对score.sc的便利操作:

$ sort -n -k2 example_score_file.sc

此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用-r倒序排列),并输出文件。

$ sort -n -k2 example_score_file | awk '{print $2 "\t" $3}'

此命令以score文件第二列进行排序后,输出第二列及第三列(awk '{print $2 "\t" $3}'),第二列通常代表total_score(通常total_score越小越好,即越负越好)。

$ sort -n -k2 example_score_file.sc | head -n  | awk '{print $2 "\t" $25 "\t" $NF}'> score_rmsd.dat

此命令以score文件第二列进行排序后,取前1000条数据(head -n 1000),输出第二列,第25列(在某些protocol中第25列代表rmsd值,依不同的option及protocol,每列的数据可能都有所不同)及最后一列($NF)到文件score_rmsd.dat文件中(> score_rmsd.dat)。

$ gnuplot

Terminal type set to 'x11'

gnuplot> plot "score_rmsd.dat" u : 

上述命令使用gnuplot对score_rmsd.dat文件的第一列及第二列画散点图,如下所示。

可以看出score(y轴)与rmsd(x轴)有一定收敛性,及越小的rmsd通常对应这越低的能量(score)。


 

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