ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理
对score.sc的便利操作:
$ sort -n -k2 example_score_file.sc
此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件。
$ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 "\t" $3}'
此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通常代表total_score(通常total_score越小越好,即越负越好)。
$ sort -n -k2 example_score_file.sc | head -n | awk '{print $2 "\t" $25 "\t" $NF}'> score_rmsd.dat
此命令以score文件第二列进行排序后,取前1000条数据(head -n 1000),输出第二列,第25列(在某些protocol中第25列代表rmsd值,依不同的option及protocol,每列的数据可能都有所不同)及最后一列($NF)到文件score_rmsd.dat文件中(> score_rmsd.dat)。
$ gnuplot Terminal type set to 'x11' gnuplot> plot "score_rmsd.dat" u :
上述命令使用gnuplot对score_rmsd.dat文件的第一列及第二列画散点图,如下所示。
可以看出score(y轴)与rmsd(x轴)有一定收敛性,及越小的rmsd通常对应这越低的能量(score)。
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