vcftools提取指定位置snp

2024-11-01

如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

目录需求示例文件代码实现补充说明需求客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式如果只想提取指定位置(specifi

jmeter正则提取器提取指定位置的字符串

1.需求:提取登录后的凭证ticket供系统其他接口调用 2.登录接口返回的格式如下: { "ret_code":0, "ret_msg":"login success", "data":"http://IP:port/authredirect?ticket=eyJhbGciOiJIUzUxMiJ9.eyJzY29wZXMiOjIxNzksImlzcyI6ImZ1cWluZ0B0cmF3ZS5jbiIsImlhdCI

java 提取目录下所有子目录的文件到指定位置

package folder; import java.io.File;import java.io.FileInputStream;import java.io.FileNotFoundException;import java.io.FileOutputStream;import java.io.IOException;import java.util.HashMap;import java.util.Iterator;import java.util.Map; public class f

JS对象提取指定数目的字符substr() substr() 方法从字符串中提取从 startPos位置开始的指定数目的字符串。

提取指定数目的字符substr() substr() 方法从字符串中提取从 startPos位置开始的指定数目的字符串. 语法: stringObject.substr(startPos,length) 参数说明: 注意:如果参数startPos是负数,从字符串的尾部开始算起的位置.也就是说,-1 指字符串中最后一个字符,-2 指倒数第二个字符,以此类推. 如果startPos为负数且绝对值大于字符串长度,startPos为0. 使用 substr() 从字符串中提取一些字符,代码如下: <sc

字串符相关 split() 字串符分隔 substring() 提取字符串 substr()提取指定数目的字符 parseInt() 函数可解析一个字符串，并返回一个整数。

split() 方法将字符串分割为字符串数组,并返回此数组. stringObject.split(separator,limit) 我们将按照不同的方式来分割字符串: 使用指定符号分割字符串,代码如下: var mystr = "www.imooc.com"; document.write(mystr.split(".")+"<br>"); document.write(mystr.split(".", 2)+&

Java 替换word文档文字，指定位置插入图片

先说下需要的依赖包 <dependency> <groupId>org.apache.poi</groupId> <artifactId>poi-excelant</artifactId> <version>3.12</version> </dependency> <dependency> <groupId>org.apache.poi</groupId> <arti

vbscript input select 添加个option根据value值到指定位置--相当于排序

'添加option到指定位置(按value排序) dim valindex valindex=-1 for i=0 to selcom.length-1 if selcom.Options(i).value >selallcomoption.value then valindex=i exit for end if next dim oOption set oOption= document.CreateElement("OPTION") oOption.text = selal

横向滑动的HorizontalListView滑动指定位置的解决方法

项目中用到了自定义横向滑动的控件:HorizontalListView,点击其中一项,跳转到另外一个大图界面,大图界面也是HorizontalListView,想使用setSelection方法设定项目中用到了自定义横向滑动的控件:HorizontalListView,点击其中一项,跳转到另外一个大图界面,大图界面也是HorizontalListView,想使用setSelection方法设定到点击的位置,却发现这个开源的代码没有实现这个方法.解决方法如下: 1.HorizontalListV

shell如何在指定文件的指定位置后面添加内容

最近工作中遇到一个问题,想在某个文件的指定位置后面添加一个标志位,要求在shell脚本里实现. 问题说明: 想在sys_config.fex文本的某个字符串后面添加一个flag 例如:sys_config.fex里有这么一段 [nand_para] nand_use = 1 要求在[nand_para]后面添加一个flag = 1,最后变成(不影响其他内容): [nand_para] flag = 1 nand_use = 1 具体实现: 参考资料(http://bbs.chinaunix.ne

jQuery滚动条回到顶部或指定位置

jQuery滚动条回到顶部或指定位置在很多网站,为了增强用户体验,我们会看到回到顶部的按钮,不用手动拖拽滚动条就能回到顶部,非常方便.下面就介绍用jquery实现的滚动到顶部的代码 $(function(){ //点击id为go_top的元素时网页回到顶部 $("#go_top").click(function(){ $(’html,body’).animate({scrollTop:0},1000);//回到顶端 return false; }); }); 当然我们也可以返回某个元

