cycle相

尝试解决下面的问题 问题: 爬取tv.sohu.com的页面, 提取视频相关信息,不可用爬虫框架完成 何为视频i关信息?属性有哪些? 需求: 做到最大可能的页面覆盖率 *使用httpClient 模拟获取页面HtmlText源码信息,正则出源码视频URL解析类HtmlText2URLlist.ashx. 正则式:href=\"(.*?)\" 选择重要的信息进行存储 选择合适的数据存储方式,便于后续使用 数据库字段 ID.URL.IsSuccess.Title.Isdelete.Vide

1. 文件系统介绍 R语言对文件系统的操作,包括文件操作和目录操作,函数API都定义在base包中. 2. 目录操作 2.1 查看目录 查看当前目录下的子目录. # 启动R程序 ~ R # 当前的目录 > getwd() [1] "/home/conan/R/fs" # 查看当前目录的子目录 > list.dirs() [1] "." "./tmp" 查看当前目录的子目录和文件. > dir() [1] "readme

RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据,采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测: 网址如下: http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/

关键词提取自动摘要相关开源项目 GitHub - hankcs/HanLP: 自然语言处理 中文分词 词性标注 命名实体识别 依存句法分析 关键词提取 自动摘要 短语提取 拼音 简繁转换https://github.com/hankcs/HanLP 文章或博客的自动摘要(自动简介) - 开源中国社区http://www.oschina.net/code/snippet_1180874_23950 Python实现提取文章摘要的方法_python_脚本之家http://www.jb51.net/a

肿瘤的发生与免疫系统的功能密切相关.在免疫系统中,MHC(主要组织相容性复体,majorhistocompatibilitycomplex)是所有生物相容复合体抗原的一种统称.HLA(humanleucocyteantigen)就是人类的MHC基因,即人类白细胞抗原,位于6号染色体,它所在的区域是人类基因组中多态性最高的区域之一,有高达上千个等位基因. HLA–I类基因在细胞毒性T细胞反应中作用至关重要,可以在细胞表面呈递可被T细胞受体识别的肽段. 研究表明,肿瘤中HLA基因存在大量的体细胞突变

R的包(package)通常有两种:1 binary package:这种包属于即得即用型(ready-to-use),但是依赖与平台,即Win和Linux平台下不同.2 Source package: 此类包可以跨平台使用,但用之前需要处理或者编译(compiled)..libPaths():查看包的安装目录library():查看已经安装的包目录installed.packages():查看已安装包信息library(mypackage):载入mypackage包getOption("def

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合. 1.聚类 常用的包: fpc,cluster,pvclust,mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes, diana 基于模型的方法: mclust 基于密度的方法: dbscan 基于画图的方法: plotcluster, plot.hclust 基于验证的方法: cluster.stats 2.分类 常用的包: rpart,party,rand

步骤 1)安装R.windows操作系统安装包的链接:https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 2)切换当前路径为脚本所在路径 点击 文件 > 改变工作目录 3)运行脚本 点击 文件 > 运行R脚本文件 如果希望自己生成训练数据,就运行生成训练数据的脚本.如果只是想生成测试数据,就运行生成测试数据的脚本. 生成训练数据的脚本 将男声的音频文件置于male文件夹下,将女声的音频文件置于female文件夹下 packages <- c('tun

转自:http://blog.csdn.net/houzuoxin/article/details/16113895 R树在数据库等领域做出的功绩是非常显著的.它很好的解决了在高维空间搜索等问题.举个R树在现实领域中能够解决的例子吧:查找20英里以内所有的餐厅.如果没有R树你会怎么解决?一般情况下我们会把餐厅的坐标(x,y)分为两个字段存放在数据库中,一个字段记录经度,另一个字段记录纬度.这样的话我们就需要遍历所有的餐厅获取其位置信息,然后计算是否满足要求.如果一个地区有100家餐厅的话,我们就

数据格式 每行分别为表型和基因表达情况对应标量,每列分别为样品名的矩阵.假定前9列为phenotype,从第10行起为gene_id,编写简单for循环如下: script require("lessR") library(lessR) data = read.table("c:/Users/****/Desktop/yourfile.txt", header = T,row.names = 1,na.strings = T,sep = "\t"

Here is a solution using the geosphere and maps package. Using the gcIntermediate function you can "intermediate points on a great circle inbetween the two points used to define the great circle." Here is an example showing flight conncetions fr

1.简介 构造数据类型PdfString封装Rect类,PdfAnalyzer类中定义一些PDF解析方法. 2.PdfString类与Rect类 public class PdfString : IComparable<PdfString> { public string Words { get; set; } public Rect Position { get; set; } public int PageNumber { get; set; } public PdfString(stri

