iTOL进化树调图细节记录

目录

• 1. 注册
• 2. 去枝长
• 3. 加图例
• 4. 无根树颜色
• 5. 导出图片

iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。

1. 注册

不注册也可用，但注册登录可保存树在itol网站上。

2. 去枝长

进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的，也可以理解，样本太多，展示不好看。

处理前：

处理后：

3. 加图例

对进化树添加分类后的注释，图片的图例是需要自己设置的。不然就只能导出，用其他软件添加，或用文字说明。

比如这里我注释三圈，最内圈用range，外两圈用strip（不懂的看之前文章或看itol示例注释）。两部分设置有点不同。

range的注释图例可点开legend即可。可以用鼠标自由移动图例的相对距离。

strip的注释图例，需要自定义，如果有多重注释，注意看选择的是哪个数据集就对该数据集进行设置。最后同样的，图例位置可自由移动。

4. 无根树颜色

材料过多时，我们常用无根树来展示，这时一般展示枝长。很简单，去标签，注释上色即可。

直接拖拽注释文件上色。

但是由于树枝太多密集，颜色显示不是很明显。需要做一点调整：将线型调小一点。

此外，还可以尝试做一些高级调整，如去掉标尺、旋转图片角度等。

但因为无根树去掉了标签（样本名称），所以没有range注释，只有strip类型，需要手动设置图例（见上）。或者不用图例，直接在图片备注中说明即可。

5. 导出图片

当你要导出pdf、png等有长宽位置信息类型图片时，最好选择Full image，它会自动设置配置合适你的图片大小。如果用screen，那么在网页上是什么样，导出就是什么样，你不好把握尺寸。

另外，如果是png，分辨率也有必要设置一下，尽量大点。