LEAP: Learning to Prescribe Effective and Safe Treatment Combinations for Multimorbidity

LEAP: Learning to Prescribe Effective and Safe Treatment Combinations for Multimorbidity

Authors: Yutao Zhang, Robert Chen, Jie Tang, Walter F. Stewart, Jimeng Sun

Keywords: Treatment Recommendation, Multimorbidity, Multi-Instance MultiLabel Learning

• 关键词：治疗方案推荐，多发病，多实例多标签学习

KDD’17 清华大学，佐治亚理工学院 (Georgia Institute of Technology)，萨特健康 (Sutter Health)

论文链接：https://dl.acm.org/doi/pdf/10.1145/3097983.3098109

代码链接：https://github.com/neozhangthe1/AutoPrescribe

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目录

• LEAP: Learning to Prescribe Effective and Safe Treatment Combinations for Multimorbidity
  • 0. 总结
  • 1.研究目标
  • 2.问题背景
  • 3. 方法——LEAP模型
    • 3.1 问题定义
    • 3.2 Basic LEAP模型
    • 3.3 基于强化学习的fine-tune
  • 4. 实验
    • 4.1 数据集
    • 4.2 baselines
    • 4.3 实验结果
      • 4.3.1 定量实验
      • 4.3.2 label输入顺序
      • 4.3.3 去除药物相互作用的效果
      • 4.3.4 定性分析
      • 4.3.5 case study

0. 总结

• 使用RNN+强化学习，根据病人的疾病给出对应药物。

• RNN用于学习疾病和药物之间的对应关系，强化学习部分用于避免药物之间的互斥作用，以及使模型推荐结果更完整。

• 使用了MIMIC3和另一个私有数据集。

• 没有考虑病人的历史诊疗记录，也没有对剂量和服用频次等信息的考量。

1.研究目标

利用历史诊疗信息和额外的药物互斥信息，对输入的诊断，给出对应的药物推荐。

2.问题背景

针对患有多种疾病的患者，经常需要多种药物联合治疗。而药物之间可能有对抗性；治疗A疾病的药物可能对B疾病有加重效果。

3. 方法——LEAP模型

3.1 问题定义

治疗方案推荐的目标是：基于患者历史诊断记录，从所有治疗方案中选择一种最佳的推荐给患者。

面临的主要挑战：

• 学习药物和疾病之间的映射关系
• 学习药物之间的相互作用关系

3.2 Basic LEAP模型

模型输入是疾病名称的集合，映射到响应的embedding \(x_i\)，然后通过一个注意力机制，得到这些疾病向量对应的药物向量\(\Psi_i\)，再结合RNN模型中的当前状态\(s_{t-1}\)和上一个药物名称\(y_{t-1}\)，生成当前状态向量\(s_t\)，进而得到当前的输出药品\(y_t\)。

模型训练时，由于病人实际使用的药物是一个集合，不是一个序列，因此需要指定一种排序方式，比如最流行的药品放前面、最罕见的药品放前面、按药品名称排序、随机排序等方法。

预测时用K=2的beam search来得到输出。

3.3 基于强化学习的fine-tune

Basic LEAP模型可以学到疾病和药品之间的对应关系，但无法学到药品之间的互斥关系；模型生成的药品序列也不够完整。

本文提出利用额外的药品-药品互斥、药品-疾病互斥信息来进一步指导模型的训练。

简单来说，就是如果模型输出序列包含上述互斥对，就把模型Reward置零，否则，模型Reward就是输出序列和groud truth之间的Jaccard相似度。

这样的模型设计同时解决了上面提到的两个问题：模型包含互斥信息直接白给，如果输出序列不够完整也不能得到高的Reward。

4. 实验

4.1 数据集

• MIMIC-3：公开。包含6,700疾病，4,000药物，涵盖11年，50,000次医疗记录
• Sutter：私有。包含8,000疾病，7,500药物，涵盖18年，2,400,000医疗记录。

sutter中的药物使用GPI一级和三级编码系统，MIMIC-3中的药物使用NDC编码系统，但被转换为GPI一级和三级编码。

训练集、验证集、测试集按7:1:2划分，应该是按病人划分，没有考虑根据病人的历史诊疗记录做进一步推荐的场景。

4.2 baselines

• Rule-based：使用一个药物-疾病映射数据集来推荐药物
• K-Most frequent：选择与该疾病相关的K个最相关的药物。Sutter和MIMIC-3上分别设K为1和3
• Softmax MLP：3层神经网络，阈值等超参做grid-search
• Classifier Chains：分类器链，把前面的分类结果作为后面的分类器的输入。输入信息使用multi-hot编码，使用SVM作为分类器
• LEAP：本文提出的基于RNN、强化学习和额外药物关系数据库的算法。基于Theano实现（开源）、使用ADAM优化器。

4.3 实验结果

实验分为定量实验和定性实验，分别验证推荐的准确度和完整性、安全性等。

4.3.1 定量实验

使用Jaccard相似度来衡量推荐结果与ground truth的相似性：

\[\operatorname{Jaccard}=\frac{1}{K} \sum_{i}^{K} \frac{\left|Y_{i} \cap \hat{Y}_{i}\right|}{\left|Y_{i} \cup \hat{Y}_{i}\right|}
\]

• 实验结果如下。当分类级别比较多（3）时，药物推荐难度升高，性能相对较低。

论文argue了AUC等传统评价指标对于此任务并不合适——我们不仅需要把相关药物排到前面，还需要避免药物之间以及药物和其他疾病之间的互斥性。

4.3.2 label输入顺序

训练的时候，ground truth要一个一个输入进去，顺序有怎样的影响：

• 随机输入效果最好，优先输入流行药物效果最差。

4.3.3 去除药物相互作用的效果

4.3.4 定性分析

邀请专家，对100个随机诊断对应的推荐结果进行评分。

• 2分：解决所有疾病且没有药物相互作用
• 1分：解决50%以上的疾病且没有药物相互作用
• 0分：解决50%以下的疾病或者有药物相互作用

结果：

4.3.5 case study

两个病人的诊断，以及各种方法得到的推荐结果对比：