SNP（单核苷酸多态性）准确性的验证，你造吗？

SNP（单核苷酸多态性）准确性的验证，你造吗？

【2016-12-12】

 

 

 

SNP（全称Single Nucleotide Polymorphisms）即单核苷酸多态性，主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换等。SNP定位分类：可分为基因编码区、基因周边以及基因间SNP等三类；SNP位置区域包括UTR区、编码区的外显子或内含子区 、可变剪切位点等等。

SNP是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上，所以SNP的应用范围较微卫星标记更加广泛，在群体遗传学、生态环境学、制药业、法医学、癌症及遗传性疾病甚至进化方面的研究都有不同程度的应用。研究人员希望通过SNP的研究，更深刻地认识癌症、糖尿病、血管性疾病和某些精神性疾病等多基因疾病的发生机制，主要应用有：

1、确定基因多态性和疾病的关系

2、解释个体间的表型差异对疾病的易感程度

3、对未来疾病做出诊断

4、研究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药物开发及临床合理用药

5、个体间SNP千差万别，通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别

SNP的研究前期通常基于下一代测序（NGS）技术对大量样本进行全基因组测序，通过与参考序列的比对发现并构建SNP数据库，之后对数据库中大量的SNP进行验证，并经过统计学分析找到少量与疾病或性状关联的SNPs。目前对SNP进行验证检测的方法主要有：

1、 扩增测序

原理：Sanger测序

特点：方法稳定，可靠，通量低，成本高

2、SNaPshot 检测

原理：基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序。在体系中加入测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多态位点5，端的延伸引物和PCR产物模板，PCR扩增过程中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后，根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基因型，根据峰移动的位置确定该延伸产物对应的SNP位点。

特点：

a）采用多重单碱基检测技术，每次可以检测10~20个位点，通量高，速度快；

b）同时检测基因组任何位置上的SNP位点，且数据完整性高；

c）基于3730xl测序仪平台的检测技术，直接得到位点的碱基组成，检测结果直观、稳定、可靠；

d）价格比较低廉。

3、Mass Array

原理：该技术基于Sequenom质谱仪平台，通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA（SNP位点前后各50bp左右），用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)，加入一单碱基延伸引物，其3’末端碱基紧挨SNP位点，采用四种ddNTP替代dNTP，这样，探针在SNP位点处仅延伸一个碱基，连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应，树脂交换，纯化延伸后产物，用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异，确定该点处碱基。

特点：

a） 一次可以检测20-40个位点；通量高，一次可以检测384个样本；

b） 1管式操作，避免换管，降低被污染的概率；

c）检测灵敏，可检测pmol级别的物质；

d）适合大量样本检测，但是有一些SNP位点不适合设计延伸引物，无法检测，且缺失的数据难以补充。

4、Taqman探针法

原理：该技术基于实时荧光定量平台，每个SNP位点设计一对Taqman探针，分别标记不同的荧光。5’末端携有报告荧光基团，3’端标有荧光淬灭基团，Taq聚合酶具有外切活性，从而将探针5 ’端连接的荧光分子从探针上切割下来，破坏两荧光分子间的PRET，发出荧光。

特点：
a）操作简单、检测速度快、灵敏度高；
b）一次一般检测1个位点，两个SNP位点之间太近或者SNP序列附近有特殊结构，不易设计探针；
c）少量样本检测费用高，适合位点少，样本量大的情况。

除了上述几种方法，还有焦磷酸测序、HRM(高分辨率溶解曲线分析技术)、Microarray芯片法、MALDI-Tof、dHPLC（变性高效液相色谱技术）、RFLP、SSCP、DGGE等。

阅微基因在SNP检测方面有丰富的经验，开展多种不同的检测方法，可根据客户的样本和位点的数量选择最合适的实验方法。每个项目的检出率不低于95%。针对有特殊结果的位点，我们会采用高效的DNA聚合酶，确保每个位点都有实验结果，进一步确保了客户数据的完整性。另外，阅微基因可以针对口腔拭子，唾液等样本提取DNA进行SNP检测分析。在此基础上提供基因分型分析、关联分析、聚类分析、遗传图谱等服务，使客户的研究更顺利。