1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

文件格式如是下图这种格式: 那么就可以通过通过kali终端samdump2 + system + sam 生成出来通过hashcat -m 1000去跑,或者通过md5查询

帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询. 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结果是一个pair-end比对的末端 4? 没有找到位点 8? 这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16? 在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32? 这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V

一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

  有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库.htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools.bcftools的核心库. #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <htslib/sam.h> using namespace

如何划窗统计测序数据的reads数(depth):https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374 方法1,用samtools depth.但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计 samtools depth -b bed_file sample.bam > sample.depth bed 用来指定统计区间,运行后输出指定区间每一个碱基的测序深度(由于涉及所有碱基,因此文件很大) 方法2,用samtools

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

参考:https://www.sogou.com/link?url=DOb0bgH2eKh1ibpaMGjuy6YnbQPc3cuKbWqIy1k6SBFomuBEhdSpHkUUZED5fr2OTkh3_01_UomO4oOua-YE2A..1.将sam文件转换成bam文件 $ samtools view -bS abc.sam > abc.bam $ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam 2.提取比对到参考序列上的比对结果 $ samtools vie

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似

对于双端比对的数据,生成的BAM文件中,R1端序列和R2端序列的标识符是一样的,之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端,哪条序列是R2端,昨天仔细研究了一下,原来代表R1端和R2端的信息都存储在flag中,即bam文件的第二列: 在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思 /*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair */ #define BAM_

0x0.序 解析过程并没有介绍对pe结构的相关解析过程,网上此类相关资料很多可自行查阅,本文只介绍了网上资料较少的从pe结构的可选头中的数据目录表中获取dotnet目录的rva和size,到完全解析dotnet文件格式特有数据结构的部分. 了解dotnet文件格式你可能需要一款名为CFF Explorer的工具:你也可能在很多时候需要查阅书籍<Expert .NET 2.0 IL Assembler>,该书籍的中文版本名为<.NET探秘MSIL权威指南>.简要的文件格式图,可以参考

转载:http://blog.csdn.net/zhangjg_blog/article/details/22432599 经过前八篇关于class文件的博客, 关于class文件格式的内容也基本上讲完了. 本文是关于class文件格式的最后一篇. 在这篇博客中, 将会讲解关于方法的几个属性. 理解这篇博客的内容, 对于理解JVM执行引擎起着重要作用. 关于虚拟机执行引擎有关的内容, 会在本专栏后面的博客中涉及. 在前面几篇博客中, 我们知道在class文件中描述一个方法, 会使用一个metho

转载:http://blog.csdn.net/zhangjg_blog/article/details/22205831 在本专栏的第一篇文章 深入理解Java虚拟机到底是什么 中, 我们主要讲解了什么是虚拟机, 这篇博客是对JVM的一个概述. 在随后的几篇文章中,一直在讲解class文件格式. 在今天这篇博客中, 将会继续讲解class文件中的其他信息. 在本文中, 将会讲解class文件中的最后一部分, 属性(attributes) . 这里的属性和源文件中的属性不是一个概念. 在源文件中

15.1 DIB文件格式(一种文件格式,扩展名为BMP) 15.1.1 OS/2风格的DIB 文件格式 字段 说明 文件头 (BITMAPFILEHEADER) 1.共14个字节 2.缩写建议用bmfh WORD  bfType 文件签名,表示位图文件,以0x4D42,即字母“BM”打头 DWORD bfSize 整个文件的大小(含文件头的大小).单位:字节 WORD  bfReserved1 以下这两个字段必须为0.鼠标指针文件,格式类似于DIB但这两个字段表示了“热点”的位置. WORD  

深入理解 Win32 PE 文件格式 Matt Pietrek 这篇文章假定你熟悉C++和Win32. 概述 理解可移植可执行文件格式(PE)可以更好地了解操作系统.如果你知道DLL和EXE中都有些什么东西,那么你就是一个知识渊博的程序员.这一系列文章的第一部分,讨论最近这几年PE格式所发生的变化. 这次更新后,作者讨论了PE格式如何适应于用.NET开发的应用程序,包括PE节,RVA,数据目录,以及导入函数.附录中包含了相关的映像头结构以及它们的描述. 很早以前,我为微软系统期刊(现在叫做MSD

flv头 FLV header 总体上看,FLV包括文件头(File Header)和文件体(File Body)两部分,其中文件体由一系列的Tag组成. Signature: FLV 文件的前3个字节为固定的‘F’‘L’‘V’,用来标识这个文件是flv格式的.在做格式探测的时候,如果发现前3个字节为“FLV”,就认为它是flv文件. Version: 第4个字节表示flv版本号. Flags: 第5个字节中的第0位和第2位,分别表示 video 与 audio 存在的情况.(1表示存在,0表示