针对对称性PDB 3UKM,使用make_symmdef_file.pl脚本,可以执行产生对称单元及对称文件: $> $ROSETTA3/src/apps/public/symmetry/make_symmdef_file.pl -m NCS -a A -i B -p 3UKM.pdb > 3UKM.symm 参数意义: Here we are using symmetry to model an already-symmetric starting protein. This is call

想起什么来写什么吧. 整体流程(以Ceas2, TPP, G3P为例): 准备蛋白即配体参数文件: 设置CST文件: 准备protocol和flag文件: 运行enzyme_design: 结果处理. CST文件准备: 要想准备好cst文件,需要的先决条件有两个,一个是对CST文件格式的了解,一个是对rosetta参数文件(.params)的了解. 首先,CST格式可见另外一篇博客https://www.cnblogs.com/wq242424/p/9463703.html: 其次,.param

下载网址:https://sourceforge.net/projects/calibur/ 安装: $ tar zxvf calibur.tar.gz $ cd calibur $ make 安装完成后,会产生calibur和calibur-lite两个可执行文件. 添加环境变量: $ vim ~/.bashrc #calibur export PATH=$Programs/calibur:$PATH $ source ~/.bashrc 安装及配置完成. 用法: 1. 首先需要把所有pdb文

在执行多线程编译rosetta时执行: python scons.py bin mode=release extras=mpi -j8 编译安装rosetta 会出现错误sh: mpiCC command not found导致编译终止. 解决方法: 1.首先确定已安装openmpi,不管你是安到/usr/local还是自己定义的安装目录,都要确定已经将openmpi的bin目录和lib目录放到环境变量里(我的安装目录是服务器上我的主目录下的Programs文件夹下的openmpi里).环境变量

#本文PDF版下载 Python解析Wav文件并绘制波形的方法 #本文代码下载 Wav波形绘图代码 #本文实例音频文件night.wav下载 音频文件下载 (石进-夜的钢琴曲) 前言 在现在繁忙的生活中,我们经常会听些歌来放松一下自己,我们经常会从各种播放软件中听自己喜欢的歌,并且往往我们会下载一部分歌曲,而现在音频的种类也相当繁多,像是Wav,Mp3,FLAC,AAC等等很多格式,最近由于需要做一个能够分析Wav格式音频的波形来取得一些数据比如获取人录音时是否说完等等用途.本周先对解析Wav并

cst(constraint file)文件示例: CST::BEGIN TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_name: C6 O4 O2 TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue3: D2N TEMPLATE:: ATOM_MAP: atom_type: Nhis, TEMPLATE:: ATOM_MAP: residue1: H CONSTRAINT:: distanceAB: CONSTRAINT:: angle_A: CONSTRAINT:: angle_

Purpose: 主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer.主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优. Demos: 关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutoria

先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_rcsb/1qys.pdb @flag_input_relax flag_input_relax: -nstruct -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -

没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发现了! 方法也很简单,首先确保你安装了PyMOL,安装下载都很简单,百度即可,下面说这两个软件怎么串连起来. 1.建立Rosetta与PyMOL两个软件的链接 并不像Linux中需要用到ln命令那么复杂,操作如下: ..打开PyMOL: ..在PyMOL命令运行框里输入 run <path_to_R

Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不动的表示出来,比如主链即侧链上的所有原子,N O S等,全原子表示的优势在于计算准确,但是耗时较长: Centroid Representation即质心标识,除了主链骨架用原子(主链氨基N,CA,羧基C,羧基O,氨基H)表示外,其余侧链,均用质心(CB或者CEN)来表示,即忽略具体的侧链构成,用相

资源下载 #本文PDF版下载 Python解析Wav文件并绘制波形的方法 #本文代码下载 Wav波形绘图代码 #本文实例音频文件night.wav下载 音频文件下载 (石进-夜的钢琴曲) 前言 在现在繁忙的生活中,我们经常会听些歌来放松一下自己,我们经常会从各种播放软件中听自己喜欢的歌,并且往往我们会下载一部分歌曲,而现在音频的种类也相当繁多,像是Wav,Mp3,FLAC,AAC等等很多格式,最近由于需要做一个能够分析Wav格式音频的波形来取得一些数据比如获取人录音时是否说完等等用途.本周先对解

