SSR (Simple Sequence Repeat)，即简单重复序列，是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术，也称为微卫星序列或者串联重复。

简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元，比如5个碱基（ACGTA），连续进行重复多次的重复。根据重复单元的长短，可将其细分为如下几类。

  • < 6 bp 微卫星DNA
  • 10-60 bp 小卫星DNA
  • 100-300 bp 卫星DNA

    等。。。

今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件，MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定，因为叶绿体基因组序列较短，所以在线即可快速完成。具体操作如下。

1 输入数据

2 结果展示

本次我选用misa格式文件，其格式如下所示

ID      SSR nr. SSR type        SSR     size    start   end

Sd      1       p1      (A)11   11      1549    1559

Sd      2       p5      (ATTTA)3        15      4323    4337

Sd      3       p1      (A)10   10      6020    6029

每一列

  • 基因组ID
  • SSR编号
  • SSR类型，p1，就是重复单元长度为1
  • SSR 大小
  • 起始
  • 终止

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参考

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