plotly包:让ggplot2的静态图片变得可交互 Plotly 是个交互式可视化的第三方库,官网提供了Python,R,Matlab,JavaScript,Excel的接口,因此我们可以很方便地在这些软件中调用Plotly,从而实现交互式的可视化绘图. plotly支持facet,不过当facet的图形超过9个以后,legend处会出现bug. 栗子: library(plotly)set.seed(100)d <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000)

参考  设置环境变量R_LIBS将R包安装到自定义路径   实际上是可以解决问题的, #环境变量完成以后,启动(重启)R,运行 .libPaths() 加载R包时,发现路径仍然未变成自定义的. 那么参考  quantreg软件包加载失败.是要改路径么?新手求帮忙 开启R的时候用管理者身份打开[鼠标右键RStudio→以管理者身份运行],再运行,就会发现路径自定义成功. .libPaths()

开学的时候,男神给了数据(.xlsx格式)让用R语言分析分析,作为编程小白,读了一天都没读近R,更别提如何分析了. 现在小伙伴们都喜欢读txt 和csv格式的,好多xlsx的表格读不进R,将xlsx格式另存为csv格式就可以读进去啦.但偶尔会有格式不兼容的情况,会干掉有些数据,导致我们最后跑出的结果和男神给的案例结果不一样.其中一种解决方法是(我认为好用的): (1)安装xlsx包时会提醒需要rJava包,而rJava包需要配置电脑的环境变量,没有环境变量会导致包装不上,装不上! 首先电脑要安装

在linux下,对于手动安装的软件,当时间长了,我们就会忘记安装这个软件的细节.这就不利于以后软件的卸载工作了.而yum则会帮我们记住相关安装细节,当软件被卸载的时候,没用的文件也会一并被删除.因此,在centos 7下我们建议优先使用yum的方式安装软件. 在centos 7下安装R软件可以使用两种方式:源码编译安装和Yum在线安装.而R的官网上已经说明了,R已经被EPEL仓库管理着,EPEL是一个汇集了各种附加软件包的项目,所以我们使用yum来安装. 具体步骤如下: 1 通过如下命令安装并启

错误信息 Package'libxml-2.0',requiredby'ggobi',notfound     错误原因 ggobi缺乏libxml依赖 解决方案 sudo apt install libxml2 sudo apt install libxml2-dev (注意,有一个坑是,运行了第一条指令后,仍将缺乏libxml2依赖,因为许多 Linux 发行版会进行拆包,把开发用的部分单独拆出去.在我们实际运行中,会缺乏libxml2 所需要的头文件.静态库和一些相关工具. 应该执行第二条

错误信息: configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org ERROR: configuration failed for package ‘gmp’ * removing ‘/home/chenyansu/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/gmp’ Warning in install.packages : installation of package

post={"title":"my Blog post","content":"Here's my blog post","date":new Date()} sudo yum install -y gccsudo yum install -y glibc-headerssudo yum install -y libreadline6-dev gfortran sudo yum install -y rea

在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat 2 和 Seurat 3 Seurat  作为单细胞分析中的重量级R包,有多好用用,用过的人都知道.Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降维及画图等.还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应.然而Seurat 2和Seurat 3的矫正方法完全不一样,得到的结果也不一致.Seurat 2是基于CCA (典型相关性)的,可以矫正肿瘤,外周血及癌旁组织间由于实验带来的

更新时间:2019.09.23 1. 序言 之前曾经用过一段时间的R(一直忍受着原生R那个超级"简洁"的界面),但是后来重装了系统并且学习了Python,就没有再怎么碰过R了.然而这两学期又开个R语言的课(统计狗一枚),只能再重新装一下. 这次有点不同的是,是想直接将R的内核嵌入到jupyter notebook中,用jupyter notebook来写R.为了方便起见,记录一些安装的过程,以便不时之需. 2. R的下载 其实,R的下载十分的简单,一种方法是直接进入R的官网-->

R环境的两种安装方式,源码编译安装和yum在线安装 第一种:源码编译安装 1.首先,从官网上下载3.5.0版本 2.下载完后记得解压,我的习惯是解压在/usr/local下面 tar -zxvf R-3.5.0.tar.gz 3.然后,安装各种依赖环境 yum install -y gcc yum install -y glibc-headers yum install -y libreadline6-dev gfortran yum install -y readline-devel yum

