庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

题意:求在数列中能找到几个个长度为k 的区间,里面的 k 个数字排完序后是连续的. 思路:枚举范围,判断区间内是否有重复的数字(主席树),没有的话求区间最大-区间最小(RMQ),判断是否等于K,是的话sum++,否则continue: 主席树:原理不太懂,暂时还没能到能研究的水平,不过知道时间复杂度之类的,以后希望能用到的时候不是敲完上交了才知道超时了.... 时间复杂度 建树      O(n): 更新     O(log(n)): 查询     O(log(n)): #include <io

问题描述:一个有序序列经过反转,得到一个新的序列,查找新序列的某个元素.12345->45123. 算法思想:利用二分查找的思想,都是把要找的目标元素限制在一个小范围的有序序列中.这个题和二分查找的区别是,序列经过mid拆分后,是一个非连续的序列.特别要注意target的上下限问题.因为是非连续,所以要考虑上下限,而二分查找,序列式连续的,只用考虑单限.有递归算法和迭代算法. 递归算法: public int search(int[] nums, int target) { return bin

package search; import java.util.*; /*折半查找要求线性表是有序的,假设递增 * 基本思路:R[low...high]是当前的查找区间,首先确定中间位置mid=(low+high)/2,将待查关键字k与R[mid]比较, * 若相等查找成功,若R[mid]>k,则新的查找区间为R[low...mid-1],若R[mid]<k,则新的查找区间为R[mid+1...high], * 相同的方式处理新的区间,直到区间的长度小于1,查找结束*/ public cla

package search; import java.util.Scanner; /*通常把查找过程中对关键字的平均比较次数,也叫平均查找长度(ASL)作为衡量一个查找算法效率优劣的标准: * ASL=求和(p[i]*c[i]),(i=1~n).P[i]找到第i个记录的概率,c[i]找到第i个记录进行比较的次数*/ /*顺序查找的思想:从表的一端开始,顺序扫描线性表,依次将扫描到的关键字和给定值k比较,若当前扫描的关键字与k相等,则查找成功, * 若扫描结束后,任未发现关键字等于k的记录,则查

/*   * 折半查找法:   * 思路:   * 定义三个变量记录查找范围中最大.最小和中间的索引值,每次都是使用中间索引值与要查找的目标进行对比,如果不符合,那么就不停缩小查找范围   * */  //前提:查找的序列必须是有序的  int[] arr1 = {3,5,7,10,22,45,191};  //定义三个变量记录查找的边界和中间位置,并且初始化  int min = 0;  int max = arr1.length;  int mid = (min + max)/2;  //定

一. 匿名函数 为了解决一些简单的需求而设计的一句话函数.  lambda表示的是匿名函数. 不需要用def来声明, 一句话就可以声明出一个函数 语法:    函数名 = lambda 参数: 返回值 a = lambda x, y: x + y # lambda 匿名函数 一行搞定一个函数. 但是, 不能完成复杂的函数操作 print(a.__name__) # b = lambda x, y: x * y 与sorted()在一起用 lst = [{'id': 1, 'name': 'ale

1,lambda:  匿名函数 2.sorgted()  排序函数 3,filter()   过滤函数 筛选 4,map()  映射函数 5.递归 6.二分法 一. 匿名函数: lambda lambda 表示的是匿名函数,不用def 来声明,一句话就可以声明一个函数. 例如:我们为力了解决一些简单的需求而设计了一句话函数: 但是我们用匿名函数就会相对来说方便一些 匿名函数语法: 函数名= lambda  参数 : 返回值 例: 同上 匿名函数的操作方法 a = 笔试题 def func(x,y

一.递归函数 1)定义 在函数中调用函数本身,就是递归 在python中递归的深度最大为1000,但实际达不到1000 def func(): print("-----func-----") func() func() 2)应用 可以使用递归来遍历各种树形结构,比如文件夹系统:可以使用递归来遍历该文件夹中的所有文件 import os def func(filepath, n): files_list = os.listdir(filepath) # 获取当前文件夹中的所有文件 for

day10 python       1.冒泡算法         冒泡排序,把列表竖起来看,就像一个个气泡往上去(时间复杂度大) lst = [12,3,3,2424,14,3567,534,324,324,23,4,23,42,4324]   for num in range(len(lst)):     for i in range(len(lst)-1):         if lst[i] > lst[i+1]:             lst[i], lst[i+1] = lst[i

分治算法:二分查找!昨天刚说不写算法了,但是突然想起来没写过分治算法的博客,所以强迫症的我…… STL函数库第五弹——二分函数lower_bound().upper_bound().binary_search() 由于笔者比较懒,所以把分治算法(二分查找篇)和STL第五弹放在一起... Part 1:引入和导语 我们在做题的时候,经常会遇到一些需要分治的问题.(这是真的 今天的主角是——二分查找(开头提到过). 二分查找,是针对于有序排列的数据调用而生的一种数据调用方法. 听上去很高端?我来讲个

