在生信处理流程中,从最初的fastq文件,经过分析处理后,会生成一堆的后续文件,如何在流程中合理的命名呢? 通常在批处理模式中,我们会得到多个样本*.fastq(或*.fq.*.fastq.gz.*.fq.gz)路径名文件sample.txt.如下所示: /home/yhwang/sample/sampe01_R1.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sample01_R2.trimmed.fastq.gz /home/yhwang/sample/sampe

原文:http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/l-cn-shell-monitoring/ 使用 Shell 对进程资源进行监控 检查进程是否存在 在 对进程进行监控时,我们一般需要得到该进程的 ID,进程 ID 是进程的唯一标识,但是有时可能在服务器上不同用户下运行着多个相同进程名的进程,下面的函数 GetPID 给出了获取指定用户下指定进程名的进程 ID 功能(目前只考虑这个用户下启动一个此进程名的进程),它有两个参数为用户名和进程名,它首先使用

Rsync以守护进程(socket)的方式传输数据       Rsync服务部署 一.以守护进程(socket)的方式传输数据(重点) 部署环境: 分别用uname命令查看各系统相关信息   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 [root@A-Server58 ~]# uname -r   2.6.18-308.el5   [root@A-Server58 ~]# uname -s   Linux   [root@A-Server58

Linux Shell 截取字符串 shell中截取字符串的方法很多 ${var#*/} ${var##*/} ${var%/*} ${var%%/*} ${var:start:len} ${var:start} ${var:0-start:len} ${var:0-start} 下面用几个例子展示一下: 1) 获得字符串的长度 语法: ${#var} 示例代码: str="http://www.fengbohello.xin3e.com/blog/shell-truncating-string

转自:http://blog.csdn.net/taiyang1987912/article/details/39529291 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 目录(?)[+] 一.简介 Linux是一种用户控制的多作业操作系统,系统允许多个系统用户同时提交作业,而一个系统用户又可能用多个shell登录,每个系统用户可以用一个shell提交多个作业.了解Bash Shell在多作业管理和进程处理方面的命名和机制有助于理解多用户.多作业的系统. 二.详解 1.子Shell (

转载地址:http://weyo.me/pages/techs/linux-get-pid/ 导读 Linux 的交互式 Shell 与 Shell 脚本存在一定的差异,主要是由于后者存在一个独立的运行进程,因此在获取进程 pid 上二者也有所区别. 交互式 Bash Shell 获取进程 pid 在已知进程名(name)的前提下,交互式 Shell 获取进程 pid 有很多种方法,典型的通过 grep 获取 pid 的方法为(这里添加 -v grep是为了避免匹配到 grep 进程): ps

参考文献: linux中shell截取字符串方法总结 [Linux]如何在Shell脚本中计算字符串长度? 截取字符串的方法一共有八种,主要为以下方法 shell中截取字符串的方法有很多中, ${expression}一共有9种使用方法. ${parameter:-word} ${parameter:=word} ${parameter:?word} ${parameter:+word} 上面4种可以用来进行缺省值的替换. ${#parameter} 上面这种可以获得字符串的长度. ${para

http://blog.csdn.net/brioxu/article/details/5104736 在linux下查看进程大家都会想到用 ps -ef|grep XXX ps -aux | head -1 打印title aux打出cpu和内存占有情况 可是看到的不是全路径,怎么看全路径呢? 每个进程启动之后在 /proc下面有一个于pid对应的路径 例如:ps -ef|grep python 显示:oracle    4431  4366  0 18:56 pts/2    00:00:0

shell中截取字符串的方法有很多中, ${expression}一共有9种使用方法.${parameter:-word}${parameter:=word}${parameter:?word}${parameter:+word} 上面4种可以用来进行缺省值的替换.${#parameter}上面这种可以获得字符串的长度. ${parameter%word} 最小限度从后面截取word${parameter%%word} 最大限度从后面截取word${parameter#word} 最小限度从前面

#include <stdio.h> #include <locale.h> #include <windows.h> #include <tlhelp32.h> #include <tchar.h> #include <Psapi.h> #pragma comment (lib,"Psapi.lib") BOOL DosPathToNtPath(LPTSTR pszDosPath, LPTSTR pszNtPat

准备写一个进程管理的功能模块,今天下午先写了扫描获取本机各个进程路径,获取各个进程映像名称,进程完整路径. 要获取进程信息,第一步想到的就是提权,提权代码用过多次了,今天也小结了一下(http://www.cnblogs.com/lsh123/p/8280575.html),不再复述. 0x01  自定义结构体 struct _PROCESS_INFORMATION_ { ULONG ProcessID; ULONG ParentProcessID; char ImageNameData[MAX

