1)三代组装软件 ------------------------------------------------------------------canu-------------------------------------------- wget https://github.com/marbl/canu/releases/download/v1.8/canu-1.8.Linux-amd64.tar.xz tar -Jxf canu-1.8.Linux-amd64.tar.xz ech

BioInf-Wuerzburg/proovread - Github 主要是来解读 proovread 发表的文章,搞清楚它内在的原理. Proovread,这个工具绝对没有你想的那么简单,它引入了很多局部模型,而且在总体设计上也是很有眼光的. 原文:proovread: large-scale high-accuracy PacBio correction through iterative short read consensus 摘要 动机:目前边合成边测序的二代技术占主导,虽然准,但太

目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4)质控.基因组组装.质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 7)更多参考内容 5. 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 1. 组装算法 一般有基于OLC(Overlap-Layout-Consensus, 先重叠后扩展)和基于DBG(De Brujin Graph)两种组装算法.基于OLC的

目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我跑了下,结果不佳.提了issue,张老师特意开发了个为简单基因组设计的流程:https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/master/bin/ALLHiC_pip.sh,主要增加了对contig的纠错.至于效果,我还在跑. 3D-DNA 优秀的纠错功能.我认

道可道,非常道. 名可名,非常名. 无名天地之始,有名万物之母. ---老子 关于标题 好久没写东西了,动笔的动机是看完了一本书,想写点总结性的东西,一是为了回顾一下梳理知识点,二是为了日后遗忘时能有个简短的文章帮助自己快速回忆. 标题看着像上学时写的作文题目,原本想找个高大上的题目好拉拉人气,但关于领域驱动设计我也才处在守破离的守得级别,还是老老实实用个规矩的标题吧. 核心内容 作者在书中反复强调领域通用语言(Ubiquitous Language)的重要性,依据领域通用语言剥离出核心领域(C

最近因项目需要,做一个数据采集的单片机平台.需要移植 FatFs .现在把最后成果贴上来. 1.摘要 在 STM32 单片机上,成功移植 FatFs 0.12b,使用的 Nand Flash 芯片为 K9F2G08 . 特点: 系统配合 FatFs 实现了坏块管理,硬件ECC,软件 ECC 纠错 2.代码分析 2.1.擦写均衡分析 在create_chain 函数中实现,每次分配都由当前scl 指向的 free cluster 开始,逐块检查,是否有可用 cluster 存在.如果没有则取下一块

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

单分子测序reads(PB)的混合纠错和denovo组装 我们广泛使用的PBcR的原始文章就是这一篇 原文链接:Hybrid error correction and de novo assembly of single-molecule sequencing reads 简介:PBcR里面有一种自纠算法(PacBioToCA),纠错的核心本质就是多重序列比对,为了加快比对速度使用了MHAP算法(MinHash).三代的错误分布不是完全随机的,不要以为错误是均匀分布的!!! 摘要: PB技术可以

Atitit. 提升软件开发效率and 开发质量---java 实现dsl 4gl 的本质and 精髓  O725 1. DSL主要分为三类:外部DSL.内部DSL,以及语言工作台. 1 2. DSL规则 2 2.1. DSL = 整洁的代码 2 2.2. DSL必须以文本代码的形式出现 2 2.3. DSL的语法应该尽可能地接近英语或者其他自然语言 2 3. DSL 文本形式 or 图形标识 2 4. 实现方式 2 4.1. 2. 管道抽象 2 4.2. 3. 层次结构抽象 3 4.3. 4.

最近花了点时间把之前的空间数据入库功能进行了完善,在这里做一个简单的介绍,也希望大家给提点意见和建议,我的目标是做一个好用.易用.通用.稳定的入库程序. 1.软件特点: 基于模板(方案)的数据更新  采用配置模板进行更新操作,对于接边.推历史库.图层字段映射等根据客户需要灵活定制. 可配置信息包括: 序号 功能名称 功能描述 备注 1 基础配置 配置现状/历史图层名称命名规则,现状/历史关键字段,宏字段等信息. 宏字段是以[]包围的文本,在其它配置文件中可以使用宏字段代替相应的内容. 2 图层字

一.选题和目标人群的确定 4月8日,微软宣布推出首款整合搜索的中文云输入法“必应Bing输入法”,其前身是“英库拼音输入法”.微软宣称,该输入法界面干净,无广告.无插件,即使是在性能相对不高的电脑上,也可以流畅的输入,是微软第一款带有云词库的输入法. 在搜狗.百度.google.QQ等输入法抢占了市场先机的情况下,我们组的成员一致对bing输入法的产品现状和未来的发展态势充满了研究兴趣.经投票表决,我们将必应输入法确定为我们组的研究对象. 关于目标人群的选择,我们将集中在大学生这一群体上.以身边

内容提要: 1.WebStorm简介 2.如何免费获得WebStorm 3.利用学生身份免费获得正式版WebStorm WebStorm简介 WebStorm 是一款前端开发 IDE(集成开发环境),可以简单理解为,它是一个智能的.强大的代码编辑器. 小编不是Web前端高手,因为要开发HTML5小游戏和使用Egret引擎,巧合之下接触了WebStorm,使用之后感觉真的不错,所以推荐给大家. WebStorm是JetBrains 公司旗下的商业软件产品,该公司还提供了 PhpStorm 和 In