    今天看论文,需要用到R语言的库,于是又折腾了半天..     其实并没有什么太大的问题,只是在第三方包的下载方面还有python中使用R方面遇到了问题: 第三方包的导入      其实在网上有很多的方法了,R中包的安装     先说结论:最推荐直接使用install.packages("包名"),如果里面没有的话,再考虑在这个网站下载网站地址     这里一开始我担心又因为网速慢的问题,半天在线下不下来,所以直接从网站搜的包,然后下载下来,自己安,结果他并不添加其他依赖,下了一

前言 R对windows使用很友好,对Linux来说充满了敌意.小数据可以在windows下交互操作,效果很好很棒.可是当我们要处理大数据,或者要在集群上搭建pipeline时,不得不面对在Linux上装R及想要的R包这个难题,尤其是对非root用户而言更是艰难重重. 准备依赖库 依次安装:zlib/bzip/liblzma/pcre/curl,注意顺序和版本.目前3.4以上3.6以下R版本相对较为稳定和不过时,我自己安装的是3.5.2. cd zlib-1.2.11 ./configure -

1.安装Java程序(官网win7 64位系统的Java安装程序及网址http://www.java.com/zh_CN/download/manual.jsp),选择windows 64位脱机安装到R目录下 2.在R里面输入: install.packages("rJava") install.packages("xlsx") 安装这两个包,会提示你还有一个包, "xlsxjars"这个包一般会在这个过程中自动安装,如果没有安装的话,可以再按照

R 查看包的版本 version> packageVersion("snow") 卸载包remove.packages 从源码安装包install.packages(path_to_file, repos = NULL, type="source")http://stackoverflow.com/questions/1474081/how-do-i-install-an-r-package-from-source 生成随机数 正太分布For uniforml

R安装问题R CMD INSTALL -l /data1/jhh/envirment/R/R_lib /data1/jhh/software/qvalue_2.10.0.tar.gz 问题1 :configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available 解决方法:apt-get install libxt-dev 运行过程中又遇到了... 问题2 : configure: error: libcu

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) if(! require("devtools")) install.packages("devtools") if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2") if(! require(

在R console中使用install.packages()来安装第三方包时,会出现这样的错误: 即使我们选择的是China的镜像也解决不了问题. 这时候,可以先试试用IE打开上图中黑底部分的URL.因为据说R是使用IE来打开页面进行下载的,所以如果自己电脑上的IE打不开相应的链接,那么在R里面也是无法完成下载的. 如果用IE打不开,网友们的说法是修复IE.我的做法是直接翻了墙.然后用IE就能正常打开页面了,然后也能在R里面进行各种包的安装了. 在安装的过程中,有时会出现无法把下载好的包移动到

在R语言中使用openxlsx包,会报错 解决办法就是: 下载安装Set-Rtool,安装时注意勾选对话框 然后在R中运行以下代码: Sys.setenv("R_ZIPCMD" = "H:/Rtools/bin/zip.exe") #your Rtools path 具体情况看看你的R软件在哪个盘里面装着.

自动安装(在线安装) 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl="http://www.your.url", dependencies = TRUE) # 安装 stepNorm 若要指定安装目录 `mydir`,则输入 install.packages("stepNorm", c

生物上的一些包可以这样安装 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("affy") 一般的包: install.package("包名") 使用library()可以查看已经安装的包的列表,会打开一个新窗口显示信息. 使用installed.packages()可以看到各个包安装的路径,版本号等信息. 也可以使用 .packages(all.available=T) 就在控制台

文章来源:http://www.cnblogs.com/hello-tl/p/7569108.html 更新时间:2017-09-21 16:09 简介 LAMP+R指Linux+Apache+Mysql+PHP+Redis是一组常用来搭建动态网站或者服务器的开源软件,本身都是各自独立的程序,但是因为常被放在一起使用,拥有了越来越高的兼容度,共同组成了一个强大的Web应用程序平台. Apache 安装篇 Demo地址:http://www.cnblogs.com/hello-tl/article