在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA,SOAP开大GAP比对:Tophat(Bowtie2):2) Read count(多重比对的问题):丢弃平均分配利用Unique region估计并重新分配表达量计算的本质目标基因表达量相对参照系表达量的数值.参照的本质:( 1)假设样本间参照的信号值应该是相同的:( 2)将样本间参照的观测值校

转自:http://www.360doc.com/content/18/0112/02/50153987_721216719.shtml 1.问题提出 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域内的read counts数目取决于基因长度和测序深度. 很容易理解,一个基因越长,测序深度越高,落在其内部的read counts数目就会相对越多. 当我们进行基因差异表达的分析时,往往是在多个样

TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权.查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈  来源:嘉因 在RNA测序分析,哪家公司适合我一文中,聊过类似的问题. 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/vid

对FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq   虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM,但是仅仅是知道它们是转录本定量的值,并未究其根本.最近看了几篇文献,对其深层次的含义有了进一步的理解,因而在这里记录下来. 首先来看FPKM/RPKM的起源: 在RNA-Seq中,最简单的定量基因表达量(gene expression)的方法就是将RN

PS:本文PDF版在这里(格式更好看一些).最新的源代码请在本页面文末下载,PDF中的链接不是最新的. 用C表达面向对象语言的机制——C#版 我一直认为,面向对象语言是对面向过程语言的封装.如果是这样,那么就应该能够用C来模拟C#的代码风格,写出面向对象形式的代码.本文逐步展示了与C#对应的C代码是如何实现的. 1. 目标 面向对象语言的三大特性(封装.继承.多态)中,封装和继承的C版写法需要研究,而多态似乎不关乎新的写法. 所以本文就展示如何用C来模拟C#的封装.继承.虚方法.关键字as和in

情节故事得有情节,不喜欢情节的朋友可看第1版代码,然后直接跳至“三.想要链式写法” 一.起缘 故事缘于一位朋友的一道题: 朋友四人玩LOL游戏.第一局,分别选择位置:中单,上单,ADC,辅助:第二局新加入的伙伴要选上单,四人可选位置变为:中单,打野,ADC,辅助:要求,第二局四人每人不得选择和第一局相同的位置,请问两局综合考虑有多少种位置选择方式? 对于像我这边不懂游戏的人来讲,看不懂.于是有了这个版本: 有4个人,4只椅子,第一局每人坐一只椅子,第二局去掉第2只椅子,增加第5只椅子,每人坐一只

/*设置TPM命令格式*/ ssize_t tpm_getcap(struct device *dev, __be32 subcap_id, cap_t *cap, const char *desc) { struct tpm_cmd_t tpm_cmd; int rc; struct tpm_chip *chip = dev_get_drvdata(dev); tpm_cmd.header.in = tpm_getcap_header; if (subcap_id == CAP_VERSION

本文不讨论正则表达式入门,即如何使用正则匹配.讨论的是两种创建正则表达式的优劣和一些细节,最后给出一些常用正则匹配表达式. Javascript中的正则表达式也是对象,我们可以使用两种方法创建正则表达式: 使用new RegExp()构造函数 使用正则表达字面量 先说结果,使用正则表达字面量的效率更高. 下面的示例代码演示了两种可用于创建正则表达式以匹配反斜杠的方法: //正则表达字面量 var re = /\\/gm; //正则构造函数 var reg = new RegExp("\\\\&q

一对多实现 1. 实现类 package com.alice.hibernate02.vo; import java.util.HashSet; import java.util.Set; public class Customer { private Integer id; private String name; // 一对多:一个客户(当前客户) 拥有 [多个订单] // * 需要容器存放多个值,一般建议Set (不重复.无序) // * 参考集合:List.Map.Array等 // *

用C表达面向对象语言的机制2——颠覆你对方法调用的看法! 源代码在文末.推荐阅读本文PDF版,格式更好看. 在上一篇<用C表达面向对象语言的机制——C#版>中,我们获知了如何用C表达面向对象语言的机制,证明了面向对象语言是对面向过程语言的封装.今天有幸看到<颠覆你对方法调用的看法!>,于是继续用C来模拟此文中的代码,看看“颠覆”的背后是什么. 1. 目标 本文展示用C的union来模拟C#的一些代码的写法. 2. 用union代替FieldOffset 例如如下的C#代码. Man

css3拓展: <display:none>  将某个元素隐藏       <visibility:hidden>  也是将某个元素隐藏 <display:block>  显示                     <visibility:visible>  显示 <display>与<visibility>的区别在于:<display>隐藏后不占位置   <visibility>隐藏后位置还在 当两个<

昨天在审核资讯翻译的时候遇到这两个单词,文章里讲的也不清楚,感觉翻译的也不到位.今天就单独拿出来比较一下吧.尽管这两个单词相似,它们的具体实现方法还是有很大区别的. Distributional word representation主要是基于Distributional假说:"linguistic items with similar distributions have similar meanings" ,翻译过来差不多是“语言项若有像是的分布,则他们的语义也接近”.它一般是根据

http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=202638 http://www.zhihu.com/topic/19671262/newest 2015年3月18日,微软宣布与腾讯.360等国内几家知名互联网企业达成战略合 作,可通过其旗下产品直接将现在的盗版或正版XP.Win7.Win8.x等系统一键升级到最新的正版Win10,2015年7月29日就将发布并开启下 载该操作系统的桌面正式版本.实际上,升级后的Win10操作系统采用的可信计算模块(Trusted 

大家都能达成的两个共识是: 概念模型中,聚合之间充满着关系(双向). 对象模型中,根据有用性.性能和成本等因素考虑,保留某些必须的关系. 备注:读写分离有利于更好的表达关系,因为某些关系在读取的时候需要,而且模型需要扁平化,某些关系在写入的时候需要,模型需要立体化.

转摘网址为:http://www.cnblogs.com/slysky/archive/2011/10/14/2212227.html 虽然Canny之类的边缘检测算法可以根据像素间的差异检测出轮廓边界的像素,但是它并没有将轮廓作为一个整体.下一步是要将这些边缘像素组装成轮廓. 轮廓是构成任何一个形状的边界或外形线.直方图对比和模板匹配根据色彩及色彩的分布来进行匹配,以下包括:轮廓的查找.表达方式.组织方式.绘制.特性.匹配. 首先回忆下几个结构体: 首先是图像本身的结构体:typedef st

揭秘TPM安全芯片技术及加密应用 首发:http://safe.it168.com/a2012/0912/1396/000001396884.shtml 从2003年开始,重要数据丢失已经成为严重的信息安全问题.尽管企业.机构和个人均不同程度地部署了保密措施,但泄密案例还是层出不穷.从近年来国内外公开发布的失泄密案件资料中,我们选择了以下几个经典案例. 2010年阿桑奇和他的"维基解密"几乎成为所有政府和企业的梦魇.各种"爆料"犹如一个个重磅炸弹,以致于整个世界引起

在Python中怎么表达True   为False的几种情况 0为False,其他所有数值皆为True 空串("")为False,其他所有字符串皆为True 空list([])为False,其他所有list皆为True 空tuple(())为False,其他所有tuple皆为True 空dict({})为False,其他所有dcit皆为True 杜绝的几种写法 if i==0: if str==“”: if list == None: if set is None: if dict =

最近在看sparse and redundant representations这本书,进度比较慢,不过力争看过的都懂,不把时间浪费掉.才看完了不到3页吧,书上基本给出了稀疏表达的概念以及传统的求法.我也用书中的例子来引入吧. 1:矩阵A(n*m),其中n远远小于m,一副图片经过缩小或者模糊处理导致该图片所占用的空间变小了,此时用向量b来表示,A表示图片所经过的处理,X代表原图片,那么这个就可以表示成为: Ax=b 2:因为A是欠定的,一般情况下x的解有很多种,而我们要的是那种最稀疏的x.个人理

1.通过解析方法名创建查询 框架在进行方法名解析时,会先把方法名多余的前缀截取掉,比如 find.findBy.read.readBy.get.getBy,然后对剩下部分进行解析.并且如果方法的最后一个参数是 Sort 或者 Pageable 类型,也会提取相关的信息,以便按规则进行排序或者分页查询. 在创建查询时,我们通过在方法名中使用属性名称来表达,比如 findByUserAddressZip ().框架在解析该方法时,首先剔除 findBy,然后对剩下的属性进行解析,详细规则如下(此处假