genome repeat sequence | 基因组重复序列
基因组里的小写字母的序列就是soft masking,也就是被标记的重复序列。
怎么把重复序列提取出来,保存为bed文件?
参考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome
genome repeat sequence | 基因组重复序列的更多相关文章
- 全基因组测序 Whole Genome Sequencing
全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...
- 使用BRAKER2进行基因组注释
来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...
- CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|
生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因 ...
- RepeatModeler安装及使用
如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)Repe ...
- blast 数据库说明
Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...
- metagenome 简介
宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, ...
- 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)
想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...
- RFC 2327--SDP
Network Working Group M. Handley Request for Comments: 2327 V. Jacobson Category: Standards Track IS ...
- 排列组合相关算法 python
获取指定长度得全部序列 通过事件来表述这个序列,即n重伯努利实验(二项分布)的全部可能结果.比如时间a表示为: a = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 假设每次实验为从 ...
随机推荐
- 1. 元信息:Meta类 2. 基于对象查询的sql优化 3. 自定义:Group_Concat() 4. ajax前后台交互
一.元信息 ''' 1. 元信息 1. Model类可以通过元信息类设置索引和排序信息 2. 元信息是在Model类中定义一个Meta子类 class Meta: # 自定义表名 db_table = ...
- JavaScript事件监听以及addEventListener参数分析
事件监听 在Javascript中事件的监听是用来对某些操作做出反应的方法.例如监听一个按钮的pressdown, 或者获取鼠标左键按下时候鼠标的位置.这些都需要使用监听来完成.监听的函数很简单:ad ...
- Cannot add foreign key constraint @ManyToMany @OneToMany
最近在使用shiro做权限管理模块时,使用的时user(用户)-role(角色)-resource(资源)模式,其中user-role 是多对多,role-resource 也是多对多.但是在使用sp ...
- 关于linux下自定义的 alias文件和自定义函数库的通用写法(只适合自己的)
使用alias和自定义的function的必要性和重要性就不说了 , 自己的通用做法是: 可以创建: ~/bin/my.alias 文件 作为自定义的 alias专门文件 创建: ~/libsh/my ...
- dp专题练习
顺便开另外一篇放一些学过的各种dp dp总结:https://www.cnblogs.com/henry-1202/p/9194066.html 开坑先放15道题,后面慢慢补 目标50道题啦~~,目前 ...
- sql 指定数据库中的信息操作
查是否有该表名 SELECT * FROM sys.objects WHERE name='表名'查表字段的信息select * from syscolumns where id=Object_Id( ...
- Winform异步解决窗体耗时操作(Action专门用于无返回值,Func专门用于有返回值)
http://blog.csdn.net/config_man/article/details/25578767 #region 调用timer控件实时查询开关机时间 private void tim ...
- HDU 1465 不容易系列之一
扯淡 貌似有傻逼的做法XD 话说我没开long long,忘读入n,忘了清零ans WA了三遍是什么操作啊 傻了傻了 思路 显然是一个错排问题啊XD 但是我们不套公式,我们用一发二项式反演 二项式反演 ...
- 搭建git 服务器
Gogs 什么是 Gogs? Gogs 是一款极易搭建的自助 Git 服务. https://gogs.io/docs
- Even Odds (java)
从1到n的奇数,从1到n之间的偶数,排列在一起,找到第k个数 Input 输入包含 n and k (1 ≤ k ≤ n ≤ 1012). Please, do not use the %lld sp ...