格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分: 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">&

Swift中字符串转化为Class的方法 在开发中有时候会根据字符串进行对应类的转化,这样我们就可以动态根据服务器返回的字段,动态的加载类,比如优酷,微博等APP会在节假日等动态的TabBar.这样可以把苹果审核的风险给排出. 在OC中根据一段字符串转化为类,可以很方便的进行,只需要使用NSClassFromString即可 NSClassFromString(@"NewsViewController") 但是在Swift中由于命名空间的存在导致这样的转化,会有一定的麻烦,我们可以用下

    还是工作中遇到的需求,有时候和外部的系统对接,进行数据的核对功能,外部的系统有时候主键字段列数据类是UNIQUEIDENTIFER(GUID)类型的字符串格式,去除了GUID格式中的分隔符“-”.基于上面的原因,在数据库中可能要将这类的“GUID去格式化的字符串”转化为GUID,便于和本系统的相关联数据进行来核对.   SQL Server中的字符串转化为GUID的T-SQL代码如下: IF OBJECT_ID(N'dbo.ufn_GUID', 'FN') IS NOT NULL BEG

Map 集合类用于存储元素对(称作“键”和“值”),其中每个键映射到一个值,在java编程中会经常用到.但是当我们进行业务逻辑的处理或着操作数据库时,往往应用的是我们自己定义的的Bean或VO来传递和存储数据,这就需要我们应用一个公共方法来将map中存储的数据转换为相对应的Bean或VO,主要用到java中反射技术. 以下为本人在项目中用到的工具类,它囊括了我们常用的数据类型,代码如下: package test; import java.lang.reflect.InvocationTarge

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_5f8421fb010162kb.html Java中由Object类型转化为int类型时,不能直接转化,先是将Object类型转化成String类型,然后将String类型转化为int类型! Object value=null; Integer.parseInt(String.valueOf(value)); 这就是将Object类型转化为int类型,而String.valueOf(value)是将value转化为String

在C#中,把小数转化为string, 比如 45.12, 转换为string时,应该就是"45.12" 但是在项目开发中,开发法国的branch时,由于culture使用的是FR-CA,不是EN, 所以 45.12转换为string时,变成了"45,12" 这时,在转换时,为了保证转换成正确的 "45.12", 需要特别说明转换时使用的culture是en-us

比如定义一个类: public class Lines { public string X1 { get; set; } public string X2 { get; set; } public string Y1 { get; set; } public string Y2 { get; set; } public string Z1 { get; set; } public string Z2 { get; set; } public string diameter { get; set;

在.net项目中使用到DataTable和List<T>集合的地方较多, 泛型的好处: 它为使用c#语言编写面向对象程序增加了极大的效力和灵活性.不会强行对值类型进行装箱和拆箱,或对引用类型进行.当涉及到两者之间的转换时,就显得有些较为繁琐.这个其中的问题主要在两者的存储方式,DataTable的存储方式采用一种二维表的方式进行数据的存储操作,DataTable表示内存中数据的一个表.在List集合中,List的本质就是一个数组,则采用一种线性结构对数据进行存储. 在转换过程中,主要的问题在于

#!/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta= open(FASTA, 'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip() if line == '':

LL(1)分析法实验的mfc做到最后因为CString转化为string的问题卡了一个多小时,也是惨,网上各种方法找过都不行.幸亏最后还是找到几行代码搞定了.特此mark一下. USES_CONVERSION; char* s_char = W2A(m_in); inString = s_char;

char b[] = "hello"; 则“hello”存于栈中,因为定义的是一个数组. char *b = "hello"; 则"hello"存于静态存储区中,因为定义了一个字符串常量,并把它的地址赋给了b. 如果此时在指针仍然指向静态存储区的情况下通过指针修改其指向的地方,则程序能通过编译,但运行时会报“segmention fault”

namespace: Newtonsoft.Json; context.Response.ContentType = "application/text"; 注:这里为什么不是 Json格式那?? 答:方法 JavaScriptConvert.SerializeObject 是把C#对象转化为 Json对象, 而浏览器 只能识别  Json 格式,而不是Json对象. 这里是通过 把json对象转化为 字符串进行传输, 然后 把字符串 转化为 json对象,进行操作. 对象  obj

数据库表字段类型为:tinyint 长度为1 在java中对应的类型是boolean 查询时直接在页面展示成true或false 如果是2,3,4 这样的也是默认成true,非常不友好. 解决方案: 在jdbc连接添加 tinyInt1isBit=false java默认为true 如果有其他方案请告知.

修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #include <zlib.h> 5 6 #define RLEN 1024 7 8 static void getfq(char *fq); 9 10 int main(int argc, char *argv[]){ 11 12 if(argc!=2){ 13 fprintf(stderr,&qu

目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #define RLEN 1024 5 6 static void getfq(char *fq, char *ofq); 7 8 int main(int argc, char *argv

char* convertCStringToChars(CString string) { int nLength=string.GetLength(); ]; memset(c,,nLength+); WideCharToMultiByte(CP_ACP,,string,nLength,c,nLength,NULL,NULL); return c; }

<script> var s=["2008-8-1","2009/9/2","10/3/2010"]; for(var i=0;i<s.length;i++){   var d = string2date(s[i]);   var year = d.getFullYear();   var month = d.getMonth()+1;   var date = d.getDate();   var dateStr = year

//org.apache.commons.io.IOUtils.toByteArray已经有实现 String filePath = "D:\\aaa.txt"; in = new FileInputStream(new File(filePath)); fileBytes =IOUtils.toByteArray(in);

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

在分析中经常需要统计fasta/fastq文件的序列数和碱基数, 但是没有找到一些专门做这件事的小工具,可能是这个功能太简单了: 之前用自己写的perl的脚本统计这些信息, 当fastq文件非常大时,就变的很慢: 今天在网上搜到kseq.h可以parse fasta/fastq文件,用C写的, 速度很快: http://lh3lh3.users.sourceforge.net/parsefastq.shtml 自己试了一下, 在这个基础上添加个小功能, 命名为parse.c: #include

准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA +FC12044_91407_8_200_406_24 SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ @FC12044_91407_8_200_720_610 CTCTGTGGCACCCCATCCCTCACTT +FC12044_91407_8_200_720_610 OXXXXXXXXXXXX