目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864

前些天项目需要树结构表现数据,需求ztree就能满足所以直接使用ztree只是踩了些小坑... 1.ztree子节点横向显示(下图): 效果说明:第三级子节点按需求横向显示其他竖向显示,每行最多显示5个(修改位置在zTreeStyle.css里面哦,在外面设置不上的,页面也获取不到想要设置样式的节点...如果你能还望赐教)代码如下: .ztree>li>ul>li>ul>li>ul{overflow:hidden;} .ztree>li>ul>li&g

目录 前言 四个SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmapSNPs的指标统计 tagSNPs的群体结构验证 tagSNPs的遗传多样性 tagSNPs用于GS fixedSNPs验证 barcodeSNPs指纹图谱 barcodeIndel SR4R数据库 前言 王向峰老师2020年发表在<Genomics Proteomics Bioinformatics>(IF=6.597)上的文章.对于做数据分析的人来说,如何挖掘公共数据,如

GATK4.0 和之前的版本相比还是有较大的不同,更加趋于流程化. 软件安装 1 wget https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.5.0/gatk-4.1.5.0.zip 2 unzip gatk-4.1.5.0.zip GATK 简单说明 1 ## 帮助信息 2 gat --help 3 4 ## 列出所有的工具 5 gatk --list 6 7 ## 工具的说明,比如以VariantAnnotator 为例

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa

1)Sam (Sequence Alignment/Map) ------------------------------------------------- 1) SAM 文件产生背景 随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步,各种比对工具产生,被用来高效的将reads比对到参考基因组.因为这些比对工具产生不同格式的文件,导致下游分析比较困难,因此一个通用的格式可以提供一个很好的接口用于链接比对与下游分析(组装,变异等,基因分型等)

摘要 分型是计算生物学的一个新兴领域,在临床决策和生物医学科学中有着重要的应用. 虽然机器学习技术在许多生物医学应用中显示出巨大的潜力,但它们在分型中的用途尚未完全理解. 在本文中,我们研究了基于聚类的多倍体生物的阶段化技术的发展,其中在所研究的生物的细胞中每个染色体存在两个以上的拷贝. 我们基于相关聚类的概念,开发了一个称为PolyCluster(多集群)的新框架,然后使用一个有效的聚类合并机制来最小化驻留在每个集群中的短读之间的不一致量. 我们首先引入一个图形模型来量化每对DNA读数之间的相

一.字符串类 CHARSET(str) //返回字串字符集 CONCAT (string2  [,... ]) //连接字串 INSTR (string ,substring ) //返回substring首次在string中出现的位置,不存在返回0 LCASE (string2 ) //转换成小写 LEFT (string2 ,length ) //从string2中的左边起取length个字符 LENGTH (string ) //string长度 LOAD_FILE (file_name

mysql存储过程详解 1.      存储过程简介   我们常用的操作数据库语言SQL语句在执行的时候需要要先编译,然后执行,而存储过程(Stored Procedure)是一组为了完成特定功能的SQL语句集,经编译后存储在数据库中,用户通过指定存储过程的名字并给定参数(如果该存储过程带有参数)来调用执行它. 一个存储过程是一个可编程的函数,它在数据库中创建并保存.它可以有SQL语句和一些特殊的控制结构组成.当希望在不同的应用程序或平台上执行相同的函数,或者封装特定功能时,存储过程是非常有用的

字符串类 CHARSET(str) //返回字串字符集CONCAT (string2 [,... ]) //连接字串INSTR (string ,substring ) //返回substring首次在string中出现的位置,不存在返回0LCASE (string2 ) //转换成小写LEFT (string2 ,length ) //从string2中的左边起取length个字符LENGTH (string ) //string长度LOAD_FILE (file_name ) //从文件读取

用canvas+mouseArea实现的刮刮卡效果. 表层是一层色彩,用手指划开,可看到下面的文字Lisence: MIT, 请保留本文档说明Author: surfsky.cnblogs.com 2015-02 [先看效果] [下载] http://download.csdn.net/detail/surfsky/8445011 [核心代码] Canvas { id: canvas anchors.fill: parent // property bool isFirstPaint : tru

存储过程如同一门程序设计语言,同样包含了数据类型.流程控制.输入和输出和它自己的函数库. --------------------基本语法-------------------- 一.创建存储过程create procedure sp_name()begin.........end 二.调用存储过程1.基本语法:call sp_name()注意:存储过程名称后面必须加括号,哪怕该存储过程没有参数传递 三.删除存储过程1.基本语法:drop procedure sp_name// 2.注意事项(1

存储过程如同一门程序设计语言,同样包含了数据类型.流程控制.输入和输出和它自己的函数库. --------------------基本语法-------------------- 一.创建存储过程create procedure sp_name()begin.........end 二.调用存储过程1.基本语法:call sp_name()注意:存储过程名称后面必须加括号,哪怕该存储过程没有参数传递 三.删除存储过程1.基本语法:drop procedure sp_name// 2.注意事项(1

一.安装 ubuntu上安装MySQL非常简单只需要几条命令就可以完成. 1. sudo apt-get install mysql-server   2. apt-get isntall mysql-client   3.  sudo apt-get install libmysqlclient-dev   安装过程中会提示设置密码什么的,注意设置了不要忘了,安装完成之后可以使用如下命令来检查是否安装成功:   sudo netstat -tap | grep mysql   通过上述命令检查

记录mysql存储过程中的关键语法:DELIMITER //  声明语句结束符,用于区分;CREATE PROCEDURE demo_in_parameter(IN p_in int)  声明存储过程BEGIN .... END  存储过程开始和结束符号SET @p_in=1   变量赋值 DECLARE l_int int unsigned default 4000000;  变量定义 什么是mysql存储例程? 存储例程是存储在数据库服务器中的一组sql语句,通过在查询中调用一个指定的名称来

一口气弄完了! 一.条件语句if-then-else: create procedure demo_1(in param int) begin declare var int; ; then insert into userinfo(name) values('demo'); else insert into userinfo(name) values('demo'); end if; then update userinfo set age=param where name='demo'; e

1.使用了存过程,很多相似性的删除,更新,新增等操作就变得轻松了,并且以后也便于管理! 2.存储过程因为SQL语句已经预编绎过了,因此运行的速度比较快. 3.存储过程可以接受参数.输出参数.返回单个或多个结果集以及返回值.可以向程序返回错误原因. 4.存储过程运行比较稳定,不会有太多的错误.只要一次成功,以后都会按这个程序运行. 5.存储过程主要是在服务器上运行,减少对客户机的压力. 6.存储过程可以包含程序流.逻辑以及对数据库的查询.同时可以实体封装和隐藏了数据逻辑. 7.存储过程可以在单个存

mysql执行流程: sql命令--->mysql引擎-----(分析)---->语法正确-----(编译)--->可识别命令----(执行)---->执行结果---(返回)--->客户端. 存储过程定义: sql语句和控制语句的预编译集合,以一个名称存储作为一个单元处理. 最重要的优点: 省略部分执行流程,提高执行速度. 其他优点: 增强sql语句的功能和灵活性,减少网络流量(http只传输参数和存储函数名). -------------------------------

来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_52d20fbf0100ofd5.html MySQL的存储过程 2. 关于MySQL的存储过程存储过程是数据库存储的一个重要的功能,但是MySQL在5.0以前并不支持存储过程,这使得MySQL在应用上大打折扣.好在MySQL 5.0终于开始已经支持存储过程,这样即可以大大提高数据库的处理速度,同时也可以提高数据库编程的灵活性.3. MySQL存储过程的创建 (1). 格式MySQL存储过程创建的格式:CREATE PROCED