使用 awk

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta

fastq 转换为 fasta的更多相关文章

  1. C语言 fastq文件转换为fasta文件2

    修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #in ...

  2. C语言 fastq文件转换为fasta文件

    目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> ...

  3. FASTQ format

    FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: ...

  4. shell关于文件操作

    一.如何将一个十进制的整数用2进制表示出来? echo "obase=2;50" | bc 二.Linux下经常需要删除空白行,grep,sed,awk,tr等工具均可实现 gre ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  7. FASTQ格式

    FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sange ...

  8. fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

    格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...

  9. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

随机推荐

  1. streamController

  2. vue侦听器 基础4

    侦听器 使用方式:设置需要侦听的data里的属性名就可以了 new Vue({ el:"#app", data:{ count:0 }, watchers:{ count(){ / ...

  3. 【TTS】传输表空间AIX asm -> linux asm

    [TTS]传输表空间AIX asm -> linux asm 一.1  BLOG文档结构图       一.2  前言部分   一.2.1  导读和注意事项 各位技术爱好者,看完本文后,你可以掌 ...

  4. Apache 正向代理与反向代理配置

    Apache提供了 mod_proxy 模块用于提供代理服务,能够支持的包括正向代理.反向代理.透明代理.缓存.负载均衡,HTTP代理.FTP代理.SSL代理等若干强大的功能. 配置代理方法很简单那, ...

  5. Shell脚本编程30分钟入门(小结)(转)

    原文链接https://www.jb51.net/article/161028.htm 什么是Shell脚本 Shell脚本(英语:Shell script),又称Shell命令稿.程序化脚本,是一种 ...

  6. docker里运行cron的要点笔记

    1.如果用精简的apline或debian:stretch-slim创建的docker,里面可能没有cron模块,需要独立安装 apt-get install -y cron 2.docker里面cr ...

  7. Python入门篇-内建函数

    Python入门篇-内建函数 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.常见的内建函数案例  1>.标识id 返回对象的唯一标识,CPython返回内存地址. #!/ ...

  8. svn checkout不带根文件夹方法

    checkout url/ .url后边加一个空格一个点(英文句号) svn checkout svn://10.177.261.128/mall/ .

  9. jquery对象转成dom对象

     jQuery库本质上还是JavaScript代码,它只是对JavaScript语言进行包装处理,为的是提供更好更方便快捷的DOM处理与开发中经常使用的功能.我们使用jQuery的同时也能混合Java ...

  10. Parity game(带权并查集+离散化)

    题目链接  //kuangbin 题意: 现在你和你的朋友正在玩一种游戏. 你的朋友写下一串0和1的序列,然后你选择其中一串子序列(如[3,5])并且问他这个序列是包含奇数个1还是偶数个1(和是奇数还 ...