interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测

interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释;而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对

大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的。

interpro 数据库每两个月更新一次

interpro 的成员数据库包括:

CATH-Gene3D

CDD

MobiDB:

HAMAP:

PANTHER:

PIRSF:

PRINTS:

ProDom:

PROSITE:

SFLD:

SMART:

SUPERFAMILY:

TIGRFAMS:

Pfam

:

interpro 数据库的更多相关文章

  1. interproscan 软件对序列进行GO 注释

    interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯 ...

  2. JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

    http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

    1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABA ...

  5. GreenDao 数据库:使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

    一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public sta ...

  6. ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章:利用模型类创建视图、控制器和数据库

    在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类 ...

  7. Java MyBatis 插入数据库返回主键

    最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User ...

  8. 在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

    在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型: ...

  9. 分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间)

    分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tab ...

随机推荐

  1. CISCO、H3C、华为三层交换机端口二三层切换命令对比

    很多人都在问H3C是否有像CISCO三层端口切换类似的命令 switchport . 答案是肯定的.有.很多人都不知道. 其实无论是思科还是H3C还是华为他们都有这样的命令.但是在H3C和华为中不经常 ...

  2. MATLAB左除和右除

    矩阵的除法包括左除(A\B).右除(A/B)和点除(A./B)三种. 一般情况下,x = A\b是方程组A*x = b的解, 而x = b/A是方程组x*A = b的解, x = A./B表示同型矩阵 ...

  3. decode和encode

    作者:于洋链接:https://www.zhihu.com/question/23374078/answer/69732605来源:知乎著作权归作者所有.商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出 ...

  4. poj2965(位运算压缩+bfs+记忆路径)

    题意:有个4*4的开关,里面有着16个小开关 -+-- ---- ---- '+'表示开关是关着的,'-'表示开关是开着的,只有所有的开关全被打开,总开关才会被打开.现在有一种操作,只要改变某个开关, ...

  5. ARKit从入门到精通(2)-ARKit工作原理及流程介绍

    转载:http://blog.csdn.net/u013263917/article/details/73038519 1.1-写在前面的话 1.2-ARKit与SceneKit的关系 1.3-ARK ...

  6. iOSUITableView头部带有图片并且下拉图片放大效果

    最近感觉UITableview头部带有图片,并且下拉时图片放大这种效果非常炫酷,所以动手实现了一下,效果如下图: 1.gif 实现原理很简单,就是在UITableview上边添加一个图片子视图,在ta ...

  7. Android基础——Fragment控制切换多个页面

    今天接着上一篇文章,讲解一下Fragment的控制,主要是切换View和页面替换等操作.还有就是如何获取Fragment的管理对象,以及与Activity的通信方式. (PS:新建的QQ群,有兴趣可以 ...

  8. Linxu

    http://www.92csz.com/study/linux/ MySql 乱码  修改 /etc/my.cnf文件 character-set-server=utf8 , 表名不区分大小写:lo ...

  9. JS压缩工具配置

    1.打开文件夹 修改yui.reg 里面修改为自己的目录. 2.yuicompressor.bat  修改SET YUIFOLDER=E:\JS常用工具\JS_compres\build 为自己的目录

  10. NLP-训练个model出来写诗

    2018年新年,腾讯整出来个ai春联很吸引眼球,刚好有个需求让我看下能不能训出来个model来写出诗经一样的文风,求助了下小伙伴,直接丢过来2个github,原话是: 查了一下诗经一共38000个字, ...