做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s

ipsw文件 提取系统文件 方法总结 由于修改运营商文件造成我的有锁4S无法使用移动卡了,在网上苦寻一番还是没有结果,最后萌生了从固件中提取文件的想法,于是便开始在网上搜集资料,最后文件终于提取成功并修复了我的问题,现在把我的经历记录一下,希望对有需要的朋友有所帮助. 注:本次提取操作全部是在ubuntu下进行的,另外附件里面有已经解密.解压过的dmg文件,可以直接在MAC或linux下挂载 1,首先到theiphonewiki网站看看你所需要的文件对应的设备及系统版本是不是已经有破译的密钥,如

 前一种方法是将manifest文件放入exe中,但是要记得需要在工程中设置 这样的话exe中就不存在manifest了,在debug目录下就会看到相应的manifest文件.后者是将exe中的manifest文件提取出来,但是exe中依然有manifest文件!

XML文件??? xml即可扩展标记语言,它可以用来标记数据.定义数据类型,是一种允许用户对自己的标记语言进行定义的源语言. 里面的标签都是可以随心所欲的按照他的命名规则来定义的,文件名为roi.xml <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <readingSession> <roi> <xCoord id="1">312</xCoord> <

最近在上生物信息学原理,打算记录一些课上的作业.第一次作业:如题. 基本思路: 1.从GFF中读取CDS的起始终止位置以及正负链信息.GFF格式见http://blog.sina.com.cn/s/blog_8a4f556e0102yd3l.html. 2.利用起始/终止位置等信息从FNA文件中提取CDS序列.FNA格式见 http://boyun.sh.cn/bio/?p=1192. 3.利用CDS序列及密码子表得到FAA文件并输出. 注意:最需要注意的一点是:当GFF中CDS位于负链时,需要

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

在讲解提取css之前,我们先看下项目的架构如下结构: ### 目录结构如下: demo1 # 工程名 | |--- dist # 打包后生成的目录文件 | |--- node_modules # 所有的依赖包 | |--- app | | |---index | | | |-- views # 存放所有vue页面文件 | | | | |-- index.vue | | | | |-- list.vue | | | |-- components # 存放vue公用的组件 | | | |-- js

摘自 Ajax获取 Json文件提取数据 1. json文件内容(item.json) [ { "name":"张国立", "sex":"男", "email":"zhangguoli@123.com", "url":"./img/1.jpg" }, { "name":"张铁林", "sex&quo

前言 标注数据导出文件是json格式的,也就是python的dict格式,需要读取标注结果,可以使用c++或者python,本文使用c++实现的. JsonCpp简介 JsonCpp是一种轻量级的数据交换格式,是个跨平台的开源库,可以从github和sourceforge上下载源码.查找资料的过程中发现另一个开源库RapidJson,有时间可以了解一下. JsonCpp使用 1.安装JsonCpp开源库: $ sudo apt-get install libjsoncpp-dev 2.根据jso

var gulp = require('gulp') var fs = require("fs") var babelify = require('babelify') var browserify = require('browserify') var rename = require('gulp-rename') var uglifyjs = require('gulp-uglifyjs') var vendors = ['react','react-dom','jquery'];

jks是JAVA的keytools证书工具支持的证书私钥格式.pfx是微软支持的私钥格式. cer是证书的公钥. 如果是你私人要备份证书的话记得一定要备份成jks或者pfx格式,否则恢复不了. 简单来说,cer就是你们家邮箱的地址,你可以把这个地址给很多人让他们往里面发信.pfx或jks就是你家邮箱的钥匙,别人有了这个就可以冒充你去你家邮箱看信,你丢了这个也没法开邮箱了 ===================== ===================== https://blog.csdn.n

已安装包校验 rpm -V 已安装的包名-V 校验指定rpm包中的文件 rpm -V pth没有任何提示,说明自安装后没有做过任何修改 rpm包中文件提取 比如对一个系统配置文件误操作,可以根据这个文件找到它所属的rpm包,然后再从rpm包中提取这个文件再覆盖被误操作文件 rpm2cpio 包全名 | cpio -idv .rpm包中文件绝对路径-i copy-in模式,还原-d 还原时自动新建目录-v 显示还原过程 rpm2cpio将rpm包转换为cpio格式的文件 cpio是一个标准工具,它

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A