R 语言常用操作与函数汇总

总结了一下 R 语言中常用的一些操作与函数使用，抛砖引玉，分享一下给大家，如有错误的地方欢迎留言指正。

• 怎样显示 R 软件中某个包中包含的全部数据集？

> library(MASS)
> data()
> data(package="MASS")

• 查看包加载的路径

system.file(package = 'ggplot2')
find.package("ggplot2")

• 查看包的安装目录

  .libPaths()

• 查看该包里面所有的函数

  ls('package:ggplot2')

• 查看已经安装的包目录

  library()

• 载入mypackage 包

  library(mypackage)

• 查看启动 R 时自动载入的包

  getOption("defaultPackages")

• 查看 'mypackage' 的帮助信息

  help(package = 'mypackage')

• 查看函数的参数

  args(function)

• 自动运行该函数帮助文档中的例子

  example(function)

• 展示一些包中 demostration

  demo("package")

• 有的包，特别是 bioconductor 的包有 vignette，用函数查看

  vignette('mypackage')

• 查看 vignette

  openVignette('mypackage')

• 搜索 R 网站上的 "helpinfor" 相关信息

  RSiteSearch("helpinfor")

• 查看已经安装包的详细 HTML 文档

  help.start()

• 查看当前载入的包

  search()

• 查看 R 中载入的包

  sessionInfo()

• 查看 S4 类的方法

  showMethods(class = "myClass")

• 查看 method 的代码

  findMethods("myMethods")

• 查看某个对象的类：

  class(myObject)

• 查看某个 class 或者包的具体内容

  getClass("class/package")

• 查看某个 class 的 slot

  getSlots("class")

• 查看某个对象的 slot

  slotNames(MyObject)

• 卸除已加载的包

> detach("package:RMySQL")

# 注意是卸除，不是卸载，也就是说不是把包从 R 运行环境中彻底删除，只是不希望该包被加载使用。
# 该命令在包使用函数冲突，检验函数依赖时比较有用。

• 查看已安装的包

> installed.packages()[,c('Package','Version','LibPath')]
> installed.packages()["ggplot2",c('Package','Version','LibPath')]

# 其中 c('Package','Version','LibPath') 表示显示包名、版本、库路径信息，若无[,c('Package','Version','LibPath')]参数，则显示所有信息。

本文分享自微信公众号 - 生信科技爱好者（bioitee）。
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