TargetScan 是一个miRNA 靶基因预测的网站, 包括了 人, 小鼠,果蝇 , 线虫, 斑马鱼 共5个物种的miRNA 靶基因结果, 人 : TargetScanHuman 小鼠 :TargetScanMouse 果蝇:TargetScanFly 线虫:TargetScanWorm 斑马鱼 : TargetScanFish 以human 为例,进行说明,网址如下: http://www.targetscan.org/vert_71/ 最新版本为release 7.1, 2016年6月更

有什么特征可以帮助我们来区分导致功能和表型变化的变异和其他变异,然后我们如何综合特征来做出一个预测模型? 表型或功能的改变(phenotypical/functional effect)a,个体表型上的体现(导致疾病的或不导致疾病的)b,演化上的概念(它是不是会影响这个人的适应性,deleterious,还是说它对人的 这个 适应性没有影响,即neutral)c,特征(比如头发,身高)…………一般来说,蛋白序列的改变,它就更有可能结构和功能的改变,就更有可能在细胞水平的改变,可能最终造成人的各个

这是一个进化学上的概念,基因组的序列是不断进化而来的,根据45个脊椎动物的基因组序列,通过多重比对,我们就可以知道人类基因组上每个位置的保守性,一些高度保守的区域可以做非常有意思的下游分析. This directory contains compressed phastCons scores for multiple alignments of 45 vertebrate genomes to the human genome, plus an alternate set of scores 

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. miRNA命名 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下

miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下,数

在前面的上.中篇中,我们已经可以看到园子里朋友的点评“后山见! WPF就比winform好! 激情对决”.看到大家热情洋溢的点评,做技术的我也很受感动.老实说,如何在本文收笔--WPF系列文章,我很紧张:我希望大家阅读完本系列文章后:各取所取.尽兴而归. 坦白的说,葡萄城作为一家专注.NET技术的公司(仅海外分公司之一的西安葡萄城已经成立26年),我们几乎走遍了微软的技术路线,无论从技术前瞻性.或是技术深度均有涉猎. 我们做控件的,也是非常想知道WPF未来走势如何. 但抱歉的是,我无法预测未来W

### miRNA特点 (1)广泛存在于真核生物中, 是一组不编码蛋白质的短序列RNA,它本身不具有开放阅读框架(ORF),并且由不同于mRNA的独立转录单位表达. (2)通常的长度为20-24 nt,但在3′端可以有1-2 个碱基的长度变化(对miRNA 的具体长度范围尚无统一标准). (3)成熟的miRNA , 5′端有磷酸基团, 3′端为羟基,且具有独特的序列特征.它们可以和上游或下游的序列不完全配对形成茎环结构. (4)miRNA5′端第一个碱基对U有强烈的倾向性,而对G却有抗性,但第2

psi-blast学习 最近自己学习了一些新工具,最近在学习关于蛋白质相互作用位点的预测,在学习中,接触了几个新的工具,下面说说自己正在学习的psi-blast. 首先要说我用psi-blast用来做什么,在提取特征时,我需要用到pssm矩阵(保守性得分),用psi-blast可以得到我所需要的.pssm文件,该文件的内容就是我所需要的. psi-blast的输入文件是.fasta文件,输出时按照自己的需求设置输出文件的格式及路径. python调用Shell脚本具体实例代码如下: import

来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html,http://wenku.baidu.com/link?url=3mRTbARl0uPHHRFO9CdqhBNeUj-nb8dRwtqRN2oGqu8u1kN6IsqgYy-H8ggB7jOkPXhx703oM9YW9ftfOlh2dz7KJmlliOhDa4-WZFEEus_,http://www.dxy.cn/bbs/thread/28263194#28263194 一.假设检验基

名词解释 De novo:拉丁文,从头开始的意思,de nove测序则是指在不需要任何参考序列的情况下对某一物种进行基因组测序,然后将测得的序列进行拼接.组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱. 重测序概念:重测序是全基因组重新测序的简称,是指是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析.(没有组装的短的Reads序列) . . Reads:即我们通常说的读长的意思,它是指高通量测序平台直接产生的DNA序列. Contig:是指Reads基于Overl

前言 真正意义上的程序员都很懒,懒的连多余的一行代码也不写. 如果能将底层满手油污的活儿都可以交给别人去做,自己就扮演个智囊团成员的角色,生活会比想象中的还要惬意. 严格的按照指令执行长时间不知疲倦的计算是计算机所擅长的事情,那么给它一个代码模板,留些运行时它可以获取的值的占位符,再揉进一些固定套路的指令,程序员的生活也可以很美好. 尽管如此,但工具永远不是软件工程中的银弹(看看人月神话吧),适可而止,让富有攻击性的洞察力指引前进的方向,而在实际工作中持适当的保守性态度.   内容 1 Stri

