基因组里的小写字母的序列就是soft masking，也就是被标记的重复序列。

怎么把重复序列提取出来，保存为bed文件？

参考：Uppercase vs lowercase letters in reference genome

genome repeat sequence | 基因组重复序列的更多相关文章

  1. 全基因组测序 Whole Genome Sequencing

    全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...

  2. 使用BRAKER2进行基因组注释

    来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转 ...

  3. CRISPR/Cas9|InParanoid|orthoMCL|PanOCT|pan genome|meta genome|Core gene|CVTree3|

    生命组学: 泛基因组学:用于描述一个物种基因组,据细菌基因组动力学,因为细菌的基因漂移使得各个细菌之间的基因组差异很大,(单个细菌之间的基因组差异是以基因为单位的gain&loss,而人类基因 ...

  4. RepeatModeler安装及使用

    如果进行重复序列的预测,则使用RepeatModeler,可自身比对进行查找 安装 (1)下载地址:http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/ (2)Repe ...

  5. blast 数据库说明

    Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + ...

  6. metagenome 简介

    宏基因组 ( Metagenome)(也称微生物环境基因组 Microbial Environmental Genome, 或元基因组) .是由 Handelsman 等 1998 年提出的新名词, ...

  7. 生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  8. RFC 2327--SDP

    Network Working Group M. Handley Request for Comments: 2327 V. Jacobson Category: Standards Track IS ...

  9. 排列组合相关算法 python

    获取指定长度得全部序列 通过事件来表述这个序列,即n重伯努利实验(二项分布)的全部可能结果.比如时间a表示为: a = [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9], 假设每次实验为从 ...

随机推荐

  1. windows安装 php-redis redis 扩展

    1.查看phpinfo(),确定要下载的扩展版本,扩展的下载地址在:https://pecl.php.net/package/redis 上图对应是是以下版本 2.把下载包里的文件放到php的ext文 ...

  2. topcoder srm 684 div1

    problem1 link 首先由$P$中任意两元素的绝对值得到集合$Q$.然后枚举$Q$中的每个元素作为集合$D$中的最大值$Max$,这样就能确定最后集合$D$中的最小值要大于等于$Min=\fr ...

  3. Entity Framework Core

    Entity Framework是一种支持 .NET 开发人员使用 .NET 对象处理数据库的对象关系映射程序 (O/RM). 它不要求提供开发人员通常需要编写的大部分数据访问代码. Entity F ...

  4. Dispose in c#

    在标准的Dispose模式中,真正的IDisposable接口的Dispose方法并没有做实际的清理工作,它其实是调用了下面的这个带bool参数且受保护的的虚方法: protected virtual ...

  5. ESP8266 使用

    ESP8266 微机使用串口和ESP8266建立通信,ESP8266把消息通过wifi发送出去 助手软件 网络调试助手 串口调试助手 AT指令 指令 作用 AT 测试是否进入AT模式 AT+RST 重 ...

  6. Ubuntu16.04更新记

    大概一周前因为不可抗因素,我再次安装了Ubuntu16.04LTS 对于之前发誓不想再用Ubuntu的我,我只想说一句:真香 写一点我现在Ubuntu的配置,方面自己以后查看,也方便如果有相同需求的人 ...

  7. 【Python】【有趣的模块】【Requests】session & cookie

    保存http请求的状态(请求的上下文) [区别&联系] 1. cookie保存在客户端的浏览器,比如标识是哪个请求者.购物车应用等 session保存在服务端,http连接时无则创建,有则用现 ...

  8. WebStorm破解方法

    http://www.jianshu.com/p/85266fa16639 http://idea.lanyus.com/ webstorm 入门指南 破解方法 1. 下载的WebStorm http ...

  9. Python3入门 Python3+Selenium做UI页面测试的学习

    https://ke.qq.com/course/310732 一直计划着系统地看看Python3,这两天不用加班了,在网上下了些资源,自己演练一番. Python3标识符保留字,直接命令行中可以查看 ...

  10. 3.2 git命令大全

    1. 常用命令 -- 查看 git remote:要查看当前配置有哪些远程仓库; git remote -v: -v 参数,你还可以看到每个别名的实际链接地址; git branch -a :查看远程 ...