在对vcf的操作有这样三个软件: Vcftools:主要用于群体分析,文本处理的功能不是很强大,虽然这个软件也可以拆分样本,但是这种拆分不涉及文件的处理,只是保留在分析流程里. GATK .x:这个软件最大的问题就是需要参考基因组,而且序列长度各个方面都要与待处理的文件一致这样就给我们的数据处理带来一定的麻烦. Bcftools:涉及文本的处理,功能很强大,后续随着我的分析还要继续介绍. 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: bcftools v

C#文件的拆分与合并操作示例代码. 全局变量定义 ;//文件大小 //拆分.合并的文件数 int count; FileInfo splitFile; string splitFliePath; FileStream splitFileStream; FileInfo joinFile; string joinFliePath; FileStream joinFileStream; 拆分文件操作 private void CheckSplit_Click(object sender, Event

文件的拆分与合并在开发中经常会用到,上传或是下载的时候都有这样的运用 文件拆分的思路 将文件大小拆分为n个文件 那么,每个文件的大小就是等大小的 如果文件大小被n除不尽,那么就使用n+1个文件来拆分 最后一个文件的大小就是整除不尽的那一部分数据 文件合并的思路 将拆分出来的全部文件胺顺序读取 挨个数据写入到指定文件中 所有文件数据写入完毕 那么合并就完成了 代码实现 布局文件(activity_main.xml) <LinearLayout xmlns:android="http://sc

Linux中fasta文件的拆分与合并 FASTA文件的拆分: (1)如果从一个文件a提取第11至20个序列存到另一个文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta (2)将某一文件a中每一条序列保存到一个文件中: awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

1.引用iTextSharp,用于拆分和合并pdf文件 using iTextSharp.text; using iTextSharp.text.pdf; 2.合并pdf //outMergeFile是pdf文件合并后的输出路径 //lstFile里存放要进行合并的pdf文件的路径 public static void mergePDFFiles(string outMergeFile, List<string> lstFile) { if (!Sql.IsEmptyString(outMer

Goldengate的拆分与合并分类: ORACLE GoldenGate 2013-10-10 15:22 721人阅读 评论(0) 收藏 举报在使用Goldengate作为复制解决方案时,随着负载的增加,replicat组件常常是最先出现性能瓶颈的.为了适应不断增加的负载,就需要拆分replicat来实现并行复制,本文介绍Goldengate拆分的具体实施步骤.同时,作为拆分的逆向操作,介绍如何将拆分的多个replicat合并回一个replicat. 拆分的方式一般分为两种:一种是用gold

原文:http://www.open-open.com/code/view/1441679313430 import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.FilenameFilter; import java.io.SequenceInputStream; import

spss-数据抽取-拆分与合并 数据抽取也成为数据拆分,是指保留.抽取原数据表中某些字段.记录的部分信息,形成一个新字段.新纪录.分为:字段拆分和随机抽样两种方法. 一:字段拆分 如何提取"身份证号码"字段.身份证号码里面包含了许多信息,例如省份.城市.出生日期.性别等等.我们将它抽取出来,就可以得到相应的字段.也就可以做相应的分析了.如用户的省份分布.出生日期.性别等. 大家都知道在excel中使用字符函数(right.mid.left)就可以将这些信息提取出来.那么在spss中该如

(Sql Server)数据的拆分和合并 背景: 今天遇到了数据合并和拆分的问题,尝试了几种写法.但大致可分为两类:一.原始写法.二.Sql Server 2005之后支持的写法.第一种写法复杂而且效率低下,不推荐.所以下面具体讲一下第二种写法. 数据的拆分: 再讲拆分前,首先先介绍两个函数:cross apply和outer apply.这两个函数作用是交叉连接.这两个函数是在sql server 2005之后才有的,在2000与之相似的功能是cross join.虽然相似,但是cross j

文件过滤分割与合并 1.grep命令 grep(global regular expression print)全面搜索正则表达式并把行打印出来,是一种强大的文本搜索工具,它能使用正则表达式搜索文本,并把匹配的行打印出来. -a 不要忽略二进制数据. -A<显示列数> 除了显示符合范本样式的那一行之外,并显示该行之后的内容. -b 在显示符合范本的数据之外,并显示该行之前的内容. -c 计算符合范本样式的列数. -C<显示列数> 除了显示符合范本样式的那一列之外,并显示该列之前后的

nodejs 中使用框架 express web框架 multer 文件接受 直接贴代码了,我就不解释了 "use strict"; exports.__esModule = true; var express = require("express"); var bodyParser = require("body-parser"); var multer = require('multer'); var morgan = require(&qu

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

Latex文件如何拆分并进行独立编译? --latex源文件分批独立编译     最近使用Latex编写长文档,对于文件的组织有些困扰.   如果LaTeX文档比较大,可以考虑拆分为几个部分.比如编辑一本书的时候可以将各章独立为chap1.tex,chap2.tex,chap3.tex,然后在主文件main.tex中包含进来: \documentclass{book} \begin{document} \title{A LaTeX Book} \author{cohomo@blogbus} \d

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 当然, 假设你想在应用中, 利用代码生成, 全然能够.先导出通讯录数据, 再解析, 再生成vcf文件就可以. 參考以下代码: -(NSString*)generateVCardStringWithContacts:(CFArrayRef)contacts { NSInteger counter =