LC T668笔记 [涉及知识:二分查找.第K小数.BFPRT算法] [以下内容仅为本人在做题学习中的所感所想,本人水平有限目前尚处学习阶段,如有错误及不妥之处还请各位大佬指正,请谅解,谢谢!] !!!观前提醒!!! [本文篇幅较大,如有兴趣建议分段阅读] 有关二分查找 作用:在有序集合中快速查找目标值 适用性: 1. 只能查找有序的数据集 顺序存储的数据结果就是数组了,也就是二分查找只能从数组中查找,而不能查找链式存储的数据集,比如查找链表中的数,就不能用二分查找. 2. 针对的是静态有序数据

隐马尔可夫模型 (Hidden Markov Model,HMM) 最初由 L. E. Baum 和其它一些学者发表在一系列的统计学论文中,随后在语言识别,自然语言处理以及生物信息等领域体现了很大的价值.平时,经常能接触到涉及 HMM 的相关文章,一直没有仔细研究过,都是蜻蜓点水,因此,想花一点时间梳理下,加深理解,在此特别感谢 52nlp 对 HMM 的详细介绍. 考虑下面交通灯的例子,一个序列可能是红-红/橙-绿-橙-红.这个序列可以画成一个状态机,不同的状态按照这个状态机互相交替,每一个状

又快到双十一,又是不少同仁们出血的日子,首先希望大家玩的开心.我曾经想要仔细的剖析场景的的每个组件,就像这里的聊天管道与寻路器,但是仔细阅读别人代码的时候才发现元件虽小但是实现并不简单,因为有些东西还没有完全想明白我就暂时不说其具体的实现过程,但是我会保证这些文章在后面会不断更新,同时也希望对这方面有兴趣和经验的朋友们能够指正.聊天这个我们都知道,因为它几乎成了游戏或是生活中不可或缺的一部分,那么什么是寻路器?我想未必大家都知道什么是寻路器,不过我可以告诉大家的是你在游戏中自动寻路这个功能就是由

0. 数据结构图文解析系列 数据结构系列文章 数据结构图文解析之:数组.单链表.双链表介绍及C++模板实现 数据结构图文解析之:栈的简介及C++模板实现 数据结构图文解析之:队列详解与C++模板实现 数据结构图文解析之:树的简介及二叉排序树C++模板实现. 数据结构图文解析之:AVL树详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:二叉堆详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:哈夫曼树与哈夫曼编码详解及C++模板实现 数据结构图文解析之:直接插入排序及其优化(二分插入排序)解析及C++实现 数据结构

非修改性序列操作(12个) 循环         对序列中的每个元素执行某操作         for_each() 查找         在序列中找出某个值的第一次出现的位置         find() 在序列中找出符合某谓词的第一个元素     find_if() 在序列中找出一子序列的最后一次出现的位置         find_end() 在序列中找出第一次出现指定值集中之值的位置     find_first_of() 在序列中找出相邻的一对值         adjacent_fi

非修改性序列操作(12个) 循环         对序列中的每个元素执行某操作         for_each() 查找         在序列中找出某个值的第一次出现的位置         find() 在序列中找出符合某谓词的第一个元素     find_if() 在序列中找出一子序列的最后一次出现的位置         find_end() 在序列中找出第一次出现指定值集中之值的位置     find_first_of() 在序列中找出相邻的一对值         adjacent_fi

隐马尔可夫(HMM)好讲,简单易懂不好讲. 用最经典的例子,掷骰子.假设我手里有三个不同的骰子.第一个骰子是我们平常见的骰子(称这个骰子为D6),6个面,每个面(1,2,3,4,5,6)出现的概率是1/6.第二个骰子是个四面体(称这个骰子为D4),每个面(1,2,3,4)出现的概率是1/4.第三个骰子有八个面(称这个骰子为D8),每个面(1,2,3,4,5,6,7,8)出现的概率是1/8. &lt;img src="https://pic4.zhimg.com/435fb8d2d675d

一.数字,int 1.1: a.int(object)转化数字类型: a=' b=int(a) b=b+1000 print(b) 223 <class 'int'> 答案 b.转化二进制: v=int(num,base=2) #number以二进制的形式转化为 10进制 num='0011'v=int(num,base=2)print(v) num=' v=int(num,base=16) print(v) num='b'v=int(num,base=16)print(v)==10 3.17

本文面向的读者:学习过C++程序设计语言(也就是说学习过Template),但是还没有接触过STL的STL的初学者.这实际上是我学习STL的一篇笔记,老鸟就不用看了. 什么是泛型程序设计 我们可以简单的理解为:使用模板的程序设计就是泛型程序设计.就像我们我们可以简单的理解面向对象程序设计就是使用虚函数的程序设计一样. STL是什么 作为一个C++程序设计者,STL是一种不可忽视的技术.Sandard Template Library (STL): 标准模板库,更准确的说是 C++ 程序设计语言标

//1.vector:可变大小数组.支持快速随机访问,在尾部之外的位置插入或删除元素可能很慢.注意点:不要在vector中存放bool类型,vector<bool>并不是一个容器,其实现方式类似于位域,不能对其元素取地址或者建立引用,因为其元素仅仅是一个比特.然而deque<bool>却是一个容器. // deque:双端队列.支持快速随机访问,在头尾插入或删除元素很快. // list:双向链表.只支持双向顺序访问.任何位置插入或删除元素都很快. // forward_list: