mothur 计算稀释性曲线

在微生物分析中，经常使用稀释性曲线来评估测序量是否足够；可以使用mothur 这个软件来完成

rarefaction.single 命令用来做稀释性曲线，既可以对单个样本单独分析，也可以一次对多个样本进行分析

对多个样本进行分析：以shannon 指数为例

需要准备一个shared 文件，shared 文件格式可以参考mothur官方文档

https://www.mothur.org/wiki/Shared_file

示例shared 文件如下:

label   Group   numOtus OTU1    OTU2    OTU3    OTU4
usearch A0      792     10125   1572    23      4210
usearch A1      792     2949    1759    6268    2368
usearch A2      792     16895   3861    5576    326
usearch A3      792     1114    3895    2945    1180
usearch A4      792     770     1506    108     450
usearch A5      792     4420    4657    109     265
usearch A6      792     3538    3430    3898    643

mothur 运行的命令如下：

mothur "#rarefaction.single(shared = sample.shared,label = userach,calc = shannon, groupmode = f, processors = 20)"

运行完成之后，在sample.shared 所处的目录下，会生成一系列文件：

1）每个样本对应的 r_abund 文件

示例如下：

usearch 414     10125   4644    4217    4210    4110    3241

其实这个文件就是从sample.shared 中把每个样本单独抽出来

2） 每个样本对应的 r_shannon 文件

示例文件如下：

numsampled      usearch lci     hci
1       0.0000  -0.0000 -0.0000
100     3.4685  3.2035  3.6901
200     3.6593  3.4758  3.7967
300     3.7319  3.6156  3.8696
400     3.7684  3.6695  3.8807
500     3.8004  3.6914  3.8794
600     3.8228  3.7240  3.9017

第一列是抽样的次数，第二列数对应的shannon 指数的值，lci 和 hci 分别代表95%置信区间的左右边界；

基于抽样的次数和每次抽样计算得到的shannon 指数的值就可以画香浓曲线了：