LInux 些许知识

1、Linux下去掉^M的方法

　　①dos2unix filename

　　②sed -i 's/^M//g' filename

　　#注意：^M的输入方式是 Ctrl + v ，然后Ctrl + M

2、sort

功能说明：将文本文件内容进行排序

语 法：sort [-nkr]<filename>

参 数：-n/-g 将文件按数值大小从小到大排序（默认按ascii码从小到大排序）

-k <num> 按第num列内容对文件排序（默认按第一列）

-r 反向排序

Example ：sort file 对file文件按第一列内容ascii码值从小到大排序并输出。

sort -n -k 3 file 对file文件按第3列内容数值大小从小到大排序。

sort -nr -k1,2 file 对file文件按数值大小反向排序，优先考虑第一列，再考虑第二列

3、uniq

功能说明：合并文件中相邻的相同的行

语 法：uniq [-cd] <file> [outfile]

参 数：-c 在每行第一列显示该行重复次数

-d 仅显示有重复的行

Example ：uniq -c file 合并相同的行，并统计每行重复次数，输出到屏幕

uniq -d file outfile 合并相同的行，并显示file中有重复出现的行，输出到outfile文件中

4、awk

功能说明：对特定的行中特定的列进行操作

语 法：awk [-F] ‘(condition){operate}’ <filename>

参 数：-F 指定列的分割符，可以使任意字符，默认按空白分割

Example ：awk -F “:” ‘{print $1}’ 按“：”来分割并打印出第一列

awk '/^S/{print ">""\n"}' ONTmin.gfa | fold > ONTmin_IT0.fasta   ###. ^S 以S开头的那行

　　fold可以限制文件列宽

awk -F "\t" '{if($12 == 60){print $0}}' file.  输出12列等于60的所有行，¥0代表整行

awk ‘($1 > 100){print $0}’ 对第一列大于100的行整行输出

awk ‘($1 > 100){print $1”\t”$2}’ 对第一列大于100的行输出第一列和第二列的结果并以“\t”分割。

awk ‘($3~/world/){ x+= $1}END{print x}’ 对第三列匹配“world”的行的第一列求和，全部处理完之后输

出结果x的值

5、sed

功能说明：文本处理并可对文件进行编辑

语 法：sed [-i] '{command}' <filename>

参 数：-i 直接在原文件中修改（默认修改后屏幕输出，原文件不变）

Example ：sed -i ‘s/test/new_word/’ file 将file文件中的test字符替换为new_word

sed -i ‘/pattern/ s/ test/new_word/’ file 将file文件中匹配pattern字串的行进行替换操作

sed -i ‘/^$/ d’ file 将文件file中的空白行删除（d）

sed -i 1d file 删除file中第一行