利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数
首先，进入千人基因组数据库的网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/
如下图所示，在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP，比如rs608139
搜索后出现如下界面，黄色区域是我们感兴趣的SNP，红色框框是不同国家和地区在该SNP对应的频率和个数。
千人基因组数据库包括的国家和地区如下表所示。
|
国家 |
Continent |
Population (Abb) |
|
中国，北京 |
Asian |
CHB |
|
日本,东京 |
Asian |
JPT |
|
中国,南方 |
Asian |
CHS |
|
越南 |
Asian |
KHV |
|
来自英国的印度泰卢固语人 |
Asian |
ITU |
|
孟加拉 |
Asian |
BEB |
|
中国傣族，西双版纳 |
Asian |
CDX |
|
来自英国的斯里兰卡泰米尔人 |
Asian |
STU |
|
古吉拉特印度人，来自休斯敦，德克萨斯 |
Asian |
GIH |
|
巴基斯坦 |
Asian |
PJL |
|
秘鲁 |
South America |
PEL |
|
芬兰 |
Europe |
FIN |
|
美国洛杉矶人，墨西哥祖先 |
North America |
MXL |
|
犹他州(CEPH)，来自欧洲北部和西部的血统 |
North America （ Europe ancestry） |
CEU |
|
托斯卡尼 |
Europe |
TSI |
|
来自英国和苏格兰的英国人 |
Europe |
GBR |
|
来自麦德林的哥伦比亚人，哥伦比亚 |
South America |
CLM |
|
在西班牙的伊比利亚人 |
Europe |
IBS |
|
波多黎各 |
North America |
PUR |
|
非洲血统的美国人 |
North America(African Ancestry) |
ASW |
|
非洲加勒比地区 |
America |
ACB |
|
冈比亚人 |
Africa |
GWD |
|
埃桑人，尼日利亚 |
Africa |
ESN |
|
肯尼亚 |
Africa |
LWK |
|
在塞拉利昂（非洲）曼德人 |
Africa |
MSL |
|
约鲁巴人，尼日利亚 |
Africa |
YRI |
利用千人基因组数据库查看SNP在不同地区、国家、洲的频率及个数的更多相关文章
- 千人基因组计划数据库下载某段区域SNP
进入http://browser.1000genomes.org/index.html网站 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据,“6”表示6号染色体,后面的数 ...
- 千人基因组（1000 Genomes）提取群体（population）或者样本（sample ID）信息
进入链接:http://www.internationalgenome.org/data-portal/sample 点击“filter by population”,在弹出的选择框里,选择想要下载的 ...
- 利用oneproxy部署mysql数据库的读写分离
实验系统:CentOS 6.6_x86_64 实验前提:防火墙和selinux都关闭 实验说明:本实验共有4台主机,IP分配如拓扑 实验软件:mariadb-10.0.20 oneproxy-rhel ...
- （转载）在Delphi中利用MSDASC来配置数据库链接
在Delphi中利用MSDASC来配置数据库链接 在运行期进行数据库的连接是一个问题,自己写一个窗体配置吧,数据库不一样,所用的参数也不一样,还有那讨厌的连接字符串,有时真不知该写什么好.那天无意中发 ...
- 利用EntityFramework获得双色球数据库
原文 利用EntityFramework获得双色球数据库 双色球想必大家都很熟悉了,尽管屡买屡不中,但还是会买.以前就想过利用双色球的走势图得到双色球的数据库,至于得到数据库干什么倒没想过,不过对以往 ...
- 利用RMAN恢复整个数据库
利用RMAN恢复整个数据库案例一 适合场合:恢复的目录一致,同时备份的过程中有归档日志 恢复的数据库目录和down机的数据库一致,还有一个就是RMAN备份的时候已经备份了归档日志. 备份脚本: run ...
- 开年巨制！千人千面回放技术让你“看到”Flutter用户侧问题
导语 发布app后,开发者最头疼的问题就是如何解决交付后的用户侧问题的还原和定位,是业界缺乏一整套系统的解决方案的空白领域,闲鱼技术团队结合自己业务痛点在flutter上提出一套全新的技术思路解决这个 ...
- 利用xtrabackup备份mysql数据库
利用xtrabackup备份mysql数据库 一.安装1.直接下载二进制文件wget http://www.percona.com/downloads/XtraBackup/XtraBackup-2. ...
- SQLServer2005利用维护计划自动备份数据库
经常性忘了给数据库备份,结果当数据库发生问题的时候,才发现备份是1个月以前的,那个后悔与懊恼还加惭愧啊,别提有对难受了.要认为的记住去备份比较难,每天事情又那么多,所以有了这个自动备份就不用愁了.先拷 ...
随机推荐
- Nginx负载均衡中后端节点服务器健康检查的操作梳理
正常情况下,nginx做反向代理,如果后端节点服务器宕掉的话,nginx默认是不能把这台realserver踢出upstream负载集群的,所以还会有请求转发到后端的这台realserver上面,这样 ...
- javaScript常用API合集
节点 1.1 节点属性 Node.nodeName //返回节点名称,只读 Node.nodeType //返回节点类型的常数值,只读 Node.nodeValue //返回Text或Com ...
- C++STL——优先队列
一.相关定义 优先队列容器与队列一样,只能从队尾插入元素,从队首删除元素.但是它有一个特性,就是队列中最大的元素总是位于队首,所以出队时,并非按照先进先出的原则进行,而是将当前队列中最大的元素出队.这 ...
- Python学习笔记 -- 第四章
高阶函数 变量可以指向函数 f=abs f(-10) 10 变量f指向abs函数,直接调用abs()函数和调用f()完全相同 传入参数 变量可以指向函数,函数的参数可以接收另一个函数的参数,这种函数成 ...
- Tools （StExBar vs Cmder）which can switch to command line window on context menu in windows OS
https://tools.stefankueng.com/StExBar.html https://github.com/cmderdev/cmder
- Netty4ClientHttpRequest代码赏析
private static int getPort(URI uri) { int port = uri.getPort(); if (port == -1) { if ("http&quo ...
- Jira 自定义工作流
一.添加修改工作流 打开 设置--问题--工作流 复制一个工作流,然后进去编辑页面 添加状态 增加转换动作 切换到文本,设置跳转过程中的事件 针对Stop Progress事件,修改跳转界面(界面需先 ...
- number （1）eclipse 连接数据库报错 数据库信息不对导致的出错
- Python模块笔记
__name__属性 一个模块被另一个程序第一次引入时,其主程序将运行.如果我们想在模块被引入时,模块中的某一程序块不执行,我们可以用__name__属性来使该程序块仅在该模块自身运行时执行. #!/ ...
- install nagios pnp4nagios on centos 6
安装配置Apache.PHP(忽略此次安装步骤) 安装nagiosrpm -Uvh http://dl.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release ...