在linux中一切都是文件(文件夹和硬件外设是特殊的文件),如果有可能尽量使用文本文件.文本文件是人和机器能理解的文件,也成为人和机器进行 交流的最好途径.由于所有的配置文件都是文本,所以你只需要一个最简单的编辑器就可以修改.即使是2进制执行文件,也会附上源代码. 这就是Linux的基本哲学,也是开源的基本精神.GNU/Linux的最终发展就是跨越人和机器之间的界限. (比较:Windows中的一切也都是文件,大多都是微软格式编码过的2进制文件,而配置文件也往往都是进行2进制编码的,甚至成果物都

本文出自:http://www.cnblogs.com/2186009311CFF/p/7500637.html Rosetta Stone默认安装在C盘的,很不好,故找到次解决方案: 总体就是移动文件夹,配置默认文件路径,并把文件移至相应路径,再重启更新即可,如若总是重启更新,请断网重启. 需关闭杀毒软件安装 1.安装rosetta stone5.0.13.exe ,默认在C:\Program Files (x86)下 点击rosetta stone5.0.13.exe ,安装,最后不打勾 2

转自:http://blog.csdn.net/wlsfling/article/details/5876016 http://www.cnblogs.com/gaozehua/archive/2012/05/03/2479960.html http://blog.chinaunix.net/uid-26084833-id-3416600.html OUTLINE: * AAC概述 * AAC规格简述 * AAC特点 * AAC音频文件解析 ——ADIF&ADTS格式 ——ADIF&ADT

Mapreduce的文件和hbase共同输入 package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.hbase.HBaseConfiguration; import org.apache.hadoop.hbase.client.Result; i

mapreduce多文件输出的两方法   package duogemap;   import java.io.IOException;   import org.apache.hadoop.conf.Configuration; import org.apache.hadoop.fs.Path; import org.apache.hadoop.io.LongWritable; import org.apache.hadoop.io.NullWritable; import org.apach

汇总篇:http://www.cnblogs.com/dunitian/p/4822808.html#tsql 文章内容皆自己的理解,如有不足之处欢迎指正~谢谢 前天有学弟问逆天:“逆天,有没有一种方式可以让我一个表存到两个数据库文件中,或者说怎么把一个表的数据平摊到其他数据库文件中?” (⊙o⊙)…,逆天数据库优化不是很强悍,不过类似的情景倒是见过,可以给你一个思路.比如说我们在创建数据库的时候就可以好好利用文件组. 举个例子: 我们一般创建数据库都是这么来的: create database

一.本文所涉及的内容(Contents) 本文所涉及的内容(Contents) 背景(Contexts) 解决方案(Solution) 搬迁步骤(Procedure) 搬迁脚本(SQL Codes) 注意事项(Attention) 疑问(Questions) 参考文献(References) 二.背景(Contexts) 有一个数据库大概在700G左右,需要从服务器A搬迁到服务器B,两台服务器网络传输速度可以达到8MB/s,怎么做才能更快的搬迁并且宕机时间最短呢? 数据库业务逻辑概述:这个数据库

SQLSERVER将一个文件组的数据移动到另一个文件组 有经验的大侠可以直接忽视这篇文章~ 这个问题有经验的人都知道怎麽做,因为我们公司的数据量不大没有这个需求,也不知道怎麽做实验 今天求助了QQ群里的菠萝大侠,终于知道怎麽做了 我自己会把不明白的问题一定会问到底的,之前在论坛问过这个弱弱的问题,但是由于太弱了,人家随便答复了一下 然后斑竹就标记为答案了~ 移动数据: 1.有表分区 2.没有表分区 我这里只讨论没有表分区的情况,表分区的情况还不是很明白 例子 比如:你有三个文件组,其中一个是主文

    在谈到SQL Server的高可用性之前,我们首先要谈一谈单实例的高可用性.在单实例的高可用性中,不可忽略的就是文件和文件组的高可用性.SQL Server允许在某些文件损坏或离线的情况下,允许数据库依然保持部分在线,从而保证了高可用性.   文件和文件组     有关文件和文件组的基本概念,有很多文章已经阐述过了.这里我只是提一下,文件组作为SQL Server访问文件的一个抽象层而存在.因此SQL Server上所做的操作不是直接针对文件,而是针对文件组.     使用多个文件组和文