一位IT行业高收入者的理财规划方案 http://zhuanlan.zhihu.com/invest/19670220 Alex · 12 天前 回望2013,这一年是极其不寻常的.理财浪潮席卷大江南北,理财意识被前所未有的普遍性激发.然而,到底什么是理财,多数人没有清晰明确的认识,往往把理财和投资等价起来.实际上,理财的内涵远远大于投资,投资只是理财的一个组成部分.理财既涉及开源,也涉及节流,更重要的是如何通过个人财务分析.明确理财目标.制定理财方案.做好投资规划.防控各类风险,从而让自身现有

启动子 http://baike.baidu.com/link?url=HMqaMY4mXusH--4hMu1p6P_XUzEve9lZhFGtxScnbb8Z9HaLYJ981eWxAuZt2iAP   启动子是位于结构基因5'端上游的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性. 起始时间和表达的程度.启动子(Promoters)就像“开关”,决定基因的活动.既然基因是成序列的核苷酸(nucleotides),那么启动子也应由DNA组成.启动子本身并不控制

一.路由常规设置 1.URL模式     路由系统用一组路由来实现它的功能.这些路由共同组成了应用程序的URL架构或方案. URL的两个关键行为:     a.URL模式是保守的,因而只匹配与模式具有相同片段数的URL.     b.URL模式是宽松的,如果一个URL正好居右正确的片段数,该模式就会用来为片段变量提取值,而不管这个值可能是什么.   2.使用静态URL片段             //Controller会加上X             routes.MapRoute("&quo

unix及Linux发展历程 版权申明:本文资料为网上收集,由本人整理而成,转载请注明 一,unix诞生: Ken Thompson肯·汤普森 -------- unix之父 在1969年到1970间用汇编在PDP-7上写出了UNIX的第一个版本,美国贝尔电话实验室 1971年又把Unix用C重写,V1(1971):第一版的UNIX,以PDP-11/20的汇编语言写成.包括文件系统,fork.roff.ed等软件. 1973,第四版,以C语言从头写过,这使得UNIX修改容易 1978年Unix分

Redhat有收费的商业版和免费的开源版,商业版的业内称之为RHEL(Red Hat Enterprise Linux)系列, 而这个CentOS(Community ENTerprise Operating System)是来自于RHEL依照开放源代码规定释出的源代码所编译而成. 可以用CentOS替代商业版的RHEL使用. 两者的不同,在于CentOS并不包含封闭源代码软件. CentOS并不是全新的Linux发行版,倘若一说到Red Hat这个大名,大家似乎都听过.在Red Hat家族中有

附: 如何看懂英文文献?(好) 看需求,分层次 如何总结和整理学术文献? Mendeley & Everything 如何在pdf文献上做笔记?福晰阅读器 自己感悟: 一篇专业文献通常会有几页到几十页不等,读文献是一个过于笼统的概念. 读文献必须要分为几个不同的程度(需求): 1.读着玩,了解领域动态. 那你看看摘要就好了,读懂标题,知道本文的核心结论就好.具体要求见知乎文章. 2.准备入一行,扩充知识面.重点读引言,看图表结果,大致了解本文的逻辑推理路线. 3.准备借鉴此文造自己的文章.这就是

外显子后续分析研究思路一般有以下几种(Methods for follow-up research of exome analysis): 1.对突变频率.突变类型.突变方式进行统计分析 Mutations statistical analysis 具体见下图: 参考文献:Di, Jiabo, et al. "Whole exome sequencing reveals intertumor heterogeneity and distinct genetic origins of sporad

转自:https://www.xuebuyuan.com/2185926.html 针对sep4020的linux低功耗研究也有一段时间了,基本把低功耗的实现方式想清楚了(主要分成机制和策略),这段时间的工作主要在机制上.暂时想实现的主要的机制有:cpu级,设备驱动级,系统平台级.管理颗粒度不断递增,形成三驾马车齐驱的形势. cpu级:主要实现比较容易的在系统处于目标在于频繁发生.更高粒度的电源状态改变,主要的实现方式为idle,包括今天的主要想讲的动态主频. 设备驱动级:主要实现对单个设备驱动

circRNA 是一类动物体内的内源性的RNA,尽管circRNA的种类丰富,但是其在神经系统中的 功能,并不清楚.科学家通过对人和小鼠的不同脑部组织的RNA 测序,发现了上千种circRNA,经过分析发现,circRNA 在哺乳动物的脑部组织中大量富集,在序列上有一定的保守性,大部分的circRNA 在人和小鼠中同时表达:通过敲低RNA编辑酶ADAR1,发现ADAR1 的表达与circRNA 呈现负相关的关系: 参考资料: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed