处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

Requests 网络资源(URLs)撷取套件 改善Urllib2的缺点,让使用者以最简单的方式获取网络资源 可以使用REST操作(POST,PUT,GET,DELETE)存取网络资源 import requests newsurl='http://www.sina.com.cn/' res=requests.get(newsurl) print(res)#<Response [200]> print(res.encoding)#单字节编码ISO-8859-1 res.encoding='ut

1.Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam_files_into_bigwig_for_UCSC_Genome_Browser tutor file: http://files.cnblogs.com/files/renping/bam2bigwig.pdf 2.通过chip-seq 流程有涉及 http://blog.csdn.net/q

1.开始 在网站上传图片过程,经常用到缩略图功能.这里我自己写了一个图片处理的Image类,能生成缩略图,并且可以添加水印图. 2.如何生成缩略图 生成缩略图,关键的是如何计算缩放比率. 这里,我根据图片等比缩放,宽高的几种常见变化,得出一个算缩放比率算法是,使用新图(即缩略图)的宽高,分别除以原图的宽高,看哪个值大,就取它作为缩放比率: 缩放比率  = Max( { 新图高度  / 原图高度 ,  新图宽度  / 原图宽度 } ) 也就是: If ( (新图高度  / 原图高度)  >  (新

前言 前些时候研究脚本混淆时,打算先学一些「程序流程」相关的概念.为了不因太枯燥而放弃,决定想一个有趣的案例,可以边探索边学. 于是想了一个话题:尝试将机器指令 1:1 翻译 成 JavaScript,这样就能在浏览器中,直接运行等价的逻辑. 为了简单起见,这里选择古董级 CPU -- MOS 6502. 本系列陆续更新了 8 篇,前面几篇只是理论分析: 跳转处理 流程分割 动态跳转 指令变化 深度优化 原本只打算遐想一下,分析下可行性而已.不过,后来发现实现也不难,于是又补了两篇: 过渡语言

作者:zhbzz2007 出处:http://www.cnblogs.com/zhbzz2007 欢迎转载,也请保留这段声明.谢谢! 1 算法简介 在 结巴分词2--基于前缀词典及动态规划实现分词 博文中,博主已经介绍了基于前缀词典和动态规划方法实现分词,但是如果没有前缀词典或者有些词不在前缀词典中,jieba分词一样可以分词,那么jieba分词是如何对未登录词进行分词呢?这就是本文将要讲解的,基于汉字成词能力的HMM模型识别未登录词. 利用HMM模型进行分词,主要是将分词问题视为一个序列标注(

在web开发中,我们可能会有这样的需求,为了便于前台的JS的处理,我们需要将查询出的数据源格式比如:List<T>.DataTable转换为Json格式.特别在使用Extjs框架的时候,Ajax异步请求的数据格式就是Json.鉴于此,我今天来分享将DataTable 转换成 Json的3种方法.换句话说如何在ASP.NET将一个DataTable序列化为 Json数组.或者如何从一个DataTable返回一个Json字符串.这篇文章将采用StringBuilder,JavaScriptSeri

100 open source Big Data architecture papers for data professionals. 读完这100篇论文 就能成大数据高手 作者 白宁超 2016年4月16日13:38:49 摘要:本文基于PayPal高级工程总监Anil Madan写的大数据文章,其中涵盖100篇大数据的论文,涵盖大数据技术栈(数据存储层.键值存储.面向列的存储.流式.交互式.实时系统.工具.库等),全部读懂你将会是大数据的顶级高手.作者通过引用Anil Madan原文和CS

转载注明出处 改成了一个单独的js文件,并修改代码增加了通用性,点击这里查看 今天写小程序,有一个需求就是用户选择时间,然后我这边就要开始倒计时. 因为小程序的限制,所以直接选用时间选择器作为选择定时器的小时和分钟.唯一的缺点就是不能选择秒. 一开始的想法是选择的到一个字符串以后,截取字符串转换成数字然后和以前一样不停的计算.什么计算秒数,换算成分数啊之类的 想想虽然不难但还是太麻烦了.就想有没有简单易懂的实现方法. 首先想到的就是js中的Date() 因为这个函数可以传字符串获取毫秒数,传毫秒

工作需要在MATLAB中绘制质点轨迹并保存成GIF以便展示. 绘制质点轨迹动图可用comet和comet3命令,使用例子如下: t = 0:.01:2*pi;x = cos(2*t).*(cos(t).^2);y = sin(2*t).*(sin(t).^2);z = t;comet(x,y,0.1); %绘制二维%comet3(x,y,z,0.1); %绘制三维 这有一个问题在于comet或comet3无法控制绘制的动画的速度,为了实现这一点,一个可行的方法是重写comet和comet3,在每

最近在eclipse导入android项目的时候遇到了奇葩问题,再此记录 遇到的问题就是:将完好的android项目导入到eclipse的时候,原本这是一个很容易的事情,但是导入成功后发现,,,靠eclipse居然识别成了java项目导致不能"run as android appliciation",,,如下图所示:

上一篇,我们发现大多数 6502 指令都可以直接 1:1 翻译成 JS 代码,但除了「跳转指令」. 跳转指令,分无条件跳转.条件跳转.从另一个角度,也可分: 静态跳转:目标地址已知 动态跳转:目标地址运行时才知道 为了让问题更简单,本文只讨论「静态跳转」,并且是在固定的指令之间跳转. 我们用 JXX 表示跳转指令,XXX 表示其他指令: L1: XXX JXX L1 - XXX JXX L2 + XXX L2: XXX 这里 JXX L1 跳转到之前的位置,暂且称为「负跳转」.相应的,JXX L

上一篇 我们讨论了跳转指令,并实现「正跳转」的翻译,但最终困在「负跳转」上.而且,由于线程模型的差异,我们不能 1:1 的翻译,必须对流程进行一些改造. 当初之所以选择翻译,而不是模拟,就是出于性能考虑.但是,这并不意味绝对不能用模拟 -- 如果能用少量模拟,解决一些技术障碍,那也是值得的. 现在,我们尝试用模拟的方式,来控制流程. 流程模拟 JS 的流程控制,就好比排队:如果你不想排了,可以随时退出,大家都不介意:但是之后又想回来插队,这就不行了,你必须从头排起.所以,只能退出,不能插入. 插

上一篇,我们用模拟流程的方式,解决了跳转问题. 不过静态跳转,好歹事先是知道来龙去脉的.而动态跳转,只有运行时才知道要去哪.既然流程都是未知的,翻译从何谈起? 动态跳转,平时出现的多吗?非常多!除了 JMP 指令,还有一个更常用的,就是 RTS 指令. 它用于子流程的返回 -- 从栈上取出数据给程序计数器 PC,回到之前执行 JSR 指令的位置(相当于 call / return).如果把栈上数据改了,那也是可以任意跳转的. 动态跳转很常用,因此必须得支持. 已有流程 动态跳转,理论上可以跳到任

上一篇,我们通过内置解释器的方案,解决任意跳转的问题.同时,也提到另一个问题:如果指令发生变化,又该如何应对. 指令自改 如果指令加载到 RAM 中,那就和普通数据一样,也是可以随意修改的.然而,对应的 JS 是事先翻译好的,已经不能改了.如果运行时突然变卦,那相应的 JS 就作废了 -- 如果修改的是跳转指令,甚至会影响已划分的流程.所以为了保守起见,指令被改后进入模拟状态. 因此,我们得监控指令区的修改: function store(addr, val) { // 修改指令区 if (0x

第一篇 中我们曾提到,JavaScript 最终还得经过浏览器来解析.因此可以把一些优化工作,交给脚本引擎来完成. 现代浏览器的优化能力确实很强,但是,运行时的优化终归是有限的.如果能在事先实现,则可投入更多资源,优化得更充分. 优化尝试 指令 1:1 翻译成 JS,结果显然会存在一些累赘的逻辑. 例如状态标志,很多时候是不必计算的: A = read(10) // LDA 10 SR_N = ... // 无意义,可以去除 SR_Z = ... X = read(20) // LDX 20 S

上一篇,我们决定使用 LLVM 来优化程序,并打算用 C 作为输入语言.现在我们来研究一下,将 6502 指令转换成 C 的可行性. 跳转支持 翻译成 C 语言,可比 JS 容易多了.因为 C 支持 goto,跳转可轻松实现.例如: $0600 LDA #$01 $0602 STA $02 $0604 JMP $0600 就能翻译成如下 C 代码: L_0600: A = 0x01; ... L_0602: write(A, 0x02); L_0604: goto L_0600; 我们把指令所在

上一篇,我们顺利将 6502 指令翻译成 C 代码,并演示了一个案例. 现在,我们来完成最后的目标 -- 转换成 JavaScript. 中间码输出 我们之所以选择 C,就是为了使用 LLVM.现在来看看,生成的 LLVM 中间表示: 不难看出,顺序执行的逻辑都在一个 label 中,跳转则用 br 符号. 这种风格,和我们之前讨论的指令切割非常相似.一个 label 块,正好翻译成一个 block_xxx 的 JS 函数. 所以,理论上翻译成 JS 并不困难,写一个 LLVM backend

前言: 最近又看了点Java的知识,于是想着把CYQ.Data V5迁移到Java版本. 过程发现坑很多,理论上看大部分很相似,实践上代码写起来发现大部分都要重新思考方案. 遇到的C#转Java的一些小问题: 1:C#的ref:这个参数的主要意图是: 就算方法内部重新对参数重新(new)赋值,也能保证外部的参数指向新的值. Java木有了,不知道新的方案是什么?还是说只能避免方法内部重新(new)赋值? 2:C#的out:这个参数的主要意图是: 处理多值返回的问题. Java木有了,只能改返回数

为什么要改用code first 用过code first的基本上都不会再想用回model first或是db first(谁用谁知道).不要问我为什么不一开始就直接使用code first,因为那个时候我还不会(甚至还把model first当成了code first). 因为工作中使用的就是code first,且越用越习惯,越用越喜欢. 原因如果: 再也用为每次生成那个笨重的edmx文件性急了 再也不用当心保存tt文件而丢失特性.注销.扩展方法了 再也不用为了使用微软的验证插件非得写Met