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两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

一.数据包详细信息 Packet Details面板内容如下,主要用于分析封包的详细信息. 帧:物理层.链路层 包:网络层 段:传输层.应用层 1)Frame 物理层数据帧概况 2)Ethernet II 数据链路层以太网帧头部信息 3)Internet Protocol Version 4 互联网层IP包头部信息 IP包头: 4)Transmission Control Protocol 传输层数据段头部信息,此处是TCP协议 TCP包头: 5)Hypertext Transfer Proto

        PCA (Principal Component Analysis) 主成份分析 也称为卡尔胡宁-勒夫变换(Karhunen-Loeve Transform),是一种用于探索高维数据结构的技术.PCA通常用于高维数据集的探索与可视化.还可以用于数据压缩,数据预处理等.PCA可以把可能具有相关性的高维变量合成线性无关的低维变量,称为主成分( principal components).新的低维数据集会尽可能的保留原始数据的变量.PCA将数据投射到一个低维子空间实现降维.例如,二维数

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不

http://blog.csdn.net/bytebai/article/details/21752925 握手阶段: 序号    方向         seq           ack1  A->B         0               02         B->A         0               0+1=13         A->B         1               0+1=1解释:1:A向B发起连接请求,以一个随机数初始化A的seq,这

1.不同包协议的功能 EAPoL:基于局域网的扩展认证协议 ICMPv6:(一般是四个连在一起)互联网控制协议第六套 DHCP Discover:请求分配IP DHCP Offer:你的IP是***,主机是*** DHCP Request: DHCP ACK:应答 ARP:寻找***的硬件地址,应答***的硬件地址 DNS:域名解析 TCP:TCP协议 TLSv1.2:tcp协议的数据传输,一般是application data   2.pcap每个数据包的内容 seq:包的序号,防止乱序,一般

Seq简介 Seq是老外开发的一个针对.NET平台非常友好的日志服务.支持容器部署,提供一个单用户免费的开发版本. 官网:https://datalust.co/seq 使用文档:https://docs.datalust.co/docs Seq主体功能如下所示: 支持主流的编程语言,尤其对.NET非常友好 丰富的事件格式 以结构化形式记录上文信息与应用程序事件,支持消息模板将文本数据与结构话数据无缝连接.下图中所有属性都是由使用者自定义的. 支持筛选语法和SQL查询,非常简单和灵活 多种查询方

PCA(Principal Components Analysis)主成分分析是一个简单的机器学习算法,利用正交变换把由线性相关变量表示的观测数据转换为由少量线性无关比变量表示的数据,实现降维的同时尽量减少精度的损失,线性无关的变量称为主成分.大致流程如下: 首先对给定数据集(数据是向量)进行规范化,使得数据集的平均值为0,方差为1(规范化是为了使数据散布在原点附近,而不是远离原点的某块区域,便于后面的计算).之后对每个数据进行正交变换,把数据投影到几个少量的相互正交的方向(这些方向构成了数据空

ggplot2绘图系统--扩展包ggrepel.ggsci.gganimate.ggpubr等 部分扩展包可在CRAN直接下载,有些需借助devtools包从Github下载. 1. ggrepel包 用来在图上添加文字和标签,相比geom_text和geom_label函数,能将重叠的标签分开,并添加指示短横线. library(ggrepel) ggplot(mtcars,aes(wt,mpg))+geom_point(color='red')+ geom_text_repel(aes(la

ggfortify 有着简单易用的统一的界面来用一行代码来对许多受欢迎的R软件包结果进行二维可视化的一个R工具包.这让许多的统计学家以及数据科学家省去了许多繁琐和重复的过程,不用对结果进行任何处理就能以 {ggplot} 的风格画出好看的图,大大地提高了工作的效率. 虽然ggfortify已经在CRAN上,但是由于最近很多的功能都还在快速增加,还是推荐大家从Github上下载和安装 library(devtools) install_github('sinhrks/ggfortify') lib