在linux下查看进程大家都会想到用 ps -ef|grep XXX可是看到的不是全路径,怎么看全路径呢?每个进程启动之后在 /proc下面有一个于pid对应的路径例如:ps -ef|grep python显示:oracle    4431  4366  0 18:56 pts/2    00:00:00 python Server.py4431就是进程号到/proc/4431下,ls -l 会看到:总用量 0-r--r--r--    1 oracle   oinstall        0

在linux下查看进程大家都会想到用 ps -ef|grep XXX 可是看到的不是全路径,怎么看全路径呢? 每个进程启动之后在 /proc下面有一个于pid对应的路径 例如:ps -ef|grep python 显示:oracle    4431  4366  0 18:56 pts/2    00:00:00 python Server.py 4431就是进程号 到/proc/4431下,ls -l 会看到: 总用量 0 -r--r--r--    1 oracle   oinstall  

一.shell查找进程并杀死 #!/bin/sh tomcat_id=`ps -ef | grep tomcat | grep -v "grep" | awk '{print $2}'` echo $tomcat_id for id in $tomcat_id do $id echo "killed $id" done 注意:tomcat表示要查找的程序进程名,如:tomcat.8081端口.redis等等. 二.linux查找进程并杀死 #####查找tomcat

转载地址:http://weyo.me/pages/techs/linux-get-pid/ 根据pid,kill该进程:http://www.cnblogs.com/lovychen/p/5411391.html 导读 Linux 的交互式 Shell 与 Shell 脚本存在一定的差异,主要是由于后者存在一个独立的运行进程,因此在获取进程 pid 上二者也有所区别. 交互式 Bash Shell 获取进程 pid 在已知进程名(name)的前提下,交互式 Shell 获取进程 pid 有很多

Shell 都以串行的方式自上而下执行命令,不适用需要大量作业的场景. 学习此篇shell脚本进程并发,能够大大提高工作效率~ 通过wait 和 & 后台符号 可以实现并行,但无法控制进程数. { task }& done wait {} 将主执行程序变为一个块,使用&放入后台 wait 函数等待所有后台进程执行程序,否则继续执行后续命令直到整个脚本结束 通过有名管道控制并发进程数 创建一个fifo文件, 作为进程池, 里面存放一定数目的"令牌".作业运行规则如

Atitit,通过pid获取进程文件路径 java php  c#.net版本大总结 1. 通过PID获取进程路径的几种方法2 1.1. GetModuleFileNameEx 想获得进程可执行文件的路径最常用的方法是通过GetModuleFileNameEx函数获得可执行文件的模块路径这个函数从Windows NT 4.0开始到现在的Vista系统都能使用,向后兼容性比较好.2 1.2. 第二种方法是GetProcessImageFileName函数,这个函数在Windows XP及其以后的系

在linux下查看进程大家都会想到用 ps -ef|grep XXX 但是看到的不是全路径.怎么看全路径呢? 每一个进程启动之后在 /proc以下有一个于pid相应的路径 比如:ps -ef|grep python 显示:oracle    4431  4366  0 18:56 pts/2    00:00:00 python Server.py 4431就是进程号 到/proc/4431下.ls -l 会看到(须要root权限): 总用量 0 -r--r--r--    1 oracle  

参考文献: linux中shell截取字符串方法总结 [Linux]如何在Shell脚本中计算字符串长度? 截取字符串的方法一共有八种,主要为以下方法 shell中截取字符串的方法有很多中, ${expression}一共有9种使用方法. ${parameter:-word} ${parameter:=word} ${parameter:?word} ${parameter:+word} 上面4种可以用来进行缺省值的替换. ${#parameter} 上面这种可以获得字符串的长度. ${para

问题出现的场景大概就是 1  cron调用一个python脚本 2  python脚本中调用一个shell脚本(对日志分析)获取shell输出然后发送邮件 类似一个监控任务. 直接运行python脚本没有问题,可是写在cron中之后.shell脚本中的相对路径就找不到了,总是提示无法找到某些文件 后来解决的问题就是使用log文件的绝对路径,执行就正常了. google了一些,发现非常多人也遇到过类似的问题,可能和cron的机制有关系. 大部分人的问题都是由于环境变量造成的.由于cron是一个独立