功能如下: 1.View 主要功能讲sam文件转位bam文件. 涉及的参数: -b 输出bam格式..默认是sam文件 -h 输出的sam文件带header..默认不带 -H 仅仅输出header -S 输入sam文件..默认bam文件 -u 输出bam文件不进行压缩..必须有-b参数 -c 输出比对上的数 -f 输出含有所有flag都reads -F 输出没有flag的reads..数字4代表改reads没有比对上,数字8表示mate序列没有比对上 -q 比对的最低质量值..一般20就可以 例

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以下是常用命令的介绍: view命令的主要功能: 将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式. bam

1..是否可以在static环境中访问非static变量? 答:static变量在Java中是属于类的,它在所有的实例中的值是一样的.当类被Java虚拟机载入的时候,会对static变量进行初始化.如果你的代码尝试不用实例来访问非static的变量,编译器会报错,因为这些变量还没有被创建出来,还没有跟任何实例关联上. 2.Java集合类框架的基本接口有哪些? 答:Java集合类提供了一套设计良好的支持对一组对象进行操作的接口和类.Java集合类里面最基本的接口有: Collection:代表一组

[.net 面向对象程序设计进阶] (16) 多线程(Multithreading)(一) 利用多线程提高程序性能(上) 本节导读: 随着硬件和网络的高速发展,为多线程(Multithreading)处理并行任务,提供了有利条件. 其实我们每时每刻都在享受多线程带来的便利,多核处理器多线程工作.Windows操作系统.Web服务器都在使用多线程工作. 使用多线程直接提高了程序的执行效率,因此学习多线程对提高程序运行能力非常必要,本节主要介绍多线程原理及.NET中多线程在.NET面向对象程序设计中

c++11中最重要的特性之一就是对多线程的支持了,然而<c++ primer>5th却没有这部分内容的介绍,着实人有点遗憾.在网上了解到了一些关于thread库的内容.这是几个比较不错的学习thread库的资源: Thread support library                    : http://en.cppreference.com/w/cpp/thread Cpp reference/thread                      : http://www.cpl

在 iOS 中其实目前有 4 套多线程方案,他们分别是: Pthreads NSThread GCD NSOperation & NSOperationQueue 所以接下来,我会一一讲解这些方案的使用方法和一些案例.在将这些内容的时候,我也会顺带说一些多线程周边产品.比如: 线程同步. 延时执行. 单例模式 等等. Pthreads 其实这个方案不用说的,只是拿来充个数,为了让大家了解一下就好了.百度百科里是这么说的: POSIX线程(POSIX threads),简称Pthreads,是线程

如果想同时执行两个while True循环,可以使用多线程threading来实现. 完整代码 #coding=gbk from time import sleep, ctime import threading def muisc(func): while True: print 'Start playing: %s! %s' %(func,ctime()) sleep(2) def move(func): while True: print 'Start playing: %s! %s' %

关于iOS多线程 概述 这篇文章中,我不会说多线程是什么.线程和进程的区别.多线程有什么用,当然我也不会说什么是串行.什么是并行等问题,这些我们应该都知道的. 在 iOS 中其实目前有 4 套多线程方案,他们分别是: Pthreads NSThread GCD NSOperation & NSOperationQueue 所以接下来,我会一一讲解这些方案的使用方法和一些案例.在将这些内容的时候,我也会顺带说一些多线程周边产品.比如: 线程同步. 延时执行. 单例模式 等等. Pthreads 其

在这篇文章中,我将为你整理一下 iOS 开发中几种多线程方案,以及其使用方法和注意事项.当然也会给出几种多线程的案例,在实际使用中感受它们的区别.还有一点需要说明的是,这篇文章将会使用 Swift 和 Objective-c 两种语言讲解,双语幼儿园.OK,let't begin! 概述 这篇文章中,我不会说多线程是什么.线程和进程的区别.多线程有什么用,当然我也不会说什么是串行.什么是并行等问题,这些我们应该都知道的. 在 iOS 中其实目前有 4 套多线程方案,他们分别是: Pthreads

关于iOS多线程的总结   在这篇文章中,我将为你整理一下 iOS 开发中几种多线程方案,以及其使用方法和注意事项.当然也会给出几种多线程的案例,在实际使用中感受它们的区别.还有一点需要说明的是,这篇文章将会使用 Swift 和 Objective-c 两种语言讲解,双语幼儿园.OK,let's begin! 概述 这篇文章中,我不会说多线程是什么.线程和进程的区别.多线程有什么用,当然我也不会说什么是串行.什么是并行等问题,这些我们应该都知道的. 在 iOS 中其实目前有 4 套多线程方案,他