今天闲来无事,心中又对软件开发充满了向往和憧憬.一直认为实践是检验真知的唯一标准,也是快速提升的绝密方法,是巩固基础加深基础的好去处.故在JD上搜了下软件开发,看到了这本<31天学会CRM项目开发>.希望在后面的阅读与探索中,能跟大家分享和学习,也希望大家对于我的言论给予评论,已达到纠错改正.共同提升的目的. 因为本人是电子类专业出身,以前所了解的软件开发仅仅停留在通过写代码实现某个功能或达到某个效果,从来没有系统的去认识.看了第一天的内容,发现原来软件开发可以这样细分: 1.软件开发产品应用

AOP在大规模软件开发项目中的应用(图) 本文的写作源于一个真实的大型软件开发项目,我们努力尝试在这个项目中推广应用AOP.在此我们将对曾经面临过的一些实际问题与困难进行分析,试图引发关于面向方面软件开发(AOSD)的一些更深层次的思考.本文的作者将站在开发者的角度做出客观的判断,既不是AOP的狂热鼓吹者,同样也不是AOP反对阵营的一员.因此可以视作来自Java开发者对AOP技术应用的客观分析和建设性意见. 关于AOP 关于AOP的概念,笔者在这里不再赘述.谁最先创造了AOP,业界一直有些争议,

Windows 系统必备好用软件&工具合集跟推荐 97 63,371 A+ 所属分类:工具软件 一.浏览器 二.下载软件 三.播放软件 五.电子邮件客户端 六.图片/照片 浏览查看工具 七.文本/代码编辑器 八.音乐播放器 九.笔记记录工具 十.远程控制工具 十一.截图软件 十二.输入法 十四.PDF 阅读器 十五.文件搜索工具 目录 作为一名伪“资深”电脑玩家,经常被很多人叫去帮忙“修”电脑,而看到他们的电脑配置出奇的低,而且装了很多“豪华套餐”,安全卫士&电脑管家装了三个,杀毒软件也是

一.必装软件 浏览器:Google chrome Google Chrome是一款可让您更快速.轻松且安全地使用网络的浏览器,它的设计超级简洁,使用起来更加方便,支持多标签浏览,同时也支持扩展插件.下载地址:Google chrome官网 输入法:搜狗输入法智慧版 本人已经习惯使用搜狗输入法了,虽然偶尔会有广告弹出,但还能接受,不能接受的可以去下载无广告版本或者手心输入法等其他输入法.而这里推荐的搜狗输入法智慧版在原来的基础上,增加了诸如情景感知.文思泉涌.妙笔生花.搜狗卷轴.拼音纠错.长词联想

[摘要] 本文列数了软件黑盒测试过程中,在被测试软件中可能存在的常见软件问题.本文不会详细讨论基本的软件测试思想与常用技术,仅针对在软件黑盒测试过程中若干的问题做描述,并提供个人的参考测试意见与防范意见,希望可以为初学者提供些许帮助. [关键词] 软件测试,黑盒测试 [引言]不能不说的二个问题 ● 软件测试中的“二八”原则 80%左右的错误在进行用户测试之前已经被发现,而在剩余20%左右的错误中,存在80%左右的显性错误,剩余20%左右的错误是较难发现的隐性错误.这条原则源自经济学的80-20原

1.软件的生命周期 *软件生命周期(SDLC)是软件开始研制到最终被废弃不用所经历的各个阶段.在不同阶段里,由不同的组织.个人和资源进行着明确的任务. 2.生命周期的模型 *常见的生命周期模型有:瀑布模型.V模型.敏捷开发模型.实际工作中根据不同领域或不同方法再进行具体的划分. 2.1.瀑布型生命周期模型 瀑布模型是第一个软件生命周期,包括问题定义及规划.需求分析.软件设计.程序编码.软件测试和运行维护等六个基本活动,并且规定了它们自上而下相互衔接的固定次序,如同瀑布流水逐级下落.具有顺序性和依

什么是面向方面的编程? 为什么面向方面的软件设计? 术语 关注 视口 关注点分离 人工制品 横切 方面 编织 零件 形式主义 第二节 案例研究 关注 人工制品 横切 方面 AspectJ 加入点 切入点 忠告 结论 参考文献 对象技术难以对涉及全球约束和大流行为行为的问题进行定位,适当分离问题,并应用领域专有知识. 什么是面向方面的编程? 面向方面编程(AOP)提供了拦截代码执行的能力,目的是在通常执行的代码之前,代替或之后插入进程.当您考虑到所有内容,调用方法,从方法返回时,检索或分配值,处理

IO软件的设计目标: (1)高效率:改善设备效率,尤其是磁盘I/O操作的效率 (2)通用性:用统一的标准来管理所有设备 IO软件的设计思路: 把软件组织成层次结构,低层软件用来屏蔽硬件细节,高层软件向用户提供简洁.友善的界面 IO软件设计中主要考虑的问题: (1)设备无关性:编写访问文件的程序与具体设备无关 (2)出错处理:低层软件能处理的错误不让高层软件感知 (3)同步/异步传输:支持阻塞和中断驱动两种工作方式 (4)缓冲技术:建立数据缓冲区,提高吞吐率 I/O软件的层次结构: I/O中断处理