:或者1、简单介绍

固定指数(FST)是一种由遗传结构决定的种群分化指标。它通常是由遗传多态性数据,如单核苷酸多态性(SNP)或微卫星估计。作为莱特f统计的一个特例,它是种群遗传学中最常用的统计方法之一。

2、Definition

两个最常用的FST定义是基于群体间等位基因频率的方差,以及由血统决定身份的概率。

或者

p ¯ {\displaystyle {\bar {p}}} is the average frequency of an allele in the total population

p ¯ {\displaystyle {\bar {p}}} is the average frequency of an allele in the total population

-p或者Π: is the average frequency of an allele in the total population

或者:variance in allele frequency among  populations(the variance in the frequency of the allele between different subpopulations, weighted by the sizes of the subpopulations)

或者Π(1-Π):the variance of the allelic state in the total population,

这种群体内部和群体之间遗传变异的比较常用于应用群体遗传学。取值范围从0到1。零值意味着完全的随机交配;也就是说,这两个种群可以自由交配。1的值意味着所有的遗传变异都由种群结构来解释,两个种群不具有任何遗传多样性。

p ¯ {\displaystyle {\bar {p}}} is the average frequency of an allele in the total population p ¯ {\displaystyle {\bar {p}}} is the average frequency of an allele in the total population

Fixation index的更多相关文章

  1. 使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数(Fixation index,FST)

    下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1.通过vcftools计算FST 命令行如下: ./vcftools --vcf input_data.vcf --weir-fst-pop populatio ...

  2. Fst指数说明

    群体遗传学--Fst指数,即群体间分化指数,用于群体间分化分析. 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种,最常用的就是Fst指数.Fst指数,由F统计量演变而来.F统计量(FIS,FIT,FST ...

  3. Pooled genome sequence strategies |representative genome assembly approaches|Domestication|GERP|selective sweep|Hybridization|Introgression|iHS|SNP genotyping arrays|haplotype

    Design based on biology 通过比较基因组学的方法,将脊椎动物基因组的数据,解决生物学各方面问题.新的调控注释(在脊椎动物的进化过程中的出现的)可以丰富物种树(比如不同功能蛋白质进 ...

  4. 【转】Fst指数

    [转]Fst指数 转载自 http://blog.csdn.net/zhu_si_tao/article/details/71513099 与 http://blog.sina.com.cn/s/bl ...

  5. 漏洞:会话固定攻击(session fixation attack)

    什么是会话固定攻击? 会话固定攻击(session fixation attack)是利用应用系统在服务器的会话ID固定不变机制,借助他人用相同的会话ID获取认证和授权,然后利用该会话ID劫持他人的会 ...

  6. MySQL 优化之 ICP (index condition pushdown:索引条件下推)

    ICP技术是在MySQL5.6中引入的一种索引优化技术.它能减少在使用 二级索引 过滤where条件时的回表次数 和 减少MySQL server层和引擎层的交互次数.在索引组织表中,使用二级索引进行 ...

  7. 在v-for中利用index来对第一项添加class(vue2.0)

    <li v-for="(el,index) in event" v-bind:class="{ 'm-swipe-active': !index}"> ...

  8. Ubuntu-server 下Apache2 配置.htaccess 隐藏thinkPHP项目index.php

    需要开启Apache2的rewrite模块 1.打开/etc/apache2/apache2.conf 将文件中的AllowOverride None改为AllowOverride All 2.修改m ...

  9. SQL Server-聚焦强制索引查询条件和Columnstore Index(九)

    前言 本节我们再来穿插讲讲索引知识,后续再讲数据类型中的日期类型,简短的内容,深入的理解,Always to review the basics. 强制索引查询条件 前面我们也讲了一点强制索引查询的知 ...

随机推荐

  1. <创新思维与实践>总结梳理

    2017年12月3-4号 培训了两天的创新思维与实践,有时间要补充总结一下. ---todo

  2. 20165205 预习作业三 Linux安装及学习

    Linux安装及学习 安装Ubuntu 1)安装版本 在安装VirtualBox时选择了VirtualBox 5.2.6 platform package 安装Ubuntu时选择了Ubuntu 16. ...

  3. [Unity插件]Lua行为树(七):行为树嵌套

    在上一篇的基础上,可以测试下行为树的嵌套,所谓的行为树嵌套,就是在一棵行为树下的某一个分支,接入另一棵行为树. 以下面这棵行为树为例: TestBehaviorTree2.lua TestBehavi ...

  4. 500 OOPS: could not read chroot() list file:/etc/vsftpd/chroot_list

    出错原因:用户没有变更根目录的权限. ftp用户默认的根目录是/home/ftp,如果要切换登陆目录,需要给予权限 解决方法: 第一步, 打开/etc/vsftpd/vsftpd.conf,做如下配置 ...

  5. 练手mysqlbinlog日志恢复数据(centos6.5 64,mysql5.1)

    练手mysql bin log日志相关 系统是centos 6.5 64 阿里云的服务器 mysql版本5.1 1 如何开启bin-log日志? vi /etc/my.cnf [mysqld] log ...

  6. es 测试代码

    测试代码 PUT test/doc/1 { "num": 1.0 } PUT test/doc/2 { "num": 2.0 } POST _scripts/j ...

  7. jar 问题 : java.io.IOException: invalid header field

    通过本文, 我们明白了什么是 jar的清单文件 MANIFEST.MF, 简单示例: E:\ws\Test\WEB-INF\classes>jar cvfm testCL.jar ListTes ...

  8. 关于 HTTP

    HTTP是一种能够获取如 HTML 这样的网络资源的 protocol(通讯协议).它是在 Web 上进行数据交换的基础,是一种 client-server 协议,也就是说,请求通常是由像浏览器这样的 ...

  9. scrapy之parallel

    Limiting Parallelism jcalderone May 22nd, 2006 This blog has moved! Read this post and its comments ...

  10. 企业微信二次开发之-如何获取secret序列号

    第一步:登录JEEWX后台,配置微信企业号账号信息(企业号.企业号应用) [1].配置企业微信信息 参数对应位置参考如下: [2].配置应用信息 必须四字段: 第二步: 登录企业微信后台,配置企业号应 ...