一共这几个模块: class videoReader 读取视频 class videoFramesExtractor(videoReader):继承了读取视频,主要是用来限制读取视频中的哪些帧,并保存. read_excel_single(excel_path,event_instance): 处理Excel中的数组,找到事件的帧数范围: Excel内容是这样的,需要的只是第二列的帧范围,另外第二列中的这些值还有重复的所以需要去除重复: 每一个范围,例如:23450:23461之内的帧要存放在一

一基本简单介绍 SQLite 是一个自持的(self-contained).无server的.零配置的.事务型的关系型数据库引擎.由于他非常小,所以也能够作为嵌入式数据库内建在你的应用程序中. SQLite 被应用在 Solaris 10操作系统.Mac OS 操作系统.iPhone 和 Skype 中. QT4 .Python . PHP 都默认支持 SQLite ,Firefox Amarok 等流行的应用程序在内部也使用了 SQLite.   SQLite   数据库引擎实现了基本的 SQ

机器学习数据集,主数据集不能通过,人脸数据集介绍,从r包中获取数据集,中国河流数据集   选自Microsoft www.tz365.Cn 作者:Lee Scott 机器之心编译 参与:李亚洲.吴攀.杜夏德 要学习怎么使用微软 Azure 机器学习,最重要的是获取样本数据集和进行实验. 在微软,我们有大量的样本数据集可用.这些数据集已经在 Azure Cortana Intelligence Gallery 中的样本模型中得到了应用. 其中一些数据集可以通过 Azure Blob 存储获取,所以

我相信大家都有过这样的需求,把doc.ppt.excel.pdf.txt中的文本内容提取出来.提取出来的文本内容可用于文档内容的全文索引,文档的基本内容摘要等.在度娘上搜索“如何提取文档内容”,确实有很多demo可以借鉴,但是,很多demo要么是需要付费的jar包,要么提取出的内容不全或者乱码.Java有许多开源工具包可用,尚且还不完美,何况其它一些开发语言如node.golang.ruby.python呢! 如果能有免费的API接口可以调用,那就不管是啥语言了,省时又省心,何乐而不为呢!基于此

<时间序列分析——基于R>王燕,读书笔记 笔记: 一.检验: 1.平稳性检验: 图检验方法:     时序图检验:该序列有明显的趋势性或周期性,则不是平稳序列     自相关图检验:(acf函数)平稳序列具有短期相关性,即随着延迟期数k的增加,平稳序列的自相关系数ρ会很快地衰减向0(指数级衰减),反之非平稳序列衰减速度会比较慢   构造检验统计量进行假设检验:单位根检验adfTest()——fUnitRoots包 2.纯随机性检验.白噪声检验(Box.test(data,type,lag=n)

简介 统计学一直在研究如何从数据中得到可解释的东西,而机器学习则关注如何将数据变成一些实用的东西.对两者做出如下对比更有助于理解“机器学习”这个术语:机器学习研究的内容是教给计算机一些知识,再让计算机利用这些知识完成其他的任务.相比之下,统计学则更倾向于开发一些工具来帮助人类认识世界,以便人类可以更加清晰地思考,从而做出更佳的决策. 在机器学习中,学习指的是采用一些算法来分析数据的基本结构,并且辨别其中的信号和噪声,从而提取出尽可能多的(或者尽可能合理的)信息的过程.在算法发现信号或者说模式之后

环境:windows10-x64 ffmpeg的功能很强大,可以进行音频和视频的处理,这里记录下需要从视频文件提取图片的情况. ffmpeg官方地址:https://www.ffmpeg.org/使用ffmpeg实现,操作命令如下:ffmpeg -i [输入文件名] [参数选项] -f [格式] [输出文件] 提取图片参数选项: -i: 设定输入流-ss: 指定开始时间(0:0:05)-t: 指定持续时间(0:0:05)-r: 提取图像频率(用于视频截图) –f: 输出格式(视频转码) 使用示例

1.数据准备 # 测试数组 vector = c(,,,,,,,,,,,,,,) vector ## [] 2.R语言内置排序函数 在R中和排序相关的函数主要有三个:sort(),rank(),order(). sort(x)是对向量x进行排序,返回值排序后的数值向量; rank()是求秩的函数,它的返回值是这个向量中对应元素的“排名”; order()的返回值是对应“排名”的元素所在向量中的位置. sort(vector) ## [] order(vector) ## [] rank(vect