聚类的基本思想 俗话说"物以类聚,人以群分" 聚类(Clustering)是一种无监督学习(unsupervised learning),简单地说就是把相似的对象归到同一簇中.簇内的对象越相似,聚类的效果越好. 定义:给定一个有个对象的数据集,聚类将数据划分为个簇,而且这个划分满足两个条件:(1)每个簇至少包含一个对象:(2)每个对象属于且仅属于一个簇. 基本思想:对给定的,算法首先给出一个初始的划分方法,以后通过反复迭代的方法改变划分,使得每一次改进之后的划分方案都较前一次更好. 监

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea

1 安装 # 获取ggplot2 最容易的就是下载整个tidyverse: install.packages("tidyverse") # 也可以选择只下载ggplot2: install.packages("ggplot2") # 或者下载GitHub上的开发者版本 # install.packages("devtools") devtools::install_github("tidyverse/ggplot2") 2 快

在TCP/IP协议中,TCP协议提供可靠的连接服务,采用三次握手建立一个连接. 第一次握手:建立连接时,客户端发送syn包(syn=j)到服务器,并进入SYN_SEND状态,等待服务器确认: 第二次握手:服务器收到syn包,必须确认客户的SYN(ack=j+1),同时自己也发送一个SYN包(syn=k),即SYN+ACK包,此时服务器进入SYN_RECV状态: 第三次握手:客户端收到服务器的SYN+ACK包,向服务器发送确认包ACK(ack=k+1),此包发送完毕,客户端和服务器进入ESTABL

TCP的三次握手是怎么进行的了:发送端发送一个SYN=1,ACK=0标志的数据包给接收端,请求进行连接,这是第一次握手:接收端收到请求并且允许连接的话,就会发送一个SYN=1,ACK=1标志的数据包给发送端,告诉它,可以通讯了,并且让发送端发送一个确认数据包,这是第二次握手:最后,发送端发送一个SYN=0,ACK=1的数据包给接收端,告诉它连接已被确认,这就是第三次握手.之后,一个TCP连接建立,开始通讯. *SYN:同步标志同步序列编号(Synchronize Sequence Numbers

关于TCP/IP的三次握手协议,这篇文章中有详细的介绍,很通俗易懂,什么时候忘了,都可以过来瞧两眼,保证很快就明白了. 首先TCP/IP协议分为三个阶段:建立连接(握手阶段),数据传输阶段,连接终止阶段. 看到以前学习的<计算机网络>课本,书上介绍,数据传输阶段的时候,突然想到QQ或者阿里旺旺是不是采用TCP/IP协议进行聊天的, 发现阿里旺旺应该是采用TCP/IP协议,但是QQ是采用UDP协议进行聊天的,采用TCP协议进行保持登录状态的.关于QQ采用的协议,可以参考这篇知乎问答 关于他们具体

首先TCP和IP是两种不同的协议,它们来七层网络模型中分别在不同的层次,IP协议是网络层的协议,TCP是更高一层的传输层的协议,TCP是建立在IP协议之上的,所以一般把TCP和IP连在一起说TCP/IP协议. Windows系统的TCP协议栈的数据包默认是1460字节大小,如果一次传输的数据大于这个长度,会把分割成几个长度都不大于1460字节的TCP数据包,每个数据包都会被赋予一个sequnce number(相当于每个数据包的顺序号,凭这个接收端可以知道数据包的前后顺序) 之后TCP的数据包再

1.作为接收方,有接收窗口,也就是接收缓冲区,win=xxx 告诉对方,我的接收窗口大小. 2.当我的接收窗口满了,也就是win=0,Wireshark显示[TCP ZeroWindow],这个时候,对方不能再发送数据. 3.作为发送方,有发送窗口,发送窗口可以理解为,一口气可以发送多少数据.发送窗口不光要考虑对方的接收窗口,还要考虑网络情况,也就是拥塞窗口,等于它们的最小值. 发送窗口数据分为三类: 发送了已经被确认,发送了还没有被确认,待发送的数据 当待发送的数据为0,也就是发了出去,但是都

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