interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测

interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释;而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对

大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的。

interpro 数据库每两个月更新一次

interpro 的成员数据库包括:

CATH-Gene3D

CDD

MobiDB:

HAMAP:

PANTHER:

PIRSF:

PRINTS:

ProDom:

PROSITE:

SFLD:

SMART:

SUPERFAMILY:

TIGRFAMS:

Pfam

:

interpro 数据库的更多相关文章

  1. interproscan 软件对序列进行GO 注释

    interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯 ...

  2. JSP应用开发 -------- 电纸书(未完待续)

    http://www.educity.cn/jiaocheng/j9415.html JSP程序员常用的技术   第1章 JSP及其相关技术导航 [本章专家知识导学] JSP是一种编程语言,也是一种动 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. nodejs进阶(6)—连接MySQL数据库

    1. 建库连库 连接MySQL数据库需要安装支持 npm install mysql 我们需要提前安装按mysql sever端 建一个数据库mydb1 mysql> CREATE DATABA ...

  5. GreenDao 数据库:使用Raw文件夹下的数据库文件以及数据库升级

    一.使用Raw文件夹下的数据库文件 在使用GreenDao框架时,数据库和数据表都是根据生成的框架代码来自动创建的,从生成的DaoMaster中的OpenHelper类可以看出: public sta ...

  6. ASP.NET MVC with Entity Framework and CSS一书翻译系列文章之第二章:利用模型类创建视图、控制器和数据库

    在这一章中,我们将直接进入项目,并且为产品和分类添加一些基本的模型类.我们将在Entity Framework的代码优先模式下,利用这些模型类创建一个数据库.我们还将学习如何在代码中创建数据库上下文类 ...

  7. Java MyBatis 插入数据库返回主键

    最近在搞一个电商系统中由于业务需求,需要在插入一条产品信息后返回产品Id,刚开始遇到一些坑,这里做下笔记,以防今后忘记. 类似下面这段代码一样获取插入后的主键 User user = new User ...

  8. 在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值

    在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型: ...

  9. 分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间)

    分享一个SQLSERVER脚本(计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间) 很多时候我们都需要计算数据库中各个表的数据量和每行记录所占用空间 这里共享一个脚本 CREATE TABLE #tab ...

随机推荐

  1. export default与export的区别

    1.export default 和export都可以用于导出常量,函数,文件,模块等: 2.可以在模块中通过import+(常量 | 函数 | 文件 | 模块)名的方式,将其导入,以便能够对其进行使 ...

  2. Linux环境变量相关总结

    Linux下环境变量分为全局和局部变量两种. Linux 下通常提供三种工具可以可以查看环境变量:printenv.env.set.前两个可以查看全局环境变量,最后一个会打印包含全局和局部环境变量. ...

  3. LeetCode: Jump Game Total 解题报告

    Jump GameGiven an array of non-negative integers, you are initially positioned at the first index of ...

  4. java 多线程 33: 多线程组件之 Callable、Future和FutureTask

    Callable Callable和rRunnable差不多,两者都是为那些其实例可能被另一个线程执行的类而设计的,最主要的差别在于Runnable不会返回线程运算结果,Callable可以(假如线程 ...

  5. iOS高德地图使用-搜索,路径规划

    项目中想加入地图功能,使用高德地图第三方,想要实现确定一个位置,搜索路线并且显示的方法.耗了一番功夫,总算实现了. 效果 WeChat_1462507820.jpeg 一.配置工作 1.申请key 访 ...

  6. xss绕过htmlspecialchars实体编码的姿势

    倘若是在script.input标签当中,即可突破.Payload ' oninput=alert`1` //      当要在input中输入内容时触发事件' oninput=alert`1` ' ...

  7. PHP输入流php://input与$_POST、$_GET

    Content-Type的取值会影响php的输入流 学习笔记 1,Content-Type仅在取值为application/x-www-data-urlencoded和multipart/form-d ...

  8. win10无法访问局域网共享文件?解决如此简单。。。。。

    1 笔记本系统win10 X64企业版,其中一文件夹已设置为“共享”.本地帐号登录系统. 2 平板电脑系统win8.1 X64专业版,可以顺畅的访问笔记本的共享文件.微软帐号登录系统. 3 平板电脑系 ...

  9. hbase源码系列(一)Balancer 负载均衡

    看源码很久了,终于开始动手写博客了,为什么是先写负载均衡呢,因为一个室友入职新公司了,然后他们遇到这方面的问题,某些机器的硬盘使用明显比别的机器要多,每次用hadoop做完负载均衡,很快又变回来了. ...

  10. solr报错 ERROR SolrDispatchFilter null:ClientAbortException: java.net.SocketException: Broken pipe 原因是nginx截断了请求

    [root@localhost nginx]# lltotal 36drwx------. 2 www root 4096 Aug 13 13:25 client_body_tempdrwxr-xr- ...