单细胞测序|单细胞基因组|单细胞转录组|Gene editing|

单细胞测序

单细胞基因组学

测量理由是单细胞的时间空间特异性。

Gene expression&co-expression

比较正常cell与疾病cell，正常organ与疾病organ，看出偏差。

分离单细胞，破碎细胞，RNA逆转录，测量cDNA。

Eg：BAC扩增，可以实现bias很小的的genome，genome质量高。

Eg：对sperm cell进行single cell，

Eg：oocyte与sperm结合后，可以对过程中丢弃的部分进行single cell。

如果父源或母源中任何一方有过重组，则最后结合的细胞会发生突变。

Eg：在临床上解决家族遗传病。

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单细胞转录组

R1 +10X barcode+UMI+poly（dT）VN

先抓取，对RNA进行扩增，加接头，放入测序仪中测序。

10X genomics 技术流程，真正的单细胞，超高的细胞通量，细胞捕获效率高，性价比高。

Ps：现在最新的还有空间转录组

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应用实例：

Eg：研究衰老

Eg：生殖健康

Eg：描绘重编程

Eg：检测胚胎发育，到14

Eg：细胞水平成像，可以基于空间或者时间

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Gene editing：

zine finger protein

Talen用一个单元识别一个碱基。

Crispr

CRSIPR在2012年实现Mamalian cells。

来源于免疫系统，可以记录何种序列曾经入侵，然后针对该入侵序列制作剪切物质，通过该剪切物质能够对目标序列进行剪切。

参考：http://blog.sciencenet.cn/blog-3160644-983657.html

Genome editing类型：

CRISPR-CAS9

单个碱基Base editing

一小段碱基Prime editing

挑战：

Delivery是否能传递到目标位置。

因为剪切物是外源物质，考虑Immune system是否会影响该方法

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应用：

Eg：editing之后看表型变化，实践之后发现有很多indel，除去人为改变的位点之后，该位点周围的位点也会发生改变，比如RNA的改变。

Eg：流行病应用中发现Cas13的剪切不受控制，现在可以做放大信号的作用。

检测疾病标志物，然后放大。

Eg：发现重复序列，将其从中间切开然后part1与part2互补拼接。

Eg：将一大段DNA整合进入目标位置。

Eg：记录小鼠development的过程。