Unity多线程(Thread)和主线程(MainThread)交互使用类——Loom工具分享 By D.S.Qiu 尊重他人的劳动,支持原创,转载请注明出处:http.dsqiu.iteye.com           熟悉Unity的developer都知道在Unity中的线程不能使用Unity的对象,但可以使用Unity的值类型变量,如Vector3等.这样就使得线程在Unity中显的很鸡肋和蹩脚,因为很多函数很都是UnityEngine类或函数的调用的,对于哪些是可以在多线程使用,风雨冲

Java线程面试题 Top 50 原文链接:http://www.importnew.com/12773.html   本文由 ImportNew - 李 广 翻译自 javarevisited.欢迎加入Java小组.转载请参见文章末尾的要求. 不管你是新程序员还是老手,你一定在面试中遇到过有关线程的问题.Java语言一个重要的特点就是内置了对并发的支持,让Java大受企业和程序员的欢迎.大多数待遇丰厚的Java开发职位都要求开发者精通多线程技术并且有丰富的Java程序开发.调试.优化经验,所以

不管你是新程序员还是老手,你一定在面试中遇到过有关线程的问题.Java 语言一个重要的特点就是内置了对并发的支持,让 Java 大受企业和程序员的欢迎.大多数待遇丰厚的 Java 开发职位都要求开发者精通多线程技术并且有丰富的 Java 程序开发.调试.优化经验,所以线程相关的问题在面试中经常会被提到. 在典型的 Java 面试中, 面试官会从线程的基本概念问起, 如:为什么你需要使用线程, 如何创建线程,用什么方式创建线程比较好(比如:继承 thread 类还是调用 Runnable 接口),

Unix/Linux操作系统提供了一个fork()系统调用,它非常特殊.普通的函数调用,调用一次,返回一次,但是fork()调用一次,返回两次,因为操作系统自动把当前进程(称为父进程)复制了一份(称为子进程),然后,分别在父进程和子进程内返回. 子进程永远返回0,而父进程返回子进程的ID.这样做的理由是,一个父进程可以fork出很多子进程,所以,父进程要记下每个子进程的ID,而子进程只需要调用getpid()就可以拿到父进程的ID. Python的os模块封装了常见的系统调用,其中就包括fork

0x 00 Before Coding 当端口打开时,向端口发送 TCP SYN 请求,会返回一个 ACK 响应: 当端口关闭,返回的是 RST 响应: 0x 01 Coding  可以用 socket 编写一个小脚本来测试主机端口的开启情况,基本代码如下: # coding: utf-8 import socket from datetime import datetime # Set time-out to get the scanning fast socket.setdefaulttim

在这篇文章中,我将为你整理一下 iOS 开发中几种多线程方案,以及其使用方法和注意事项.当然也会给出几种多线程的案例,在实际使用中感受它们的区别.还有一点需要说明的是,这篇文章将会使 用 Swift 和 Objective-c 两种语言讲解,双语幼儿园.OK,let't begin! 概述 这篇文章中,我不会说多线程是什么.线程和进程的区别.多线程有什么用,当然我也不会说什么是串行.什么是并行等问题,这些我们应该都知道的. 在 iOS 中其实目前有 4 套多线程方案,他们分别是: Pthread

摘要:.NET 框架提供了新的类,可以方便地创建多线程应用程序.本文介绍如何使用 Visual Basic® .NET 的多线程编程技术来开发效率更高.响应速度更快的应用程序. 目录 简介 多线程处理的优点 创建新线程 同步线程 线程计时器 取消任务 总结 简介 过去,Visual Basic 开发人员创建的应用程序都是程序任务依次执行的同步应用程序.虽然多线程应用程序因多个任务几乎同时运行而具有更高的效率,但使用早期版本的 Visual Basic 来创建这样的应用程序却很困难. 一项称为多任

Boost.Thread可以使用多线程执行可移植C++代码中的共享数据.它提供了一些类和函数来管理线程本身,还有其它一些为了实现在线程之间同步数据或者提供针对特定单个线程的数据拷贝.头文件:#include <boost/thread.hpp> 线程定义boost::thread 类是负责启动和管理线程.每个boost::thread对象代表一个单独的执行线程,是不可拷贝的.由于它是可以被移动到,所以它们可以被保存到会改变大小的容器中,并且从函数返回.这使得线程创建的详细信息可以被封装到一个函