问题：有两个平行测序样本，分别得到1.vcf和2.vcf两个文件，想知道这两个文件有多少个重合点。

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1

chr1	10	10

chr1	11	11

chr1	12	12

[wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2

chr1	10	10

[wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2

chr1	10	10

chr1	11	11

　　从上面两个例子可以得出，bedtools的bed文件的start和end至少会有1 base距离，没有的话，它会自动添加。

换一种解决方法：R的merge函数。

使用bedtools的一个问题的更多相关文章

  1. 关于bedtools merge 功能中sort 命令的解释

    Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的 ...

  2. RNA-seq分析htseq-count的使用

    HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python fra ...

  3. 为什么很多人坚信“富贵险中求”？

    之家哥 2017-11-15 09:12:31 微信QQ微博 下载APP 摘要 网贷之家小编根据舆情频道的相关数据,精心整理的关于<为什么很多人坚信"富贵险中求"?>的 ...

  4. python基础全部知识点整理,超级全(20万字+)

    目录 Python编程语言简介 https://www.cnblogs.com/hany-postq473111315/p/12256134.html Python环境搭建及中文编码 https:// ...

  5. bedtools神器 | gtf转bed | bed文件运算

    我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全 ...

  6. bedtools简介及应用

    1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据 ...

  7. bedtools 用法大全

    原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个 ...

  8. Bedtools如何比较两个参考基因组注释版本的基因？

    目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个 ...

  9. Tomcat一个BUG造成CLOSE_WAIT

    之前应该提过,我们线上架构整体重新架设了,应用层面使用的是Spring Boot,前段日子因为一些第三方的原因,略有些匆忙的提前开始线上的内测了.然后运维发现了个问题,服务器的HTTPS端口有大量的C ...

随机推荐

  1. centos5/6/7下yum安装zabbix-agent(被控端)

    由于之前安装都是拷贝同事的zabbix_agent.tar.gz包,可是我在网上找了一大圈都没有找到这个tar包是从哪里来的,毕竟新手,太笨...so最后自己排错,找到了比较便捷的方式,直接通过yum ...

  2. Python运行机制（转）

    From:https://blog.csdn.net/jeff_liu_sky_/article/details/52097060 https://stackoverflow.com/question ...

  3. Android APK反编译就这么简单 具体解释

    在学习Android开发的过程你.你往往会去借鉴别人的应用是怎么开发的,那些美丽的动画和精致的布局可能会让你爱不释手,作为一个开发人员.你可能会非常想知道这些效果界面是怎么去实现的,这时,你便能够对改 ...

  4. ios UICollectionView reloadData无法更新的奇怪问题。

    报错    Assertion failure in -[UICollectionViewData invalidateItemsAtIndexPaths:] 近来偶尔用到UICollectionVi ...

  5. STL常用的容器

    vector:相当于一个不定长数组. vector的扩充机制是按照现在容量的一倍进行增长,每次增长是重新申请一块更大的心内存,并把现在容器中的元素逐个复制过去,然后销毁旧的内攒 1.头文件: #inc ...

  6. 1254 Problem V

    问题 V: 光棍的yy 时间限制: 1 Sec  内存限制: 128 MB 提交: 42  解决: 22 [提交][状态][讨论版] 题目描述 yy经常遇见一个奇怪的事情,每当他看时间的时候总会看见1 ...

  7. python time与datetime.date/datetime模块

    https://docs.python.org/3/library/datetime.html 1.用于日期比较大小的方法 方法名 方法说明 用法 __eq__(…) 等于(x==y) x.__eq_ ...

  8. linux压缩、解压缩命令

    tar -c: 建立压缩档案 -x:解压 -t:查看内容 -r:向压缩归档文件末尾追加文件 -u:更新原压缩包中的文件 这五个是独立的命令,压缩解压都要用到其中一个,可以和别的命令连用但只能用其中一个 ...

  9. 在前端眼中pc端和移动的开发区别

    按照昨天所说,本包子今天将总结在前端开发中,pc端和移动端的区别,整理完这些区别,本包子将开始整理pc端的布局,会写实际的代码了,还是那句话,希望文章中有什么不足的地方,大家能多多指正,大家一起进步, ...

  10. JLable设置背景颜色

    jlabel默认是透明的,所以默认情况下对其设置背景色是不管用的. 但是这样就可以更改其背景颜色: jlabel.setOpaque(true); jlabel.setbackground(color ...