tbtools批量计算KaKs值

2024-11-01

kaks calculator批量计算多个基因的选择压力kaks值

欢迎来到"bio生物信息"的世界今天给大家带来"批量计算kaks值"的技能. 关于kaks的背景知识我就不介绍了,感兴趣的自行搜索,这里直接开始讲怎么批量计算kaks值. 1 文件准备首先准备两个文件,一个是基因的cds序列,一个是蛋白质序列. cds序列和蛋白质可以在ensembl网站找到:http://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/ 这两个文件的示例如下: cds序列文件cds.fa >gene1 ATGGAGGT

shell 批量计算MD5值

#!/bin/sh #需要计算MD5文件列表 # list=`ls` list="file list" for file in $list do file1=`` echo "$file1" md5sum $file1 >> ./md5sum.txt done

【转】Alchemy的使用和多项式批量计算的优化

原文:http://www.cnblogs.com/flash3d/archive/2012/01/30/2332158.html ================================================== 源码:http://files.cnblogs.com/flash3d/alc.rar 前几天研究了Bresenham直线扫描算法.颇受其一些优化策略的启发,故想将其推广至二次三次已经n次曲线的批量计算.进过一番假设推导证明,具体思路和过程就不和大家讲了,估计我也讲

Volcano火山：容器与批量计算的碰撞

[摘要] Volcano是基于Kubernetes构建的一个通用批量计算系统,它弥补了Kubernetes在“高性能应用”方面的不足,支持TensorFlow.Spark.MindSpore等多个领域框架,帮助用户通过Kubernetes构建统一的容器平台. Kubernetes 是当前非常流行的容器编排框架,在其发展早期重点以微服务类应用为主.随着Kuberentes的用户越来越多,更多的用户希望在Kubernetes上运行BigData和AI框架,如Spark.TensorFlow等以构建统

geotrellis使用（十七）使用缓冲区分析的方式解决单瓦片计算边缘值问题

Geotrellis系列文章链接地址http://www.cnblogs.com/shoufengwei/p/5619419.html 目录前言需求分析实现方案总结一.前言最近真的是日理千机,但是再忙也要抽出时间进行总结.上一篇文章讲了使用缓冲区分析的方式解决投影变换中边缘数据值计算的问题(见geotrellis使用(十六)使用缓冲区分析的方式解决投影变换中边缘数据值计算的问题).实际中往往还有一种需求就是对单个瓦片进行操作,比如求坡度等,如果这时候直接计算,同样会出现

treetable 前台累计计算树值提交后台

treetable 累计计算树值效果图 html 代码 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> &l

ylbtech-Unitity-cs:计算阶乘值

ylbtech-Unitity-cs:计算阶乘值 1.A,效果图返回顶部 1.B,源代码返回顶部 1.B.1, using System; namespace Functions { public class Factorial { // “Calc”静态方法为传入的指定整数 // 计算阶乘值: public static int Calc(int i) { ) ? : (i * Calc(i-))); } } } 1.B.2, 1.C,下载地址返回顶部作者:ylbtech出处:http:

C#计算时间差值

/// <summary> /// 计算时间差值 /// </summary> /// <param name="DateTime1"></param> /// <param name="DateTime2"></param> /// <returns></returns> private string DateDiff(DateTime DateTime1, DateT

利用Python计算π的值，并显示进度条

利用Python计算π的值,并显示进度条第一步:下载tqdm 第二步;编写代码 from math import * from tqdm import tqdm from time import * total,s,n,t=0.0,1,1.0,1.0 clock() while(fabs(t)>=1e-6): total+=t n+=2 s=-s t=s/n k=total*4 print("π值是{:.10f} 运行时间为{:.4f}秒".

excel计算时间差值

excel计算时间差值 2018/10/1 10:59:00 减去 2018/9/21 1:05:13 获取多少天. 如1.2天.这种. ==

PR回写所有物料规划PR时对净需求+最小采购批量+安全库存+舍入值的先后考虑逻辑

所有物料规划PR时对净需求+最小采购批量+安全库存+舍入值的先后考虑逻辑20171207-1228.docx PR回写案例一: '; --SAFE_QTY:安全库存 ' ; -- MIN_LOT_SIZE最小采购批量 LOTSIZE_INCREMENT舍入值 '; --合并下PR的时间区间 WB7 TB1 EX0 W2_14 T3_3 ' ; ---加上PR回写逻辑后 ' ; ---最终回写去SAP的数据 ) as LGORT ,'SAPRFC' as ERNAM,out_pr.due_date

