基因id转换

1. DAVID网站提供了id转换的功能

   • 1 选择上传gene list文件
   • 2 选择上传ID的类型，我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID，所以这里选ENSEMBL_GENE_ID
   • 3 这个是类型，因为只做ID转换，所以选Gene List就ok了
   • 4 选择你要转换的ID类型，这里我选的ENTREZ_GENE_ID
   • 5 然后选择提交就ok了
     

2. bioDBnet

   • 1 输入文件ID类型
   • 2 输出ID类型，这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID
   • 3 输入ID列表，点击确定。测试的时候发现输出的结果不会超过5000个ID，如果需要转换的id比较多可以考虑分割文件再转换

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3.ENSEMBL biomart
ensembl的官方网站提供的工具，ID转换比较齐全，而且除了转换ID之外，还有其他有意思的功能（留给你们自己去挖掘了），缺点就是不能做大量的ID转化，不过2000应该能行吧。

• 1 选择数据库：Ensembl Gene 86，Homo sapiens就ok
• 2,3 过滤，主要是输入要转换的ID，选择Ensembl Gene ID，将ID-list.txt导进去，如果想获取这个物种所有的对应关系，那么久什么都不用选；
• 4 attribute，主要是选择输出的内容，这里作为ID转换，输出就是Ensembl Gene ID和ENTREZ GENE ID就行。
• 5 设置完了以后最后点击results就会返回结果了。

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4 从NCBI下载Gene ID 对应Ensemble ID的文件，写脚本进行转换ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/

Ensembl的Gene ID想要得到它的GENE Symbol的时候，一转换之后就有些对应不上了，有的Ensembl Gene ID对应不上Gene Symbol了，其实这是正常的，因为Ensembl属于EMBL-EBI，也就是欧洲生物信息学中心，NCBI属于美国生物信息学中心，他们对于基因组注释肯定是不同的，但是比较公认的一个观点是Ensembl Gene ID的注释更加详细，所以会出现一个Ensembl Gene ID对应几个Entrez Gene ID（Gene Symbol），或者一个Entrez Gene ID对应几个Ensembl Gene ID也是可能的，而我在对测序数据进行注释的时候几乎都是选用Ensembl提供的参考序列以及注释文件，一般不用NCBI的。
参考博客：http://blog.163.com/bioinfo_wen/blog/static/234301034201610510153827/