如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度？
基因组长度
利用seqkit统计长度
seqkit stat test.fa
结果如下：
file format type num_seqs sum_len min_len avg_len max_len
test.fa FASTA DNA 149 396,098,845 10,246 2,658,381.5 44,776,151
sum_len总长度
各条染色体
利用pyfaidx
pip install pyfaidx
faidx test.fa -i chromsizes > test.size
或者利用samtools建立的索引
samtools faidx test.fa | cut -f1,2 > size
结果
Chr3 39460439
Chr10 25306509
Chr4 36012661
Chr11 31788916
Chr7 30689911
Chr9 23252223
Chr1 44776151
Chr8 30494550
Chr5 31364062
Chr6 32851673
Chr2 36966474
Ctg22 50000
Ctg16 14288
Ctg21 238256
Ctg20 99285
Ctg23 38357
这里把gap也算进去了。如果不想统计，就自己写个脚本吧。
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