使用不同的方法计算TF-IDF值

摘要这篇文章主要介绍了计算TF-IDF的不同方法实现,主要有三种方法: 用gensim库来计算tfidf值用sklearn库来计算tfidf值用python手动实现tfidf的计算总结之所以做了这方面的总结是因为最近在研究word2vec,然后涉及到了基于word2vec的文本表示方法.你用word2vec训练好的模型可以得到词的向量,然后我们可以利用这些词向量表示句子向量. 1. 一般处理方法是把句子里涉及到的单词用word2vec模型训练得到词向量,然后把这些向量加起来再除以单词数

百度词汇检索，计算PMI值

'''词汇检索百度返回值,并且计算PMI值的类''' from bs4 import BeautifulSoup import requests import re import pandas as pd import time import numpy as np class PMI(): def __init__(self): self.url = 'https://www.baidu.com/s?wd=' #self.vocab = vocab def getHtml(self, url)

C#实现像Git那样计算Hash值

从Git Tip of the Week: Objects一文中得知,Git是这样计算提交内容的Hash值的: Hash算法用的是SHA1 计算前,会在内容前面添加"blob 内容长度\0",\0表示的是空字符(NUL). 计算出来的Hash值是40位16进制序列(40-character hexadecimal sequence). 比如提交一个空文件,Git计算出来的Hash值是e69de29bb2d1d6434b8b29ae775ad8c2e48c5391,实际计算的内容是&qu

[编程] C语言循环结构计算π的值

公式: 分析:首先,系数为正数的项的分母是4n-3(n为正数项的项数),为负数的项的分母为4n-1(n为负数项的项数),即分母的变化规律是1.3.5.7...的奇数数列,则第n项的分母为2n-1,第10000项的分母为2*10000-1. 代码: #include <stdio.h> int main(){ //计算π的值 int i; int z; double f; ; ;i<=;i++){ //取模 z=i%; //每项 f=(/(*i-); //z等于0的时候是负数 ){ f=-

算法笔记_031:计算中值和选择问题（Java）

目录 1 问题描述 2 解决方案 2.1 计算中值问题 2.2 选择问题 1 问题描述中值问题是求一个n个数列表中某一数组下标k,它要求该下标元素比列表中的一半元素大,又比另一半元素小,这个中间的值被称为中值. 选择问题是求一个n个数列表的第k个最小元素的问题. 2 解决方案 2.1 计算中值问题本文使用Lomuto划分算法思想,此处引用<算法设计与分析基础>第三版上一段文字介绍及配图,具体如下: 具体实现代码如下: package com.liuzhen.chapter4; pub

C 语言 clock() 函数，例：计算多项式值

C 语言 clock() 函数,例:计算多项式值 /** * clock(): 捕捉从程序开始运行到 clock() 被调用时所耗费的时间. * 这个时间单位是 clock tick, 即"时钟打点". * 常数 CLK_TCK: 机器时钟每秒所走的始终打点数. * In Macintosh or C99, CLK_TCK == CLOCKS_PER_SEC * http://www.cplusplus.com/reference/ctime/CLOCKS_PER_SEC/ */ 我把

一起talk C栗子吧（第三十四回：C语言实例--巧用溢出计算最值）

各位看官们.大家好,上一回中咱们说的是巧用移位的样例,这一回咱们说的样例是:巧用溢出计算最值. 闲话休提,言归正转.让我们一起talk C栗子吧! 大家都知道,程序中的变量都有一个取值范围,这个范围也计算机和编译器都有关系. 我们举个实际的例子进行说明:在32位的计算机上,假设使用4个字节存储int类型的变量也就是说使用了32位的存储空间. 这时int类型变量的取值范围是:负2的32次方到正2的32次方-1,详细的数值是-2147483648到2147483647. 假设把不在这个范围内的数值

R语言计算IV值

更多大数据分析.建模等内容请关注公众号<bigdatamodeling> 在对变量分箱后,需要计算变量的重要性,IV是评估变量区分度或重要性的统计量之一,R语言计算IV值的代码如下: CalcIV <- function(df_bin, key_var, y_var){ N_0<-table(df_bin[, y_var])[1] N_1<-table(df_bin[, y_var])[2] iv_c<-NULL var_c<-NULL for (col in c

Python计算IV值

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