使用C语言在Win控制台中实现指定位置输出

在古老的Turbo C中有个GotoXY可以让你在指定坐标中输出文字,可恨的是我看过的C语言书籍,有一半都是关于它的.我现在用着Windows系统,不可能还让我去写着DOS程序啊,起码也得从Win控制台程序开始啊.于是搜罗N多资料,终于找到一个Windows控制台程序API可以实现跳转到指定位置中进行输出. #include <stdio.h> #include <Windows.h> #include <conio.h> #include <stdlib.h&g

python删除指定位置 2个元素

# -*- coding: utf-8 -*-__author__ = 'Administrator'import bisect#排序说明:http://en.wikipedia.org/wiki/insertion_sort#简化一些操作#1:删减外部调用,降低工作负载"""说明:程序复杂度的另一部分是调用其他函数,方法和类所引入的,一般来说,应该尽量将代码放在循环之外,对于嵌套的循环这点更加重要,不要在一个循环中反复计算可以在循环开始之前计算数值,内循环应该保持简洁.&q

C# 将窗口移动到指定位置

private void button1_Click(object sender, EventArgs e) { Frm f = new Frm(); f.StartPosition = FormStartPosition.Manual;//窗体的位置由 System.Windows.Forms.Control.Location 属性确定 f.Location = new Point(200,200); //开启时的左上角坐标 f.ShowDialog(); } private void but

ListVeiw新增记录及滚动条移动到指定位置

C# 自带的ListView控件的滚动条移动到指定位置. lvwList为ListView控件 lvwList.EnsureVisible(lvwList.Items.Count - 1); 新增记录 lvwList.Items.Add(new ListViewItem(new string[] {"1","2" }));

自定义ScrollViewer的Touch事件--触摸上下移动ScrollViewer滚动到指定位置

double mPointY;//触摸点的Y坐标 double mOffsetY;//滚动条当前位置 bool mIsTouch = false;//是否触摸 //触摸事件 private void mScrollViewer_TouchDown(object sender, TouchEventArgs e) { mIsTouch = true;//正在触摸 mOffsetY = this.mScrollViewer.VerticalOffset;//获取ScrollViewer滚动条当前位置

NSSCanner 提取指定字符串

/** * 从msg中提取指定的内容 * * @param msg 字符串集合 * * @return 从msg中提取指定的内容 */ -(NSString*)extractBodyFromMessage:(NSString* )msg{ NSString* body=msg; NSString* keyString=@"[来自网易邮箱的超大附件]"; NSScanner*scanner=[NSScanner scannerWithString:body]; [scanner s

转：JS在文本域鼠标指定位置插入文本-柯乐义

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" > <head> <meta http-equiv="Content

html锚点点击跳转到页面指定位置

本来是在看阮大神写的ajax教程,突然发现点击目录文字会跳转到相对应的文本内容,于是乎激发了我的兴趣. 这个究竟怎么做的,刚开始看的时候一知半解,找度娘就是:"点击跳转到页面指定位置",找了下,原来专业术语叫:锚点. 度娘真是个博大精深的地方,有着多种的方法可以使用. 最简单的一种: 设置a标签的锚点就行啦,但是有个确定链接会更改,不利于刷新 <div class="skip" id="skip"> <h2>目录</

正确截取List指定位置的内容

正确截取List指定位置的内容 import java.util.ArrayList; import java.util.List; public class ListUtils { public static <T> List<T> getSubList(List<T> list, int fromIndex, int toIndex) { //list.stream().limit(toIndex); if (toIndex > list.size()) {

coolite 获取新的页面链接到当前页面指定位置Panel的运用

如下图所示,点击温州市文成县之前,右边是一片空白,点击后生成新的页面 html运用到了coolite的Panel控件 <Center> <ext:Panel ID="PanelMain" runat="server" AutoWidth="true" AutoScroll="false" Cls="width_p_100" BodyStyle="border-left:1 sol

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